Metagenomiskā sekvencēšana-TGS
Metagenoms ir jauktas organismu kopienas, piemēram, vides un cilvēka metagenomu, ģenētiskā materiāla kolekcija. Tajā ir gan kultivējamu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomi. Metagenomiskā sekvencēšana ļauj pētīt šīs sarežģītās genoma ainavas, kas iestrādātas ekoloģiskajos paraugos, nodrošinot vairāk nekā tikai taksonomisku profilēšanu. Tā piedāvā arī funkcionālās genomikas perspektīvu, izpētot kodētos gēnus un to iespējamās lomas vides procesos. Lai gan tradicionālās "shotgun" pieejas ar Illumina sekvencēšanu ir plaši izmantotas metagenomikas pētījumos, Nanopore un PacBio ilgstošas sekvencēšanas parādīšanās ir mainījusi šo jomu. Nanopore un PacBio tehnoloģijas uzlabo pakārtotās bioinformātiskās analīzes, jo īpaši metagenoma montāžu, nodrošinot nepārtrauktāku montāžu. Ziņojumi liecina, ka uz Nanopore un PacBio balstīta metagenomika ir veiksmīgi ģenerējusi pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no sarežģītiem mikrobiomiem (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore lasījumu integrēšana ar Illumina lasījumiem nodrošina stratēģisku pieeju kļūdu labošanai, mazinot Nanopore raksturīgo zemo precizitāti. Šī sinerģiskā kombinācija izmanto katras sekvencēšanas platformas stiprās puses, piedāvājot stabilu risinājumu iespējamo ierobežojumu pārvarēšanai un metagenomisko analīžu precizitātes un uzticamības uzlabošanai.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia un PacBio Revio
Pakalpojuma funkcijas
● Ilgnolasīšanas sekvencēšana uz Nanopore P48 (10 Kb bibliotēka); PacBio Revio (8 Kb bibliotēka)
● Kļūdu labošana: sekvencēšana programmā Illumina NovaSeq (PE150 bibliotēka)
Pakalpojuma priekšrocības
●Augstas kvalitātes metagenoma montāža:Ar mazāk kontigiem, kuriem ir augstāka nepārtrauktība.
●Augstāka precizitāte:Sugu identificēšana un funkcionālo gēnu prognozēšana.
●Uzlabota montāžaBaktēriju genoma izolēšanas un salīdzinošās metagenoma analīzes veicināšana.
●Visaptveroša bioinformātikas analīze:Mūsu analīze ir vērsta ne tikai uz taksonomisko daudzveidību, bet arī uz kopienas funkcionālo daudzveidību.
●Plaša pieredzeMūsu komanda katrā projektā iesaistās ar bagātīgu pieredzi, un mums ir veiksmīga vairāku metagenomikas projektu pabeigšana dažādās pētniecības jomās un vairāk nekā 200 000 paraugu apstrāde, tāpēc mūsu komanda katrā projektā iesaistās ar bagātīgu pieredzi.
Pakalpojuma specifikācijas
| Sekvencēšanas platforma | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 KB | 6/10 Gb |
| PacBio Revio | 8 KB | 10/20 GB |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µl) | |
| Illumina PE150 bibliotēka | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb bibliotēka | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb bibliotēka | ≥50 | 10 µg/šūnā | ≥20 |
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
● Metagenomu montāža un gēnu prognozēšana
● Gēnu anotācija
● Taksonomiskā alfa daudzveidības analīze
● Kopienas funkcionālā analīze: bioloģiskā funkcija, vielmaiņa, antibiotiku rezistence
● Funkcionālās un taksonomiskās daudzveidības analīze:
Beta daudzveidības analīze
Starpgrupu analīze
Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un OUT sastāvu un daudzveidību
Neredundantu gēnu kopu sadalījums:
Gēnu anotācija: KEGG ceļš
Gēnu anotācija: eggNOG
Gēnu anotācija: CAZY ogļhidrāti
Sugu korelācijas tīkls:
Iepazīstieties ar sasniegumiem, ko veicinājis BMKGene metagenomikas sekvencēšanas pakalpojums ar Nanopore + Illumina, šajā ieteiktajā publikācijā:
Džins, H. u.c. (2023) “Augstas kvalitātes iekšējo mongoļu cilvēka zarnu mikrobioma genoma apkopojums”, Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), 150.–161. lpp. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
