page_head_bg

Produkti

Hi-C balstīta genoma montāža

Hi-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidspējas sekvencēšanu.Tiek uzskatīts, ka šīs mijiedarbības intensitāte ir negatīvi saistīta ar fizisko attālumu hromosomās.Tāpēc Hi-C dati varētu vadīt salikto secību klasterizāciju, kārtošanu un orientāciju genoma uzmetumā un noenkurot tās noteiktā skaitā hromosomu.Šī tehnoloģija nodrošina hromosomu līmeņa genoma komplektu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes.Katram genomam ir nepieciešams Hi-C.

Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

1Principle-of-Hi-C-sequencing

Pārskats par Hi-C
(Lībermans-Eidens E et al.,Zinātne, 2009)

ØNav nepieciešams izveidot ģenētisko populāciju kontig noenkurošanai
ØLielāks marķiera blīvums, kas nodrošina lielāku kontigciju noenkurošanas koeficientu virs 90%;
ØĻauj novērtēt un labot esošos genoma komplektus;
ØĪsāks aprites laiks ar augstāku genoma montāžas precizitāti;
ØLiela pieredze ar vairāk nekā 1000 Hi-C bibliotēku, kas izveidota vairāk nekā 500 sugām;
ØVairāk nekā 100 veiksmīgu gadījumu ar kumulatīvo publicēto ietekmes koeficientu, kas pārsniedz 760;
ØHi-C balstīta genoma montāža poliploīdam genomam, 100% noenkurošanās ātrums tika sasniegts iepriekšējā projektā.
ØIekšējie patenti un programmatūras autortiesības Hi-C eksperimentiem un datu analīzei
ØPašu izstrādāta vizualizēta datu regulēšanas programmatūra, kas nodrošina manuālu bloku pārvietošanu, apgriešanu, atsaukšanu un pārtaisīšanu.

Pakalpojuma specifikācijas

SecībaPlatforma

Bibliotēka

Ieteicamais dziļums

Paredzamais apgrozības laiks

Montāža

Illumina

300-350 bp

Vienkāršs genoms ≥ 100 ×

Kompleksais genoms ≥ 150 ×

3 mēneši

(Atkarībā no sugas)

Noenkurošanas koeficients ≥ 90% (atkarībā no sugas)

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole

üHi-C bibliotēkas kvalitātes kontrole

üHi-C balstīta genoma montāža

üPēcmontāžas novērtējums

2Hi-C-based-genome-assembly

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Dzīvniekiem:
1. Muskuļi (saldēti): ≥ 2 g;
2. Visas asinis (nesaldētas): ≥ 2 ml (3 bibliotēkām)

Augiem:
1. Stādi (piemēram, jauni stādi, kas kultivēti no sēklām, audu kultūras stādi utt.): savāc visas lapas un jauno stublāju;
2. Nobriedis augs: savāc stublāja galu un pirmās 1 vai 2 jaunās lapas tuvu stumbra galam.
* Ieteicamais daudzums katram paraugam ≥ 4 g.(Teorētiskais izlietojums bibliotēkas veidošanai ir 1 g uz vienu bibliotēku).

Ieteicamā paraugu piegāde

Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Lielākajai daļai paraugu mēs iesakām neglabāt etanolā.
Paraugu marķējums: paraugiem ir jābūt skaidri marķētiem un identiskiem ar iesniegto parauga informācijas veidlapu.
Piegāde: Sausais ledus: Paraugi vispirms jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

Hi-C eksperiments

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • *Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies

    1.Hi-C mijiedarbības siltuma karteCamptotheca acuminatagenoms.Kā parādīts kartē, mijiedarbības intensitāte ir negatīvi korelēta ar lineāro attālumu, kas norāda uz ļoti precīzu hromosomu līmeņa montāžu.(enkurošanas koeficients: 96,03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Kangs M et al.,Dabas sakari, 2021. gads

     

    2.Hi-C veicināja inversiju validāciju starpGossypium hirsutumL. TM-1 A06 unG. dendrārijsChr06

    4Hi-C-heatmap-facilitate-revealing-of-inversions-between-genomes

    Yang Z et al.,Dabas sakari, 2019

     

     

    3. Manokas genoma SC205 montāža un bialēliskā diferenciācija.Hi-C siltuma kartē parādīts skaidrs sadalījums homologās hromosomās.

    5Hi-C-heatmap-showing-homologous-chromosomes

    Hu W et al.,Molekulārais augs, 2021. gads

     

     

    4. Hi-C siltuma karte divu Ficus sugu genoma komplektā:F.microcarpa(enkurošanas koeficients: 99,3%) unF.hispida (enkurošanas attiecība: 99,7%)
    6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

    Zhang X et al.,Šūna, 2020. gads

     

     

    BMK lieta

    Banjankoka un apputeksnētājas lapsenes genomi sniedz ieskatu vīģu-lapseņu koevolūcijā

    Publicēts: Šūna, 2020. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    F. microcarpagenoms: apm.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidagenoms: apm.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillatagenoms: apm.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Galvenie rezultāti

    1. Izmantojot PacBio sekvencēšanu, Hi-C un saišu karti, tika izveidoti divi banāna koka genomi un viens apputeksnētāja lapsenes genoms.
    (1)F. microcarpagenoms: tika izveidots 426 Mb (97,7% no aplēstā genoma lieluma) komplekts ar 908 Kb N50, BUSCO rezultāts 95,6%.Kopumā Hi-C pie 13 hromosomām noenkuroja 423 Mb sekvences.Genoma anotācija radīja 29 416 proteīnus kodējošus gēnus.
    (2)F. Hispidagenoms: 360 Mb komplekts (97,3% no aplēstā genoma lieluma) ieguva ar kontig N50 492 Kb un BUSCO punktu skaitu 97,4%.Kopā 359 Mb sekvences tika noenkurotas uz 14 hromosomām ar Hi-C un ļoti identiskas augsta blīvuma saišu kartei.
    (3)Eupristina verticillatagenoms: tika izveidots 387 Mb komplekts (paredzētais genoma izmērs: 382 Mb) ar kontig N50 3,1 Mb un BUSCO punktu skaitu 97,7%.

    2. Salīdzinošā genomikas analīze atklāja lielu skaitu struktūras variāciju starp divāmFicusgenomi, kas nodrošināja nenovērtējamu ģenētisko resursu adaptīvās evolūcijas pētījumiem.Šis pētījums pirmo reizi sniedza ieskatu vīģu-lapseņu koevolūcijā genoma līmenī.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Circos diagramma par divu genomu iezīmēmFicusgenomi, tostarp hromosomas, segmentālās dublēšanās (SD), transpozoni (LTR, TE, DNS TE), gēnu ekspresija un sintēnija

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Y hromosomas un dzimuma noteikšanas kandidāta gēna identificēšana

    Atsauce

    Džans, X. u.c."Banjankoka un apputeksnētājlapseņu genomi sniedz ieskatu vīģu-lapseņu koevolūcijā."Šūna 183.4 (2020).

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: