Hi-C bāzes hromatīna mijiedarbība
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq ar PE150.
● Pakalpojumam ir nepieciešami audu paraugi, nevis ekstrahētas nukleīnskābes, lai veidotu šķērssaites ar formaldehīdu un saglabātu DNS un olbaltumvielu mijiedarbību.
● Hi-C eksperiments ietver lipīgo galu restrikciju un labošanu ar biotīnu, kam seko iegūto neaso galu cirkularizācija, saglabājot mijiedarbības. Pēc tam DNS tiek novilkta ar streptavidīna lodītēm un attīrīta turpmākai bibliotēkas sagatavošanai.
Pakalpojuma priekšrocības
●Optimāls restrikcijas enzīmu dizainslai nodrošinātu augstu Hi-C efektivitāti dažādām sugām ar līdz pat 93% derīgu mijiedarbības pāru.
●Plaša pieredze un publikāciju pieredze:BMKGene ir plaša pieredze ar vairāk nekā 2000 Hi-C sekvencēšanas projektiem no 800 dažādām sugām un dažādiem patentiem. Vairāk nekā 100 publicētu gadījumu ar kopējo ietekmes faktoru virs 900.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda:ar iekšējiem patentiem un programmatūras autortiesībām Hi-C eksperimentiem un datu analīzei, kā arī pašu izstrādātu vizualizācijas datu programmatūru.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
●Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētām variācijām un veiktu atbilstošu bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu vairākos pētniecības projektos.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Augstas izšķirtspējas signāls |
| Hi-C bibliotēka | Illumina PE150 | Hromatīna cilpa: 150x Kopējais rādītājs: 50x | Hromatīna cilpa: 10 Kb Atbilde uz ziņu: 40 KB |
Pakalpojuma prasības
| Parauga veids | Nepieciešamā summa |
| Dzīvnieku audi | ≥2 g |
| Pilnvērtīgas asinis | ≥2 ml |
| Sēnes | ≥1 g |
| Augs - jauni audi | 1 g/alikvota, ieteicamas 2–4 alikvotas |
| Kultivētas šūnas | ≥1x107 |
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole;
● Kartēšana un Hi-C bibliotēkas kvalitātes kontrole: derīgi mijiedarbības pāri un mijiedarbības samazināšanās eksponenti (IDE);
● Genoma mēroga mijiedarbības profilēšana: cis/trans analīze un Hi-C mijiedarbības karte;
● A/B nodalījumu sadalījuma analīze;
● TAD un hromatīna cilpu identificēšana;
● 3D hromatīna struktūras elementu diferenciāļanalīze starp paraugiem un atbilstošā saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
Cis un trans proporciju sadalījums
Hromosomu mijiedarbības starp paraugiem siltumkarte
A/B nodalījumu genoma mēroga sadalījums
Hromatīna cilpu genoma mēroga sadalījums
TAD vizualizācija
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene Hi-C sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Meng, T. et al. (2021) “Salīdzinoša integrēta multi-omikas analīze identificē CA2 kā jaunu hordomas mērķi”,Neiroonkoloģija, 23(10), 1709.–1722. lpp. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) “Genoma 3D dezorganizācija un pārkārtošanās sniedz ieskatu NAFLD patogenēzē, izmantojot integrētu Hi-C, nanoporu un RNS sekvencēšanu”,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150.–3164. lpp. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
