-
Metagenomiskā secība (NGS)
Metagenoms attiecas uz jauktas organismu kopienas kopējā ģenētiskā materiāla kolekciju, piemēram, vides metagenomu, cilvēka metagenomu utt. Tas satur gan kultivētu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomus.Metagenomiskā sekvencēšana ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomiskā sekvencēšana-nanopora
Metagenomika ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem utt. Nesen tika ieviestas nanoporu sekvencēšanas platformas. metagenomiskiem pētījumiem.Tā izcilā veiktspēja lasīšanas garumā lielā mērā uzlaboja lejupējās plūsmas metagenomisko analīzi, īpaši metagenomu montāžu.Izmantojot lasīšanas garuma priekšrocības, uz nanoporu balstītais metagenomikas pētījums spēj panākt nepārtrauktāku montāžu, salīdzinot ar šāvienu metagenomiku.Ir publicēts, ka uz nanoporu balstīta metagenomika veiksmīgi ģenerēja pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no mikrobiomiem (Moss, EL, et. al,Dabas biotehnoloģija, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S un 18S rRNS apakšvienība, kas satur gan ļoti konservētus, gan hipermainīgus reģionus, ir ideāls molekulārais pirkstu nospiedums prokariotu un eikariotu organismu identificēšanai.Izmantojot sekvencēšanas priekšrocības, šos amplikonus var mērķēt, pamatojoties uz konservētajām daļām, un hipermainīgos reģionus var pilnībā raksturot mikrobu identificēšanai, veicinot pētījumus, kas aptver mikrobu daudzveidības analīzi, taksonomiju, filoģenēzi utt. Vienas molekulas reāllaikā (SMRT) ) PacBio platformas sekvencēšana ļauj iegūt ļoti precīzus garus nolasījumus, kas varētu aptvert pilna garuma amplikonus (apm. 1,5 Kb).Plašais skatījums uz ģenētisko lauku ievērojami uzlaboja sugu anotācijas izšķirtspēju baktēriju vai sēnīšu kopienās.
Platforma:PacBio turpinājums II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšanas mērķis ir atklāt filoģenēzi, taksonomiju un sugu pārpilnību mikrobu kopienā, pētot mājturības ģenētisko marķieru PCR produktus, kas satur gan ļoti konversētas, gan hipermainīgas daļas.Šo ideālo molekulāro pirkstu nospiedumu ieviešana, ko veica Woeses et al (1977), nodrošina mikrobiomu profilēšanu bez izolācijas.16S (baktērijas), 18S (sēnītes) un iekšējās transkribētās starplikas (ITS, sēnes) sekvencēšana ļauj identificēt gan bagātīgas sugas, gan retas un neidentificētas sugas.Šī tehnoloģija ir kļuvusi par plaši pielietotu un galveno instrumentu, lai identificētu atšķirīgu mikrobu sastāvu dažādās vidēs, piemēram, cilvēka mutē, zarnās, izkārnījumos utt.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtota sekvencēšana
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtota sekvencēšana ir būtisks instruments, lai pabeigtu zināmu baktēriju un sēnīšu genomus, kā arī salīdzinātu vairākus genomus vai kartētu jaunu organismu genomus.Liela nozīme ir visu baktēriju un sēnīšu genomu sekvencēšanai, lai radītu precīzus atsauces genomus, veiktu mikrobu identifikāciju un citus salīdzinošus genoma pētījumus.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sēnīšu genoms
Biomarķieru tehnoloģijas nodrošina sēnīšu genoma aptauju, smalku genomu un penes pilnīgu genomu atkarībā no konkrētā pētījuma mērķa.Genoma sekvencēšanu, montāžu un funkcionālo anotāciju var panākt, apvienojot nākamās paaudzes sekvencēšanu + trešās paaudzes sekvencēšanu, lai panāktu augsta līmeņa genoma montāžu.Hi-C tehnoloģiju var izmantot arī, lai atvieglotu genoma montāžu hromosomu līmenī.
Platforma:PacBio turpinājums II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Pilns baktēriju genoms
Biomarker Technologies nodrošina sekvencēšanas pakalpojumu, lai izveidotu pilnīgu baktēriju genomu ar nulles atstarpi.Baktēriju pilnīgas genoma konstrukcijas galvenā darbplūsma ietver trešās paaudzes sekvencēšanu, montāžu, funkcionālo anotāciju un progresīvu bioinformātisko analīzi, kas atbilst specifiskiem pētniecības mērķiem.Plašāka baktēriju genoma profilēšana ļauj atklāt to bioloģisko procesu pamatā esošos fundamentālos mehānismus, kas varētu arī sniegt vērtīgu atsauci genoma pētījumiem augstākajās eikariotu sugās.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio turpinājums II
