page_head_bg

Produkti

Pilna garuma mRNS sekvencēšana-Nanopore

RNS sekvencēšana ir bijusi nenovērtējams instruments visaptverošai transkriptu analīzei.Neapšaubāmi, tradicionālā īsā lasīšanas secība šeit ir panākusi daudzus svarīgus uzlabojumus.Tomēr tas bieži saskaras ar ierobežojumiem pilna garuma izoformu identifikācijā, kvantitatīvā noteikšanā un PCR novirzē.

Nanoporu sekvencēšana atšķiras no citām sekvencēšanas platformām ar to, ka nukleotīdus nolasa tieši bez DNS sintēzes un rada ilgu nolasījumu desmitiem kilobāzu.Tas dod iespēju tieši nolasīt pilna garuma stenogrammas un risināt problēmas izoformu līmeņa pētījumos.

PlatformaNanopore PromethION

Bibliotēka:cDNS-PCR


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØZema secības novirze

ØAtklājot pilna garuma cDNS molekulas

ØNepieciešams mazāk datu, lai aptvertu tādu pašu atšifrējumu skaitu

ØVairāku izoformu identificēšana vienā gēnā

ØIzteiksmes kvantitatīva noteikšana izoformu līmenī

Pakalpojuma specifikācijas

Bibliotēka

Platforma

Ieteicamais datu apjoms (Gb)

Kvalitātes kontrole

cDNS-PCR (bagātināts ar poli-A)

Nanopore PromethION P48

4 Gb/paraugs (atkarībā no sugas)

Pilna garuma attiecība>70%

Vidējais kvalitātes rādītājs: Q10

 

Bioinformātikas analīzes

ü Neapstrādātu datu apstrāde

üAtšifrējuma identifikācija

üAlternatīva savienošana

üEkspresijas kvantitatīva noteikšana gēnu līmenī un izoformu līmenī

üDiferenciālās izteiksmes analīze

üFunkciju anotācija un bagātināšana (DEG un DET)

 

2(1)

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:  

Tīrība Integritāte Summa
OD260/280≥1,8;OD260/230≥1,0;Skaidrs maksimums pie 260 nm Ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai nav redzams uz gēla. Augiem: RIN≥7,5;Dzīvniekiem: RIN≥8;28S/18S≥1,0;ierobežots vai nav bāzes līmeņa pacēluma Konc.≥40 ng/μl;Kopā ≥ 1 μg

Audi: svars (sauss): ≥1 g

*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 106- 1 × 107

* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī, kas ir vēlams mikro ekstrakcijai.

Asins paraugi: Tilpums≥1 ml

Ieteicamā paraugu piegāde

Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)

Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums: 1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.

  1. RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

 

Pakalpojuma darba plūsma

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1.Diferenciālās izteiksmes analīze - Vulkāna gabals

    Diferenciālās ekspresijas analīzi var apstrādāt gan gēnu līmenī, lai identificētu atšķirīgi ekspresētus gēnus (DEG), gan izoformas līmenī, lai identificētu atšķirīgi

     3(1)

    izteiktie atšifrējumi (DET) 

    2.Hierarhiskā klasteru siltuma karte

    4(1)

    3. Alternatīvā savienojuma identifikācija un klasifikācija

    Astalavista var paredzēt piecus alternatīvu savienošanas notikumu veidus.

    5(1)

    4.Alternatīvu poliadenilācijas (APA) notikumu identifikācija un motīvs 50 bp augšpus poli-A

    6(1)

    BMK lieta

    Alternatīva savienojuma identifikācija un izoformas līmeņa kvantitatīva noteikšana ar nanoporu pilna garuma transkripta sekvencēšanu

    Publicēts:Dabas sakari, 2020

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Grupēšana: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E mutācija);3. Normālas B-šūnas

    Sekvencēšanas stratēģija: MinION 2D bibliotēkas sekvencēšana, PromethION 1D bibliotēkas sekvencēšana;īsi nolasīti dati no tiem pašiem paraugiem

    Sekvencēšanas platforma: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Galvenie rezultāti

    1. Izoformas līmeņa alternatīvās savienošanas identifikācija

    Ilgi lasītas sekvences ļauj identificēt mutantu SF3B1K700E-izmainītas savienojuma vietas izoformas līmenī.Tika konstatēts, ka 35 alternatīvas 3′SS un 10 alternatīvas 5′SS ir ievērojami atšķirīgi savienotas starp SF3B1K700Eun SF3B1WT.33 no 35 izmaiņām tika jaunatklātas ar ilgi lasītām sekvencēm.

    2. Izoformas līmeņa alternatīvās savienošanas kvantitatīva noteikšana

    Intronu aiztures (IR) izoformu ekspresija SF3B1K700Eun SF3B1WTtika kvantificēti, pamatojoties uz nanoporu sekvencēm, atklājot globālu IR izoformu pazemināšanos SF3B1K700E.

    Atsauce

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV u.c.SF3B1 mutācijas pilna garuma transkripta raksturojums hroniskas limfoleikozes gadījumā atklāj saglabāto intronu [J] pazemināšanos.Dabas sakari.

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: