Augu/dzīvnieku de Novo genoma sekvencēšana
Pakalpojuma priekšrocības
Sekvencēšanas platformu un bioinformātikas izstrāde inde novogenoma montāža
(Amarasinghe SL et al.,Genoma bioloģija, 2020)
● Jaunu genomu konstruēšana un esošo atsauces genomu uzlabošana interesējošām sugām.
● Augstāka montāžas precizitāte, nepārtrauktība un pilnība
● Pamatresursa izveide sekvences polimorfisma, QTL, gēnu rediģēšanas, selekcijas u.c. pētījumiem.
● Aprīkots ar pilnu trešās paaudzes sekvencēšanas platformu spektru: vienas pieturas genoma montāžas risinājums
● Elastīgas sekvencēšanas un montāžas stratēģijas, kas atbilst dažādiem genomiem ar dažādām iezīmēm
● Augsti kvalificēta bioinformātiķu komanda ar lielu pieredzi sarežģītu genomu komplektos, tostarp poliploīdos, milzu genomos utt.
● Vairāk nekā 100 veiksmīgu gadījumu ar kumulatīvo publicēto ietekmes faktoru, kas pārsniedz 900
● Hromosomu līmeņa genoma montāžas laiks ir 3 mēneši.
● Stingrs tehniskais atbalsts ar virkni patentu un programmatūras autortiesībām gan eksperimentālajā, gan bioinformātikā.
Pakalpojuma specifikācijas
|
Saturs
|
Platforma
|
Lasīšanas garums
|
Pārklājums
|
| Genoma aptauja
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genoma sekvencēšana
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi lasīšana
| ≥ 30X
|
| Sveiki, C!
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Darba plūsma
Prasību paraugs un piegāde
Prasību paraugs:
| Sugas | Audu | Par PacBio | Par Nanopore |
| Dzīvnieki | Viscerālie orgāni (aknas, liesa utt.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muskuļi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Zīdītāju asinis | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Zivju vai putnu asinis | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Augi | Svaigas lapas | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Ziedlapa vai kāts | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Saknes vai sēklas | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Šūnas | Šūnu kultūra | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Ieteicamā paraugu piegāde
Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Lielākajai daļai paraugu mēs iesakām neglabāt etanolā.
Paraugu marķējums: paraugiem jābūt skaidri marķētiem un identiskiem ar iesniegto parauga informācijas veidlapu.
Sūtījums: Sausais ledus: Paraugi vispirms jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
Pakalpojuma darba plūsma
Eksperimenta dizains
Paraugu piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
* Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies
1. Cirkos uz hromosomu līmeņa genoma montāžasG. rotundifoliumar Nanopore sekvencēšanas platformu
Van M et al.,Molekulārā bioloģija un evolūcija, 2021. gads
2.Veina rudzu genoma komplektēšanas un anotācijas statistika
Li G et al.,Dabas ģenētika, 2021. gads
3.Gēnu prognozēšanaSechium edulegenoms, kas iegūts no trim prognozēšanas metodēm:De novoprognozēšana, uz homoloģiju balstīta prognozēšana un uz RNS-Seq datiem balstīta prognoze
Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads
4. Nebojātu garo gala atkārtojumu identificēšana trīs kokvilnas genomos
Van M et al.,Molekulārā bioloģija un evolūcija, 2021. gads
5.Hi-C siltuma karteC. acuminatagenoms, kas parāda genoma mēroga mijiedarbību.Hi-C mijiedarbības intensitāte ir proporcionāla lineārajam attālumam starp kontigiem.Tīra taisna līnija šajā siltuma kartē norāda uz ļoti precīzu kontigu noenkurošanu hromosomās.(Contig enkurēšanas attiecība: 96,03%)
Kang M et al.,Dabas komunikācija,2021. gads
BMK lieta
Augstas kvalitātes genoma komplekts izceļ rudzu genoma īpašības un agronomiski svarīgus gēnus
Publicēts: Dabas ģenētika, 2021. gads
Secības noteikšanas stratēģija:
Genoma montāža: PacBio CLR režīms ar 20 kb bibliotēku (497 Gb, aptuveni 63×)
Secības korekcija: NGS ar 270 bp DNS bibliotēku (430 Gb, aptuveni 54×) Illumina platformā
Noenkurojums: Hi-C bibliotēka (560 Gb, aptuveni 71×) uz Illumina platformas
Optiskā karte: (779,55 Gb, aptuveni 99×) uz Bionano Irys
Galvenie rezultāti
1. Tika publicēts Vainingas rudzu genoma komplekts ar kopējo genoma lielumu 7,74 Gb (98,74% no aprēķinātā genoma lieluma pēc plūsmas citometrijas).Šī komplekta sastatnes N50 sasniedza 1,04 Gb.93,67% kontigu tika veiksmīgi noenkuroti uz 7 pseidohromosomām.Šī montāža tika novērtēta pēc saišu kartes, LAI un BUSCO, kā rezultātā visos novērtējumos tika iegūti augsti punkti.
2. Uz šī genoma bāzes tika veikti turpmāki pētījumi par salīdzinošo genomiku, ģenētisko saišu karti, transkriptomikas pētījumiem.Tika atklāta virkne ar pazīmēm saistītu genoma pazīmju, tostarp genoma mēroga gēnu dublēšanās un to ietekme uz cietes biosintēzes gēniem;sarežģītu prolamīna lokusu fiziskā organizācija, gēnu ekspresijas iezīmes, kas ir pamatā agrīnai virziena iezīmei, un iespējamie ar pieradināšanu saistītie hromosomu reģioni un loki rudzos.
 Circos diagramma par Vainingas rudzu genoma genoma iezīmēm |  Rudzu genoma evolūcijas un hromosomu sintēzes analīzes |
Li, G., Van, L., Jangs, Dž.un citi.Augstas kvalitātes genoma komplekts izceļ rudzu genoma īpašības un agronomiski svarīgus gēnus.Nats Ženē 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
