Pilna garuma mRNS sekvencēšana - Nanopore
Funkcijas
● Poli-A mRNS uztveršana, kam seko kDNS sintēze un bibliotēkas sagatavošana
● Pilna garuma transkriptu sekvencēšana
● Bioinformātiskā analīze, kuras pamatā ir saskaņošana ar atsauces genomu
● Bioinformātiskā analīze ietver ne tikai ekspresiju gēnu un izoformu līmenī, bet arī lncRNS, gēnu saplūšanas, poliadenilēšanas un gēnu struktūras analīzi.
Pakalpojuma priekšrocības
●Ekspresijas kvantitatīva noteikšana izoforma līmenī: ļauj veikt detalizētu un precīzu ekspresijas analīzi, atklājot izmaiņas, kas var būt maskētas, analizējot visu gēnu ekspresiju
●Samazinātas datu prasības:Salīdzinot ar nākamās paaudzes sekvencēšanu (NGS), nanoporu sekvencēšanai ir zemākas datu prasības, kas ļauj sasniegt līdzvērtīgu gēnu ekspresijas kvantitatīvās noteikšanas piesātinājuma līmeni ar mazākiem datiem.
●Augstāka izteiksmes kvantifikācijas precizitātegan gēnu, gan izoformu līmenī
●Papildu transkriptomiskās informācijas identificēšanaalternatīvā poliadenilēšana, saplūšanas gēni un lcnRNS un to mērķa gēni
●Plaša pieredzeMūsu komanda katrā projektā iesaistās ar bagātīgu pieredzi, jo ir pabeiguši vairāk nekā 850 pilna garuma Nanopore transkriptomu projektus un apstrādājuši vairāk nekā 8000 paraugu.
●Pēcpārdošanas atbalstsMūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| Bagātināts ar poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Vidējais kvalitātes rādītājs: Q10 |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥7,0; Dzīvniekiem: RIN≥7,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 300 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 450 mg
Kauli, mati vai āda: 1 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 6 g
Vēžveidīgie: 300 mg
● Pilnvērtīgas asinis1 caurule
● Šūnas: 106 šūnas
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Nukleotīdi:
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Pakalpojumu darba plūsma
Audi:
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
● Neapstrādātu datu apstrāde
● Transkripta identifikācija
● Alternatīva savienošana
● Ekspresijas kvantifikācija gēnu līmenī un izoformu līmenī
● Diferenciālās izteiksmes analīze
● Funkciju anotācija un bagātināšana (DEG un DET)
Alternatīva splicēšanas analīze
Alternatīva poliadenilācijas analīze (APA)
lncRNS prognozēšana
Jaunu gēnu anotācija
DET klasterizācija
Olbaltumvielu-olbaltumvielu tīkli DEG
Iepazīstieties ar BMKGene Nanopore pilna garuma mRNS sekvencēšanas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Gong, B. et al. (2023) “Sekretorās kināzes FAM20C epigēniskā un transkripcijas aktivācija kā onkogēns gliomā”, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), 422.–433. lpp. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) “Pilna garuma limfocītu transkriptomas sekvencēšana, reaģējot uz IFN-γ, atklāj Th1 sagrozītu imūnreakciju plekstei (Paralichthys olivaceus)”, Fish & Shellfish Immunology, 134, 108636. lpp. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) “PacBio un ONT RNS sekvencēšanas metožu salīdzinošā analīze Nemopilema Nomurai indes identificēšanai”, Genomics, 115(6), 110709. lpp. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) “Nano-sekvenču analīze atklāj atšķirīgu funkcionālo tendenci starp eksosomām un mikrovesikulām, kas iegūtas no hUMSC”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), 1.–13. lpp. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
