Uz nanoporām balstīta pilna garuma transkripta sekvencēšana
Nanoporu sekvencēšana atšķiras no citām sekvencēšanas platformām ar to, ka nukleotīdus nolasa tieši bez DNS sintēzes un ģenerē garus nolasījumus ar desmitiem kilobāzu.Tas dod iespēju tieši nolasīt pilna garuma stenogrammas un risināt transkriptijas pētījumu problēmas.
√ Zema secībai raksturīgā novirze
√ Pilna garuma cDNS nolasījums gēnu struktūras pētījumiem
√ Nepieciešams mazāk datu, lai aptvertu tādu pašu atšifrējumu skaitu
√ Vairāku izoformu identificēšana vienā gēnā
√ Izteiksmes kvantitatīva noteikšana izoformas līmenī
Tipisks bioinformātikas cauruļvads
Jaunākie veiksmīgi gadījumi ar biomarķieru tehnoloģijām
1. Pilna garuma transkriptu salīdzinošās analīzes atklāj Gnetum luofuense stumbra attīstības dinamiku
Žurnāls: Frontiers in Genetics
Publicēšanas datums: 2021. gada marts
Atslēgvārdi: MINION |Alternatīva savienošana |APA |lncRNS |Atšķirīgi izteikti stenogrammas
Lasīt pilnu tekstu
2. Mazo RNS vienvirziena kustība no dzinumiem uz saknēm starpsugu heterotransplantātos
Žurnāls: Dabas augi
Publicēšanas datums: 2021. gada janvāris
Atslēgvārdi: Nanopore |Illumina |pilna garuma mobilā mRNS noteikšana
3. Sparģeļu sakņu pilna garuma transkripta analīze atklāj arbuskulāro mikorizas sēņu izraisīto sāls tolerances molekulāro mehānismu
Žurnāls: Vides un eksperimentālā botānika
Publicēšanas datums: 2021. gada janvāris
Atslēgvārdi: MINION |Atšķirīgi izteikti atšifrējumi |Transkripcijas faktori |Alternatīva savienošana
4. Rožu (Rosa chinensis) sakņu un lapu fizioloģiskās raksturīgās izmaiņas un pilna garuma transkripts, reaģējot uz sausuma stresu
Žurnāls: Augu un šūnu fizioloģija
Publicēts: 2020. gada oktobrī
Atslēgvārdi: PromethION |Atšķirīgi izteikti atšifrējumi |Funkcionālā prognoze |Savienotas izoformas |TF un lncRNS
5. Arabidopsis transkripta PacBio un nanoporu bāzes RNS sekvencēšanas analīze un visaptverošs salīdzinājums.
Žurnāls: Augu metode
Publicēts: 2020. gada aprīlī
Atslēgvārdi: GridION |PromethION |PacBio turpinājums |Illumina NovaSeq |Genoma izlīdzināšana |Atšifrējuma identifikācija |Alternatīva savienošana |SSR |LncRNA |Izoformu kvantitatīva noteikšana
Jaunumi un svarīgākie notikumi mērķis ir dalīties ar jaunākajiem veiksmīgajiem gadījumiem ar Biomarker Technologies, tverot jaunus zinātnes sasniegumus, kā arī ievērojamas metodes, kas izmantotas pētījuma laikā.
Publicēšanas laiks: 08.01.2022