page_head_bg

Produkti

Augu/dzīvnieku de novo genoma sekvencēšana

De novosekvencēšana attiecas uz sugas visa genoma izveidi, izmantojot sekvencēšanas tehnoloģijas, piemēram, PacBio, Nanopore, NGS utt., ja nav atsauces genoma.Ievērojamais trešās paaudzes sekvencēšanas tehnoloģiju lasīšanas garuma uzlabojums ir radījis jaunas iespējas sarežģītu genomu komplektēšanā, piemēram, genomu ar augstu heterozigotiskumu, augstu atkārtojošos reģionu attiecību, poliploīdiem utt. Tā kā nolasīšanas garums ir desmitiem kilobāzu līmenī, šie sekvencēšanas nolasījumi ļauj atkārtotu elementu, reģionu ar neparastu GC saturu un citu ļoti sarežģītu reģionu atrisināšana.

Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

1Development-of-sequencing-and-bioinformatics-in-de-novo-genome-assembly

Sekvencēšanas platformu un bioinformātikas izstrāde inde novogenoma montāža

(Amarasinghe SL et al.,Genoma bioloģija, 2020)

ØJaunu genomu konstruēšana un esošā atsauces genoma uzlabošana interesējošām sugām.
ØAugstāka montāžas precizitāte, nepārtrauktība un pilnīgums
ØPamatresursa izveide sekvences polimorfisma, QTL, gēnu rediģēšanas, selekcijas u.c. pētījumiem.
ØAprīkots ar pilnu trešās paaudzes sekvencēšanas platformu spektru: vienas pieturas genoma montāžas risinājums
ØElastīgas sekvencēšanas un montāžas stratēģijas, kas atbilst dažādiem genomiem ar dažādām iezīmēm
ØAugsti kvalificēta bioinformātiķu komanda ar lielu pieredzi sarežģītu genomu komplektos, tostarp poliploīdos, milzu genomos utt.
ØVairāk nekā 100 veiksmīgu gadījumu ar kumulatīvo publicēto ietekmes koeficientu, kas pārsniedz 900
ØHromosomu līmeņa genoma montāžas laiks ir 3 mēneši.
ØCiets tehniskais atbalsts ar virkni patentu un programmatūras autortiesībām gan eksperimentālajā, gan bioinformātikā.

Pakalpojuma specifikācijas

Sekvences režīms

Bibliotēka

Ieteicamais dziļums

Paredzamais apgrozības laiks

Montāža

PacBio HiFi

15 līdz 30 kb

Vienkāršais genoms ≥ 30 X

Komplekss genoms ≥ 60 X

3–6 mēneši montāžai un genoma anotācijai (atkarībā no sugas)

Contig N50 ≥ 2 Mb (atkarībā no sugas)

PacBio CLR

20 kb, 30 kb

Vienkāršais genoms ≥ 100 X

Komplekss genoms ≥ 150 X

Nanopore

20-50 kb

Bioinformātikas analīzes

ügenoma atkārtota sekvencēšana
üBāzes zvans
üKvalitātes kontrole un kļūdu labošana
üDe novo montāža
üMontāžas pilnveidošana
üGēnu prognoze
üGenoma anotācija
üPakārtotās analīzes

2Plant-or-Animal-De-novo-genome-assembly-work-flow

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Sugas

Audu

PacBio

Par Nanopore

Dzīvnieki

Viscerālie orgāni (aknas, liesa utt.)

≥ 1,0 g

≥ 3,5 g

Muskuļi

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Zīdītāju asinis

≥ 1,5 ml

≥ 5,0 ml

Zivju vai putnu asinis

≥ 0,2 ml

≥ 0,5 ml

Augi

Svaigas lapas

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Ziedlapa vai kāts

≥ 3,5 g

≥ 10,0 g

Saknes vai sēklas

≥ 7,0 g

≥ 20,0 g

Šūnas

Šūnu kultūra

≥ 3 × 107

≥ 1×108

Ieteicamā paraugu piegāde

Tvertne: 2 ml centrifūgas caurule (skārda folija nav ieteicama)
Lielākajai daļai paraugu mēs iesakām neglabāt etanolā.
Paraugu marķējums: paraugiem ir jābūt skaidri marķētiem un identiskiem ar iesniegto parauga informācijas veidlapu.
Piegāde: Sausais ledus: Paraugi vispirms jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

DNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • * Šeit parādītie demonstrācijas rezultāti ir no genomiem, kas publicēti ar Biomarker Technologies

    1. Cirkos uz hromosomu līmeņa genoma montāžasG. rotundifoliumar Nanopore sekvencēšanas platformu

    3Circos-on-genomic-features-of-cotton-genome

    Van M et al.,Molekulārā bioloģija un evolūcija, 2021. gads 

    2.Veina rudzu genoma komplektēšanas un anotācijas statistika

    4Statistics-of-genome-assembly-and-annotation

    Li G et al.,Dabas ģenētika, 2021. gads

    3.Gēnu prognozēšanaSechium edulegenoms, kas iegūts no trim prognozēšanas metodēm:De novoprognozēšana, uz homoloģiju balstīta prognozēšana un uz RNS-Seq datiem balstīta prognoze

    5Gene-prediction

    Fu A et al.,Dārzkopības pētījumi, 2021. gads

    4. Nebojātu garo gala atkārtojumu identificēšana trīs kokvilnas genomos

    6Identification-of-genome-repetitive-elements

    Van M et al.,Molekulārā bioloģija un evolūcija, 2021. gads

    5.Hi-C siltuma karteC. acuminatagenoms, kas parāda genoma mēroga mijiedarbību.Hi-C mijiedarbības intensitāte ir proporcionāla lineārajam attālumam starp kontigiem.Tīra taisna līnija šajā siltuma kartē norāda uz ļoti precīzu kontigu noenkurošanu hromosomās.(Contig enkurēšanas attiecība: 96,03%)

    7Hi-C-heat-map-on-assembled-sequencing-anchoring

    Kang M et al.,Dabas komunikācija,2021. gads

     

    BMK lieta

    Augstas kvalitātes genoma komplekts izceļ rudzu genoma īpašības un agronomiski svarīgus gēnus

    Publicēts: Dabas ģenētika, 2021. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Genoma montāža: PacBio CLR režīms ar 20 kb bibliotēku (497 Gb, aptuveni 63 ×)
    Secības korekcija: NGS ar 270 bp DNS bibliotēku (430 Gb, aptuveni 54×) Illumina platformā
    Noenkurojums: Hi-C bibliotēka (560 Gb, aptuveni 71 ×) Illumina platformā
    Optiskā karte: (779,55 Gb, aptuveni 99×) uz Bionano Irys

    Galvenie rezultāti

    1. Tika publicēts Vainingas rudzu genoma komplekts ar kopējo genoma lielumu 7,74 Gb (98,74% no aprēķinātā genoma lieluma pēc plūsmas citometrijas).Šī komplekta sastatnes N50 sasniedza 1,04 Gb.93,67% kontigu tika veiksmīgi noenkuroti uz 7 pseidohromosomām.Šī montāža tika novērtēta pēc saišu kartes, LAI un BUSCO, kā rezultātā visos novērtējumos tika iegūti augsti punkti.

    2. Uz šī genoma bāzes tika veikti turpmāki pētījumi par salīdzinošo genomiku, ģenētisko saišu karti, transkriptomikas pētījumiem.Tika atklāta virkne ar pazīmēm saistītu genoma pazīmju, tostarp genoma mēroga gēnu dublēšanās un to ietekme uz cietes biosintēzes gēniem;sarežģītu prolamīna lokusu fiziskā organizācija, gēnu ekspresijas iezīmes, kas ir pamatā agrīnai virziena iezīmei, un iespējamie ar pieradināšanu saistītie hromosomu reģioni un loki rudzos.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Circos diagramma par Vainingas rudzu genoma genoma iezīmēm

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Rudzu genoma evolūcijas un hromosomu sintēzes analīzes

    Atsauce

    Li, G., Van, L., Jangs, Dž.un citi.Augstas kvalitātes genoma komplekts izceļ rudzu genoma īpašības un agronomiski svarīgus gēnus.Nats Ženē 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: