page_head_bg

Produkti

Neatsauces mRNS sekvencēšana — Illumina

mRNS sekvencēšana izmanto nākamās paaudzes sekvencēšanas paņēmienu (NGS), lai noteiktā periodā, kurā tiek aktivizētas dažas īpašas funkcijas, uztvertu RNS (mRNS) no eikariota.Garākais transkripts tika saukts par "Unigene" un tika izmantots kā atsauces secība turpmākai analīzei, kas ir efektīvs līdzeklis, lai pētītu sugas molekulāro mehānismu un regulējošo tīklu bez atsauces.

Pēc transkripta datu apkopošanas un unigēnas funkcionālās anotācijas

(1) Tiks veikta SNP analīze, SSR analīze, CDS prognozēšana un gēnu struktūra.

(2) Tiks veikta unigēnās ekspresijas kvantitatīva noteikšana katrā paraugā.

(3) Atšķirīgi izteikti unigēni starp paraugiem (vai grupām) tiks atklāti, pamatojoties uz unigēno ekspresiju

(4) Tiks veikta diferencēti izteiktu unigēnu klasterizācija, funkcionālā anotācija un bagātināšanas analīze.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Iespējas

ØNeatkarīgi no jebkura atsauces genoma,

ØDatus var izmantot, lai analizētu transkriptu struktūru un izteiksmi

ØIdentificējiet mainīgo izgriešanas vietas

Pakalpojuma priekšrocības

ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: rezultāti tiek piegādāti kā datu fails un interaktīvs pārskats, izmantojot BMKCloud platformu, kas ļauj lietotājam draudzīgi lasīt sarežģītas analīzes rezultātus un pielāgot datu ieguvi, pamatojoties uz standarta bioinformātikas analīzi.

ØPēcpārdošanas pakalpojumi: pēcpārdošanas pakalpojumi, kas ir spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas, ieskaitot projekta uzraudzību, problēmu novēršanu, rezultātu jautājumus un atbildes utt.

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Tīrība Integritāte Piesārņojums Summa
OD260/280≥1,7-2,5; OD260/230≥0,5-2,5; Augiem: RIN≥6,5;Dzīvniekiem: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. Konc.≥30 ng/μl;Tilpums ≥ 10 μl;Kopā ≥ 1,5 μg

Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.

Asins paraugi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzola un 2 ml asiņu (TRIzol: Blood = 3: 1)

Ieteicamā paraugu piegāde

Konteiners:
2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicama alvas folija)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • Bioinformātika

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.mRNS(denovo) Salikšanas princips

    Trinity nolasījumus sadala mazākos gabalos, kas pazīstami kā K-mer.Šīs K-mers pēc tam tiek izmantotas kā sēklas, lai tās paplašinātu kontigos un pēc tam komponentos, pamatojoties uz kontigumu pārklāšanos.Visbeidzot, De Bruijn tika izmantots šeit, lai atpazītu transkriptus komponentos.

    mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

    mRNS (De novo) Trīsvienības pārskats

    2.mRNS (De novo) Gēnu ekspresijas līmeņa sadalījums

    RNA-Seq spēj sasniegt ļoti jutīgu gēnu ekspresijas novērtējumu.Parasti nosakāmais transkriptu izteiksmes FPKM diapazons svārstās no 10^-2 līdz 10^6

    mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-each-sample

    mRNS (De novo) FPKM blīvuma sadalījums katrā paraugā

    3. mRNS (De novo) GO bagātināšanas analīze DEG

    GO (Gene Ontology) datubāze ir strukturēta bioloģisko anotāciju sistēma, kas satur standarta gēnu un gēnu produktu funkciju vārdu krājumu.Tas satur vairākus līmeņus, kur zemāks līmenis, jo specifiskākas ir funkcijas.

    mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-at-second-level

    mRNS (De novo) GO DEG klasifikācija otrajā līmenī

    BMK lieta

    Saharozes metabolisma transkripta analīze sīpolu pietūkuma un attīstības laikā (Allium cepa L.)

    Publicēts: augu zinātnes robežas2016. gads

    Sekvences stratēģija

    Illumina HiSeq2500

    Paraugu kolekcija

    Šajā pētījumā tika izmantota Utah Yellow Sweet Spain šķirne “Y1351”.Savākto paraugu skaits bija
    15. dienā pēc sīpola pietūkuma (DAS) (2 cm diametrā un 3–4 g svara), 30. DAS (5 cm diametrā un 100–110 g g.) un 30. dienā pēc 40. DAS (7 cm diametrā un 260–300 grami).

    Galvenie rezultāti

    1. Venna diagrammā visos trīs attīstības stadiju pāros kopumā tika konstatēti 146°
    2. “Ogļhidrātu transports un vielmaiņa” tika pārstāvēti tikai ar 585 unigēniem (ti, 7% no anotētā COG).
    3. Unigenes, kas veiksmīgi anotētas GO datubāzē, tika klasificētas trīs galvenajās kategorijās trīs dažādiem sīpolu attīstības posmiem.Visvairāk “bioloģiskā procesa” galvenajā kategorijā bija “vielmaiņas process”, kam sekoja “šūnu process”.Galvenajā kategorijā “molekulārā funkcija” divas visvairāk pārstāvētās kategorijas bija “saistīšana” un “katalītiskā aktivitāte”.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Ortoloģisko grupu (COG) klasteru klasifikācijas histogramma

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Gēnu ontoloģijas (GO) klasifikācijas histogramma unigēniem, kas iegūti no sīpoliem trīs attīstības stadijās

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Venna diagramma, kurā parādīti gēni, kas atšķirīgi izteikti jebkurās divās sīpolu sīpolu attīstības stadijās

    Atsauce

    Zhang C, Zhang H, Zhan Z u.c.Saharozes metabolisma transkripta analīze sīpolu (Allium cepa L.) sīpolu pietūkuma un attīstības laikā [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: