Hi-C bāzes genoma montāža
Hi-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidības sekvencēšanu. Tiek uzskatīts, ka šo mijiedarbību intensitāte ir negatīvi korelēta ar fizisko attālumu hromosomās. Tāpēc Hi-C dati tiek izmantoti, lai vadītu salikto secību klasterizāciju, sakārtošanu un orientēšanu genoma melnrakstā un noenkurotu tās noteiktā hromosomu skaitā. Šī tehnoloģija nodrošina hromosomu līmeņa genoma salikšanu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes. Katram genomam ir nepieciešama Hi-C.
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq ar PE150.
● Pakalpojumam ir nepieciešami audu paraugi, nevis ekstrahētas nukleīnskābes, lai veidotu šķērssaites ar formaldehīdu un saglabātu DNS un olbaltumvielu mijiedarbību.
● Hi-C eksperiments ietver lipīgo galu restrikciju un labošanu ar biotīnu, kam seko iegūto neaso galu cirkularizācija, saglabājot mijiedarbības. Pēc tam DNS tiek novilkta ar streptavidīna lodītēm un attīrīta turpmākai bibliotēkas sagatavošanai.
Pakalpojuma priekšrocības
Hi-C pārskats
(Lībermana-Aidena E. u.c.,Zinātne, 2009)
●Ģenētisko populācijas datu nepieciešamības novēršana:Hi-C aizstāj būtisko informāciju, kas nepieciešama kontigentu noenkurošanai.
●Augsts marķieru blīvums:kā rezultātā tiek sasniegts augsts kontigentu piesaistes koeficients virs 90%.
●Plaša pieredze un publikāciju pieredze:BMKGene ir plaša pieredze ar vairāk nekā 2000 Hi-C genoma montāžas gadījumiem no 1000 dažādām sugām un dažādiem patentiem. Vairāk nekā 200 publicētiem gadījumiem ir kumulatīvais ietekmes faktors virs 2000.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas komanda:Ar iekšējiem patentiem un programmatūras autortiesībām Hi-C eksperimentiem un datu analīzei, pašizstrādātā vizualizācijas datu programmatūra ļauj manuāli pārvietot blokus, mainīt to darbību atpakaļ, atsaukt un atkārtot darbību.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas arī pēc projekta pabeigšanas, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
●Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētām variācijām un veiktu atbilstošu bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu vairākos pētniecības projektos.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēkas sagatavošana | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| Hi-C bibliotēka | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Parauga prasības
| Audu | Nepieciešamā summa |
| Dzīvnieku iekšējie orgāni | ≥ 2 g |
| Dzīvnieku muskuļi | |
| Zīdītāju asinis | ≥ 2 ml |
| Mājputnu/zivju asinis | |
| Augs - svaigas lapas | ≥ 3 g |
| Kultivētas šūnas | ≥ 1x107 |
| Kukainis | ≥ 2 g |
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
1) Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
2) Hi-C bibliotēkas kvalitātes kontrole: derīgu Hi-C mijiedarbību novērtēšana
3) Hi-C montāža: kontigu grupēšana grupās, kam seko kontigu sakārtošana katrā grupā un kontigu orientācijas piešķiršana
4) Hi-C novērtējums
Hi-C bibliotēkas kvalitātes kontrole – derīgu Hi-C mijiedarbības pāru novērtēšana
Hi-C asambleja – statistika
Pēcmontāžas novērtējums – signāla intensitātes siltuma karte starp tvertnēm
Iepazīstieties ar BMKGene Hi-C montāžas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Tian, T. et al. (2023) “Ievērojamas sausumizturīgas kukurūzas dīgļplazmas genoma montāža un ģenētiskā sadalīšana”, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496.–506. lpp. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Vangs, ZL u.c. (2020) “Āzijas medusbites Apis cerana genoma hromosomu mēroga montāža”, Frontiers in Genetics, 11, 524–140. lpp. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) “Tropāna alkaloīdu biosintēzes evolūcijas atklāšana, analizējot divus genomus Solanaceae dzimtā”, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1.–18. lpp. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) “Banjana koka un apputeksnētājas lapsenes genomi sniedz ieskatu vīģu un lapseņu koevolūcijā”, Cell, 183(4), 875.–889. lpp. e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
