Genoma mēroga asociācijas analīze
Darbplūsma
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša ekspertīze un publikāciju uzskaiteAr uzkrāto pieredzi GWAS jomā BMKGene ir pabeidzis simtiem sugu projektu populāciju GWAS pētījumos, palīdzējis pētniekiem publicēt vairāk nekā 100 rakstus, un kopējais ietekmes faktors ir sasniedzis 500.
● Visaptveroša bioinformātikas analīzeDarbplūsma ietver SNP-iezīmju asociācijas analīzi, piegādājot kandidātu gēnu kopu un to atbilstošo funkcionālo anotāciju.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda un īss analīzes ciklsBMKGene komandai ir liela pieredze progresīvā genomikas analīzē, tāpēc tā nodrošina visaptverošas analīzes ar ātru izpildes laiku.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas arī pēc projekta pabeigšanas, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Pakalpojumu specifikācijas un prasības
| Sekvencēšanas veids | Ieteicamais populācijas mērogs | Sekvencēšanas stratēģija | Nukleotīdu prasības |
| Pilna genoma sekvencēšana | 200 paraugi | 10x | Koncentrācija: ≥ 1 ng/µl Kopējais daudzums ≥ 30 ng Ierobežota vai nekāda degradācija vai piesārņojums |
| Specifiskā lokusa pastiprinātais fragments (SLAF) | Tagu dziļums: 10x Birku skaits: < 400 Mb: ieteicams WGS < 1 GB: 100 tūkstoši tagu 1 GB > 2 GB: 300 tūkstoši tagu Maks. 500 tūkst. tagu | Koncentrācija ≥ 5 ng/µl Kopējais daudzums ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5 Agarozes gels: nav vai ir ierobežota degradācija vai piesārņojums
|
Materiālu izvēle
Dažādas šķirnes, pasugas, savvaļas sugas/gēnu bankas/jauktas dzimtas/savvaļas resursi
Dažādas šķirnes, pasugas, vietējās šķirnes
Pusbrāļu ģimene/pilnbrāļu ģimene/savvaļas resursi
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
- Genoma mēroga asociācijas analīze: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM modelis
- Kandidātu gēnu funkcionālā anotācija
SNP-iezīmju asociācijas analīze – Manhetenas grafiks
SNP-iezīmju asociācijas analīze – QQ diagramma
Iepazīstieties ar BMKGene de GWAS pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju:
Lv, L. et al. (2023) “Ieskats amonjaka tolerances ģenētiskajā pamatā gliemenē Sinonovacula constricta, izmantojot genoma mēroga asociācijas pētījumu”,Akvakultūra, 569, 739351. lpp. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) “398 lapsastes prosas paraugu multi-omikas analīze atklāj genoma reģionus, kas saistīti ar pieradināšanu, metabolītu īpašībām un pretiekaisuma iedarbību”,Molekulārā rūpnīca, 15(8), 1367.–1383. lpp. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) “Hulless Barely fenotipu genoma mēroga asociāciju kartēšana sausuma vidē”,Augu zinātnes robežas, 13, 924892. lpp. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) “GmST1, kas kodē sulfotransferāzi, nodrošina rezistenci pret sojas pupiņu mozaīkas vīrusa celmiem G2 un G3”,Augs, šūna un vide, 44(8), 2777.–2792. lpp. doi: 10.1111/PCE.14066.
