Neatsauces mRNS sekvencēšana-Illumina
Iespējas
● neatkarīgi no jebkura atsauces genoma,
● Datus var izmantot, lai analizētu atšifrējumu struktūru un izteiksmi
● Identificējiet mainīgo izgriešanas vietas
Pakalpojuma priekšrocības
● Uz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: rezultāti tiek piegādāti kā datu fails un interaktīvs pārskats, izmantojot BMKCloud platformu, kas ļauj lietotājam draudzīgi lasīt sarežģītas analīzes rezultātus un pielāgot datu ieguvi, pamatojoties uz standarta bioinformātikas analīzi.
● Pēcpārdošanas pakalpojumi: pēcpārdošanas pakalpojumi, kas ir spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas, tostarp projekta uzraudzība, problēmu novēršana, rezultātu jautājumi un atbildes utt.
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
Nukleotīdi:
| Konc. (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Integritāte |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. | Augiem: RIN≥6,5; Dzīvniekiem: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma |
Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.
Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.
Asins paraugi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzola un 2 ml asiņu (TRIzol: Blood = 3: 1)
Ieteicamā paraugu piegāde
Konteiners:
2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
1.mRNS(denovo) Salikšanas princips
Trinity nolasījumus sadala mazākos gabalos, kas pazīstami kā K-mer.Šīs K-mers pēc tam tiek izmantotas kā sēklas, lai tās paplašinātu kontigos un pēc tam komponentos, pamatojoties uz kontigumu pārklāšanos.Visbeidzot, De Bruijn tika izmantots šeit, lai atpazītu transkriptus komponentos.
mRNS (De novo) Trīsvienības pārskats
2.mRNS (De novo) Gēnu ekspresijas līmeņa sadalījums
RNA-Seq spēj sasniegt ļoti jutīgu gēnu ekspresijas novērtējumu.Parasti nosakāmais transkriptu izteiksmes FPKM diapazons svārstās no 10^-2 līdz 10^6
mRNS (De novo) FPKM blīvuma sadalījums katrā paraugā
3. mRNS (De novo) GO bagātināšanas analīze DEG
GO (Gene Ontology) datubāze ir strukturēta bioloģisko anotāciju sistēma, kas satur gēnu un gēnu produktu funkciju standarta vārdu krājumu.Tas satur vairākus līmeņus, kur zemāks līmenis, jo specifiskākas ir funkcijas.
mRNS (De novo) GO DEG klasifikācija otrajā līmenī
BMK lieta
Saharozes metabolisma transkripta analīze sīpolu pietūkuma un attīstības laikā (Allium cepa L.)
Publicēts: augu zinātnes robežas2016. gads
Sekvences stratēģija
Illumina HiSeq2500
Paraugu kolekcija
Šajā pētījumā tika izmantota Utah Yellow Sweet Spain šķirne “Y1351”.Savākto paraugu skaits bija
15. dienā pēc spuldzes (2 cm diametrā un 3–4 g svarā) pietūkuma (DAS), 30. DAS (5 cm diametrā un 100–110 g svara) un 30. dienā pēc 40. DAS (7 cm diametrā un 260–300 grami).
Galvenie rezultāti
1. Venna diagrammā visos trīs attīstības stadiju pāros kopumā tika konstatēti 146°
2. “Ogļhidrātu transportu un vielmaiņu” pārstāvēja tikai 585 unigēni (ti, 7% no anotētā COG).
3. Unigenes, kas veiksmīgi anotētas GO datubāzē, tika klasificētas trīs galvenajās kategorijās trīs dažādiem sīpola attīstības posmiem.Visvairāk “bioloģiskā procesa” galvenajā kategorijā bija “vielmaiņas process”, kam sekoja “šūnu process”.Galvenajā kategorijā “molekulārā funkcija” divas visvairāk pārstāvētās kategorijas bija “saistīšana” un “katalītiskā aktivitāte”.
 Ortoloģisko grupu (COG) klasteru klasifikācijas histogramma |  Gēnu ontoloģijas (GO) klasifikācijas histogramma unigēniem, kas iegūti no sīpoliem trīs attīstības stadijās |
 Venna diagramma, kurā parādīti gēni, kas atšķirīgi izteikti jebkurās divās sīpolu sīpola attīstības stadijās |
Atsauce
Zhang C, Zhang H, Zhan Z u.c.Saharozes metabolisma transkripta analīze sīpolu pietūkuma un attīstības laikā (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
