Pacbio pilna garuma transkriptoms

PacBio pilna garuma transkriptoma sekvencēšana, Isoseq, ļauj precīzi identificēt transkriptu izoformas, izgaismojot alternatīvo poliadenilēšanu un splaisošanu, kā arī nodrošinot precīzāku gēnu ekspresijas analīzi. BMKCloud PacBio pilna garuma transkriptoma cauruļvads ir izstrādāts, lai analizētu kDNS bibliotēkas, kas sekvencētas cirkulārā konsensa sekvencēšanas (CCS) režīmā, un identificē pilna garuma nehimēriskas (FLNC) sekvences, kuras pēc tam tiek grupētas neredundantos transkriptos. Turpmākā BUSCO analīze novērtē transkriptoma salikšanas pilnīgumu. No saliktā transkriptoma tiek veiktas vairākas analīzes: alternatīvā splaisošana, vienkārša secības atkārtojums (SSR), lncRNS un atbilstošo mērķa gēnu prognozēšana, jaunu gēnu prognozēšana, gēnu saimes analīze, transkripcijas faktoru analīze un transkriptu funkcionālā anotācija.