De novo sēnīšu genoma montāža
BMKGENE piedāvā daudzpusīgus risinājumus sēnīšu genomiem, apmierinot dažādas pētniecības vajadzības un vēlamo genoma pilnīgumu. Izmantojot tikai īsās lasīšanas Illumina sekvencēšanu, ir iespējams ģenerēt genoma melnrakstu. Īsās lasīšanas un garās lasīšanas sekvencēšana, izmantojot Nanopore vai Pacbio, tiek apvienota, lai iegūtu precīzāku sēnīšu genomu ar garākiem kontigiem. Turklāt Hi-C sekvencēšanas integrēšana vēl vairāk uzlabo iespējas, ļaujot sasniegt pilnīgu hromosomu līmeņa genomu.
Pakalpojuma funkcijas
Ar trim iespējamām iespējām, no kurām izvēlēties atkarībā no vēlamās genoma pilnīguma pakāpes:
● Melnraksta genoma opcija: īsās nolasīšanas sekvencēšana ar Illumina NovaSeq PE150.
● Sēnīšu smalkā genoma variants:
Genoma pētījums: Illumina NovaSeq PE150.
Genoma montāža: PacBio Revio (HiFi nolasījumi) vai Nanopore PromethION 48.
● Hromosomu līmeņa sēnīšu genoms:
Genoma pētījums: Illumina NovaSeq PE150.
Genoma montāža: PacBio Revio (HiFi nolasījumi) vai Nanopore PromethION 48.
Kontiga enkurošana ar Hi-C montāžu.
Pakalpojuma priekšrocības
●Pieejamas vairākas sekvencēšanas stratēģijasDažādiem pētniecības mērķiem un genoma pilnīguma prasībām
●Pilnīga bioinformātikas darbplūsma:Tas ietver genoma montāžu un vairāku genoma elementu prognozēšanu, funkcionālu gēnu anotāciju un kontigentu noenkurošanu.
●Plaša pieredzeAr vairāk nekā 12 000 apkopotiem mikrobu genomiem mēs piedāvājam vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Pakalpojuma specifikācijas
| Pakalpojums | Sekvencēšanas stratēģija | Kvalitātes kontrole |
| Melnraksta genoms | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Smalks genoms | Genoma pētījums: Illumina PE150 50 x Montāža: PacBio HiFi 30x vai Nanopore 100x | nepārtraukts N50 ≥1 Mb (Pacbio vienšūnas) nepārtraukts N50 ≥2Mb (ONT vienšūnas) nepārtraukts N50 ≥500kb (citi) |
| Hromosomu līmeņa genoms | Genoma pētījums: Illumina PE150 50 x Montāža: PacBio HiFi 30x vai Nanopore 100x Hi-C montāža 100x | Kontiga noenkurošanās koeficients > 90%
|
Pakalpojuma prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,6 |
| Nanopora | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Vienšūnu sēne: ≥3,5x1010 šūnas
Makro sēne: ≥10 g
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
Genoma pētījums:
- Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
- Genoma novērtējums: lielums, heterozigotība, atkārtoti elementi
Smalka genoma montāža:
- Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
- No jaunaAsambleja
- Genoma komponentu analīze: CDS un vairāku genoma elementu prognozēšana
- Funkcionālā anotācija ar vairākām vispārīgām datubāzēm (GO, KEGG utt.) un uzlabotām datubāzēm (CARD, VFDB utt.)
Hi-C montāža:
- Hi-C bibliotēkas novērtējums.
- Kontigu noenkurošana klasterizācijai, pasūtīšanai un orientēšanai
- HI-C montāžas novērtējums: pamatojoties uz atsauces genomu un siltuma karti
Genoma pētījums: k-mer sadalījums
Genoma montāža: gēnu homologa anotācija (NR datubāze)
Genoma montāža: funkcionālā gēna anotācija (GO)
Iepazīstieties ar BMKGene sēnīšu genoma montāžas pakalpojumu veicinātajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Hao, J. et al. (2023) “Ārstnieciskās sēnes Inonotus obliquus integrēta omikā profilēšana zemūdens apstākļos”,BMC genomika, 24(1), 1.–12. lpp. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/ATTĒLI/3.
Lu, L. et al. (2023) “Genoma sekvencēšana atklāj kviešu asās acu plankumainības patogēna Rhizoctonia cerealis evolūciju un patogēnos mehānismus”,Ražas žurnāls, 11(2), 405.–416. lpp. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) “Četru Clarireedia sugu, kas izraisa dolāra plankumus uz dažādām zālienu zālēm, genoma resursi”,Augu slimības, 107(3), 929.–934. lpp. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Džans, S. S. u. c. (2023) “Ģenētiski un molekulāri pierādījumi par tetrapolāru pārošanās sistēmu ēdamajā sēnē Grifola frondosa”,Sēņu žurnāls, 9(10), 959. lpp. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
