Eksosomu mazo RNS sekvencēšana - Illumina
Funkcijas
● Kā izejmateriāls tiek izmantota eksosomu kopējā RNS. Attīrīšanas laikā miRNA izolēšanai tiek izmantotas miRNA lodītes.
● Bioinformātiskā analīze, kuras centrā ir miRNA prognozēšana un to mērķi.
Pakalpojuma priekšrocības
● Visaptveroša bioinformātikas analīze: ļauj identificēt gan zināmas, gan jaunas miRNA, identificēt miRNA mērķus un veikt atbilstošu funkcionālo anotāciju un bagātināšanu ar vairākām datubāzēm (KEGG, GO).
● Stingra kvalitātes kontrole: Mēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
● Pēcpārdošanas atbalsts: Mūsu apņemšanās sniedzas arī pēc projekta pabeigšanas, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| Eksosomu miRNA izolācija | Illumina SE50 | 10–20 miljoni lasījumu | Q30≥85% |
Parauga prasības
Nukleotīdi:
| Daudzums (ng) | Tilpums (μL) |
| 40 | 20 |
Audi:
Eksosoma: 100 μL; 40 μg; >10^9 daļiņas/ml
Serums/plazma: 5 ml
Šūnu kultūras supernatants: 100 ml
Urīns: 100 ml
Siekalas: 15 ml
Deguna izdalījumi: 15 ml
Cerebrospinālais šķidrums: 15 ml
Amnija šķidrums: 50 ml
Sperma: 5 ml
Žults: 5 ml
Ascīts: 50 ml
Piens: 15 ml
Folikulārais šķidrums: 15 ml
Fekāliju supernatants: 50 ml
Mikrobu kultūras supernatants: 100 ml
Dzīvnieku audi: 3 g
Augu audi: 1 g
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● sRNS klasifikācija
● Pielāgošana atsauces genomam
● Zināmu un jaunu miRNA identificēšana
● Diferenciālā miRNA ekspresijas analīze
● miRNA mērķu funkcionālā anotācija
miRNA identifikācija: struktūra un dziļums
miRNA diferenciālā ekspresija – hierarhiska klasterizācija
Diferenciāli ekspresētu miRNS mērķa funkcionālā anotācija
