Bez atsauces balstīta mRNS sekvencēšana-NGS
Funkcijas
● Poli-mRNS uztveršana pirms bibliotēkas sagatavošanas
● Neatkarīgi no jebkura atsauces genoma: pamatojoties uz transkriptu de novo montāžu, ģenerējot unigēnu sarakstu, kas ir anotēts ar vairākām datubāzēm (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Visaptveroša gēnu ekspresijas un transkripta struktūras bioinformātiskā analīze
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredzeAr vairāk nekā 600 000 paraugu apstrādes pieredzi BMKGENE, aptverot dažādus paraugu veidus, piemēram, šūnu kultūras, audus un ķermeņa šķidrumus, mūsu komanda katram projektam sniedz bagātīgu pieredzi. Esam veiksmīgi noslēguši vairāk nekā 100 000 mRNS sekvencēšanas projektu dažādās pētniecības jomās.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
● Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu diferenciāli ekspresētos gēnus (DEG) un veiktu atbilstošo bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu šūnu un molekulārajos procesos, kas ir transkriptomas atbildes pamatā.
●Pēcpārdošanas atbalstsMūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| Bagātināts ar poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 Gb | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥4,0; Dzīvniekiem: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 300 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 450 mg
Kauli, mati vai āda: 1 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 6 g
Vēžveidīgie: 300 mg
● Pilnvērtīgas asinis1 caurule
● Šūnas: 106 šūnas
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
Transkriptoma montāža un unigēna atlase
Unigene anotācija
Paraugu korelācija un bioloģisko atkārtojumu novērtēšana
Diferenciāli ekspresēti gēni (DEG)
DEG funkcionālā anotācija
DEG funkcionālā bagātināšana
Iepazīstieties ar BMKGene eikariotu NGS mRNS sekvencēšanas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Shen, F. et al. (2020) “De novo transkriptoma montāža un dzimumam atbilstoša gēnu ekspresija Amūras sams (Silurus asotus) dzimumdziedzeros”, Genomics, 112(3), 2603.–2614. lpp. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) “Saharozes metabolisma transkriptoma analīze sīpola (Allium cepa L.) sīpola pietūkuma un attīstības laikā”, Frontiers in Plant Science, 7 (septembris), 212763. lpp. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) “Sarcocheilichthys sinensis transkriptoma de novo montāža, raksturojums un anotācija”, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) “De novo transkriptoma analīze sniedz ieskatu Podocarpus macrophyllus sāls tolerances nodrošināšanā sāļuma stresa apstākļos”, BMC Plant Biology, 21(1), 1.–17. lpp. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
