PacBio 2+3 pilna garuma mRNS šķīdums
Funkcijas
● Pētījuma dizains:
Apvienotais paraugs, kas sekvencēts ar PacBio, lai identificētu transkripta izoformas
Atsevišķi paraugi (atkārtojumi un testējamie apstākļi) sekvencēti arNGS, lai kvantitatīvi noteiktu transkripta izteiksmi
● PacBio sekvencēšana CCS režīmā, HiFi nolasījumu ģenerēšana
● Pilna garuma transkriptu sekvencēšana
● Analīzei nav nepieciešams atsauces genoms; tomēr to var izmantot
● Bioinformātiskā analīze ietver ne tikai ekspresiju gēnu un izoformu līmenī, bet arī lncRNS, gēnu saplūšanas, poliadenilēšanas un gēnu struktūras analīzi.
Priekšrocības
● Augsta precizitāteHiFi nolasa ar precizitāti >99,9% (Q30), salīdzināmu ar NGS
● Alternatīvu savienojumu analīzeVisu transkriptu sekvencēšana ļauj identificēt un raksturot izoformas.
● PacBio un NGS stipro pušu kombinācijaTas ļauj kvantitatīvi noteikt ekspresiju izoformu līmenī, atklājot izmaiņas, kas var būt maskētas, analizējot visu gēnu ekspresiju.
● Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 2300 paraugu, un mūsu komanda katrā projektā iesaistās ar bagātīgu pieredzi.
● Pēcpārdošanas atbalstsMūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| PolyA bagātināta mRNS CCS bibliotēka | PacBio turpinājums II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Bagātināts ar poli A | Illumina PE150 | 6–10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotīdi
|
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| Illumina bibliotēka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augiem: RIN≥4,0; Dzīvniekiem: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
| PacBio bibliotēka | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | Augi: RIN≥7,5 Dzīvnieki: RIN≥8,0 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus:Paraugi jāiepako maisos un jāapglabā sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Ietver šādu analīzi:
- Neapstrādāti dati
- Kvalitātes kontrole
- Alternatīva poliadenilācijas analīze (APA)
- Saplūšanas transkripta analīze
- Alternatīvas savienošanas analīze
- Universālo vienas kopijas ortologu (BUSCO) salīdzinošās analīzes analīze
- Jaunu transkriptu analīze: kodējošo secību (CDS) prognozēšana un funkcionālā anotācija
- lncRNS analīze: lncRNS un mērķu prognozēšana
- Mikrosatelītu identifikācija (SSR)
- Diferenciāli ekspresētu transkriptu (DET) analīze
- Diferenciāli ekspresētu gēnu (DEG) analīze
- DEG un DET funkcionālā anotācija
BUSCO analīze
Alternatīvas savienošanas analīze
Alternatīva poliadenilācijas analīze (APA)
Diferenciāli ekspresēti gēni (DEG) un transkripti (DET9 analīze)
DET un DEG olbaltumvielu-olbaltumvielu mijiedarbības tīkli
Iepazīstieties ar sasniegumiem, ko veicinājusi BMKGene PacBio 2+3 pilna garuma mRNS sekvencēšana, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Chao, Q. et al. (2019) “Populus cilmes transkriptoma attīstības dinamika”,Augu biotehnoloģijas žurnāls, 17(1), 206.–219. lpp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) “Askorbīnskābes satura dinamiskas izmaiņas Actinidia latifolia (askorbātiem bagātas augļu kultūras) augļu attīstības un nogatavošanās laikā un saistītie molekulārie mehānismi”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 23(10), 1. lpp. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) “Parīzes polifillu bioaktīvajos polifilīnos iesaistīto biosintēzes ceļa gēnu efektīva prognozēšana”,Komunikāciju bioloģija2022 5:1, 5(1), 1.–10. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Tuta absoluta (Meyrick) transkriptoma un citohroma P450 gēnu apvienotā PacBio Iso-Seq un Illumina RNS-Seq analīze",Kukaiņi, 14(4), 363. lpp. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Vangs, Lidžuns u. c. (2019) “Transkriptoma sarežģītības pētījums, izmantojot PacBio vienas molekulas reāllaika analīzi apvienojumā ar Illumina RNS sekvencēšanu, lai labāk izprastu rīcinolskābes biosintēzi Ricinus communis”BMC genomika, 20(1), 1.–17. lpp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ATTĒLI/7.
