page_head_bg

Produkti

Metagenomiskā sekvencēšana-nanopora

Metagenomika ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem utt. Nesen tika ieviestas nanoporu sekvencēšanas platformas. metagenomiskiem pētījumiem.Tā izcilā veiktspēja lasīšanas garumā lielā mērā uzlaboja lejupējās plūsmas metagenomisko analīzi, īpaši metagenomu montāžu.Izmantojot lasīšanas garuma priekšrocības, uz nanoporu balstītais metagenomikas pētījums spēj panākt nepārtrauktāku montāžu, salīdzinot ar šāvienu metagenomiku.Ir publicēts, ka uz nanoporu balstīta metagenomika veiksmīgi ģenerēja pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no mikrobiomiem (Moss, EL, et. al,Dabas biotehnoloģija, 2020)

Platforma:Nanopore PromethION P48


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

BMK lieta

Pakalpojuma priekšrocības

ØAugstas kvalitātes montāža — sugu identifikācijas un funkcionālo gēnu prognozēšanas precizitātes uzlabošana

ØSlēgta baktēriju genoma izolācija

ØJaudīgāks un uzticamāks pielietojums dažādās jomās, piemēram, patogēnu mikroorganismu vai antibiotiku rezistenci saistītu gēnu noteikšana

ØSalīdzinošā metagenomu analīze

Pakalpojuma specifikācijas

SecībaPlatforma

Bibliotēka

Ieteicamais datu apjoms

Paredzamais apgrozības laiks

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K atzīmes

30 dienas

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole

üMetagenomu montāža

üNelieka gēnu kopa un anotācija

üSugu daudzveidības analīze

üĢenētisko funkciju daudzveidības analīze

üStarpgrupu analīze

üAsociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem

2

Prasību paraugs un piegāde

Parauga prasības un piegāde

Prasību paraugs:   

PriekšDNS ekstrakti:

Parauga veids

Summa

Koncentrēšanās

Tīrība

DNS ekstrakti

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Vides paraugiem:

Parauga veids

Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra

Augsne

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā.

Izkārnījumi

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai.

Zarnu saturs

Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs.

Dūņas

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai

Ūdenstilpne

Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 L ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānu ar mikrobiem.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē.

Āda

Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē.

Ieteicamā paraugu piegāde

Sasaldē paraugus šķidrā slāpeklī uz 3-4 stundām un uzglabā šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1. Siltuma karte: sugu bagātības klasterizācija32. Funkcionālie gēni, kas anotēti uz KEGG vielmaiņas ceļiem43. Sugu korelācijas tīkls54. CARD antibiotiku rezistences gēnu cirki
    6

    BMK lieta

    Nanoporu metagenomika ļauj ātri klīniski diagnosticēt apakšējo elpceļu baktēriju infekciju

    Publicēts:Dabas biotehnoloģija, 2019

    Tehniskie akcenti
    Secība: Nanopore MinION
    Klīniskā metagenomikas bioinformātika: saimnieka DNS izsīkšana, WIMP un ARMA analīze
    Ātra noteikšana: 6 stundas
    Augsta jutība: 96,6%

    Galvenie rezultāti

    2006. gadā apakšējo elpceļu infekcija (LR) izraisīja 3 miljonu cilvēku nāvi visā pasaulē.Tipiskā LR1 patogēna noteikšanas metode ir kultivēšana, kurai ir vāja jutība, ilgs darbības laiks un trūkst norādījumu agrīnai antibiotiku terapijai.Ātra un precīza mikrobu diagnoze jau sen ir bijusi steidzama nepieciešamība.Dr Džastins no Austrumanglijas universitātes un viņa partneri veiksmīgi izstrādāja uz nanoporu balstītu metagenomisko metodi patogēnu noteikšanai.Saskaņā ar viņu darbplūsmu 99,99% saimnieka DNS var būt noplicināti.Patogēnu un antibiotiku rezistentu gēnu noteikšanu var pabeigt 6 stundu laikā.

    Atsauce
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. un O'Grady, J. .(2019).Nanoporu metagenomika ļauj ātri klīniski diagnosticēt apakšējo elpceļu baktēriju infekciju.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: