Nanopore pilna garuma transkripts

Nanoporu transkriptomu sekvencēšana ir jaudīga metode pilna garuma kDNS sekvencēšanai, precīzai transkriptu izoformu identificēšanai un kvantitatīvai noteikšanai. BMKCloud Nanopore pilna garuma transkriptomu cauruļvads ir izstrādāts, lai analizētu Nanopore platformā ģenerētos RNS-Seq datus, salīdzinot ar augstas kvalitātes, labi anotētu atsauces genomu, nodrošinot kvalitatīvu un kvantitatīvu analīzi gan gēnu, gan transkriptu līmenī. Pēc kvalitātes kontroles tiek iegūtas pilna garuma nehimēriskas (FLNC) sekvences, un konsensa sekvences tiek kartētas ar atsauces genomu, lai noņemtu liekos transkriptus. No šī transkriptu kopas ekspresija tiek kvantitatīvi noteikta, un tiek identificēti un funkcionāli anotēti diferencēti ekspresētie gēni un transkripti. Cauruļvads ietver arī alternatīvās poliadenilēšanas (APA) analīzi, alternatīvās splicēšanas analīzi, vienkāršās secības atkārtojuma (SSR) analīzi, lncRNS un atbilstošo mērķu prognozēšanu, kodējošo secību (CDS) prognozēšanu, gēnu saimes analīzi, transkripcijas faktoru analīzi, jaunu gēnu prognozēšanu un transkriptu funkcionālo anotāciju.