Cilvēka visa eksoma sekvencēšana
Pakalpojuma funkcijas
● Pieejami divi eksoma paneļi, kuru pamatā ir mērķa bagātināšana ar zondēm: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) un xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- Pamatojoties uz SureSelect Human All Exon V6 paneli, mērķa uztveršanas diapazonam tiek pievienoti UTR reģioni un pilna garuma mtDNS.
- Ar SureSelect Human All Exon V6 paneli ir pieejama UMI iespējota bibliotēkas veidošana.
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq.
● Bioinformātikas process, kas vērsts uz slimību vai audzēju analīzi.
Pakalpojuma priekšrocības
●Mērķi olbaltumvielu kodēšanas reģions: Uztverot un sekvencējot olbaltumvielu kodējošos reģionus, hWES tiek izmantots, lai atklātu ar olbaltumvielu struktūru saistītus variantus.
●Izmaksu ziņā efektīvs:hWES iegūst aptuveni 85% no cilvēka slimībām saistītajām mutācijām no 1% cilvēka genoma.
●Augsta precizitāteAr augstu sekvencēšanas dziļumu hWES atvieglo gan bieži sastopamu variantu, gan retu variantu noteikšanu ar frekvenci, kas zemāka par 1%.
●Stingra kvalitātes kontroleVisos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai, mēs ieviešam piecus galvenos kontroles punktus. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptveroša bioinformātikas analīzeMūsu pētījumu plūsma sniedzas tālāk par atsauces genoma variāciju identificēšanu, jo tajā ir iekļauta uzlabota analīze, kas paredzēta, lai īpaši risinātu pētniecības jautājumus, kas saistīti ar slimību ģenētiskajiem aspektiem vai audzēju analīzi.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas arī pēc projekta pabeigšanas, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga specifikācijas
| Eksonu uztveršanas stratēģija | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade |
| Agilent SureSelectXT cilvēka visu eksonu V6 + UTR + mtDNS Agilent SureSelectXT cilvēka visu eksonu V6 + UTR + mtDNS (ar UMI) IDT xGen Exome Hyb panelis V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 Gb Mendeli slimību/reto slimību gadījumā: > 50x Audzēja paraugiem: ≥ 100x |
Parauga prasības
| Parauga veids | Summa(Qubit®) | Koncentrācija | Apjoms | Agarozes gels |
| WES-FF | ≥ 150 ng | ≥ 15 ng/µl |
≥ 15 µL | Nav vai ir ierobežota piesārņojuma un degradācijas (galvenā josla ir dzidra). FFPE DNS: Ja galvenā josla ir neskaidra, nepieciešama atšķirīga uztriepe, kas pārsniedz 2 kb. |
| WES-FFPE | ≥ 200 ng | ≥ 15 ng/µl |
Bioinformātika
hWES slimības paraugu bioinformātiskā analīze ietver:
● Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
● Atsauces genoma saskaņošana
● SNP un InDels identifikācija
● SNP un InDels funkcionālā anotācija
Audzēja paraugu bioinformātiskā analīze ietver:
● Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
● Atsauces genoma saskaņošana
● SNP, InDels un somatisko variāciju identificēšana
● Dzimumšūnu variantu identificēšana
● Mutāciju signatūru analīze
● Dzinēja gēnu identificēšana, pamatojoties uz funkciju pastiprinošām mutācijām
● Mutāciju anotācija zāļu uzņēmības līmenī
● Heterogenitātes analīze – tīrības un ploiditātes aprēķins
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Datu piegāde
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Datu kvalitātes kontrole – eksomu uztveršanas statistika
Variantu identifikācija – InDels
Paplašinātā analīze: kaitīgo SNP/InDels identificēšana un izplatība – Circos diagramma
Audzēja analīze: somatisko mutāciju identificēšana un izplatība – Circos diagramma
Audzēja analīze: klonālās līnijas
