mRNS sekvencēšana (NGS) – De novo

mRNS sekvencēšana ļauj profilēt visus mRNS transkriptus šūnās noteiktos apstākļos un ir plaši izmantota tehnoloģija dažādās pētniecības jomās. BMKCloud De novo mRNA-seq cauruļvads ir izstrādāts, lai analizētu ar poli-A bagātinātas sekvencēšanas bibliotēkas, ja nav pieejams atsauces genoms. Cauruļvads sākas ar kvalitātes kontroli, kam sekono jaunaTranskripta montāža un unigēnu kopas atlase. Unigēnu struktūras analīze paredz kodējošo secību (CDS) un vienkāršos secības atkārtojumus (SSR). Pēc tam diferenciālās ekspresijas analīze atrod diferenciāli ekspresētos gēnus (DEG) starp testētajiem nosacījumiem, kam seko DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana, lai iegūtu bioloģiskas atziņas.