-
PacBio — pilna garuma 16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma ir izstrādāta, balstoties uz daudzu gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projektu analīzē, un tā ietver standartizētu pamatanalīzi un personalizētu analīzi: pamatanalīze aptver pašreizējo mikrobu pētījumu galveno analīzes saturu, analīzes saturs ir bagātīgs un visaptverošs, un analīzes rezultāti tiek sniegti projektu pārskatu veidā; personalizētās analīzes saturs ir daudzveidīgs. Paraugus var atlasīt un parametrus var elastīgi iestatīt atbilstoši pamatanalīzes pārskatam un pētījuma mērķim, lai īstenotu personalizētas prasības. Windows operētājsistēma, vienkārša un ātra.
-
PacBio — pilna garuma transkriptoms (bez atsauces)
Izmantojot Pacific Biosciences (PacBio) izoformu sekvencēšanas datus kā ievadi, šī lietotne spēj identificēt pilna garuma transkriptu sekvences (bez montāžas). Kartējot pilna garuma sekvences pret atsauces genomu, transkriptus var optimizēt, izmantojot zināmus gēnus, transkriptus, kodējošos reģionus utt. Šajā gadījumā var panākt precīzāku mRNS struktūru identificēšanu, piemēram, alternatīvu splicēšanu utt. Kopīga analīze ar NGS transkriptomu sekvencēšanas datiem nodrošina visaptverošāku anotāciju un precīzāku kvantitatīvu noteikšanu ekspresijā transkripta līmenī, kas lielā mērā dod labumu diferenciālās ekspresijas un funkcionālās analīzes lejupējai analīzei.
-
Rīku komplekti
BMKCloud ir vadoša bioinformātikas platforma, kas nodrošina vienotu risinājumu genomikas programmām, kurai plaši uzticas pētnieki dažādās jomās, tostarp medicīnā, lauksaimniecībā, vides aizsardzībā utt. BMKCloud ir apņēmies nodrošināt integrētus, uzticamus un efektīvus pakalpojumus, tostarp bioinformātiskās analīzes platformas un rīkus, skaitļošanas resursus, publisku datubāzi, bioinformātikas tiešsaistes kursus utt. BMKCloud piedāvā dažādus bieži izmantotus bioinformātikas rīkus, tostarp gēnu anotāciju, evolūcijas ģenētiskos rīkus, ncRNS, datu kvalitātes kontroli, montāžu, izlīdzināšanu, datu ieguvi, mutācijas, statistiku, figūru ģeneratoru, secību analīzi utt.
-
Maza RNS
Mazās RNS ir īsas, nekodējošas RNS ar vidējo garumu 18–30 nt, tostarp miRNS, siRNS un piRNS. Ir plaši ziņots, ka šīs mazās RNS ir iesaistītas dažādos bioloģiskos procesos, piemēram, mRNS degradācijā, translācijas inhibīcijā, heterohromatīna veidošanā utt. Mazo RNS sekvencēšanas analīze ir plaši pielietota pētījumos par dzīvnieku/augu attīstību, slimībām, vīrusiem utt. Mazo RNS sekvencēšanas analīzes platforma sastāv no standarta analīzes un uzlabotas datu ieguves. Pamatojoties uz RNS sekvencēšanas datiem, standarta analīze var panākt miRNS identifikāciju un prognozēšanu, miRNS mērķa gēnu prognozēšanu, anotāciju un ekspresijas analīzi. Uzlabotā analīze nodrošina pielāgotu miRNS meklēšanu un ieguvi, Venna diagrammas ģenerēšanu, miRNS un mērķa gēnu tīkla veidošanu.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS ir pilna genoma atkārtotas sekvencēšanas analīzes platforma, kas izstrādāta, balstoties uz bagātīgu pieredzi Biomarker Technologies. Šī ērti lietojamā platforma ļauj ātri iesniegt integrētu analīzes darbplūsmu, vienkārši iestatot dažus pamatparametrus, kas ir piemēroti DNS sekvencēšanas datiem, kas ģenerēti gan no Illumina platformas, gan BGI sekvencēšanas platformas. Šī platforma ir izvietota uz augstas veiktspējas skaitļošanas servera, kas nodrošina ļoti efektīvu datu analīzi ļoti ierobežotā laikā. Personalizēta datu ieguve ir pieejama, pamatojoties uz standarta analīzi, tostarp mutētu gēnu vaicājumiem, PCR praimeru dizainu utt.
-
mRNS (atsauce)
Transkriptoms ir saikne starp genoma ģenētisko informāciju un bioloģiskās funkcijas proteomu. Transkripcijas līmeņa regulācija ir vissvarīgākais un visplašāk pētītais organismu regulācijas veids. Transkriptoma sekvencēšana var sekvencēt transkriptomu jebkurā laikā vai jebkuros apstākļos ar viena nukleotīda precizitāti. Tā var dinamiski atspoguļot gēnu transkripcijas līmeni, vienlaikus identificēt un kvantitatīvi noteikt retus un normālus transkriptus un sniegt paraugam specifisku transkriptu strukturālo informāciju.
Pašlaik transkriptomu sekvencēšanas tehnoloģija ir plaši izmantota agronomijā, medicīnā un citās pētniecības jomās, tostarp dzīvnieku un augu attīstības regulēšanā, vides adaptācijā, imūno mijiedarbībā, gēnu lokalizācijā, sugu ģenētiskajā evolūcijā un audzēju un ģenētisko slimību noteikšanā.
-
Metagenomika (NGS)
Šī analīzes platforma ir izstrādāta metagenomikas datu analīzei, pamatojoties uz daudzu gadu pieredzi. Tā sastāv no integrētas darbplūsmas, kas ietver dažādas bieži nepieciešamas metagenomikas analīzes, tostarp datu apstrādi, sugu līmeņa pētījumus, gēnu funkciju līmeņa pētījumus, metagenomu grupēšanu utt. Turklāt standarta analīzes darbplūsmai ir pieejami pielāgoti datu ieguves rīki, tostarp gēnu un sugu vaicājumi, parametru iestatīšana, personalizētu attēlu ģenerēšana utt.
-
LncRNS
Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir transkriptu veids, kuru garums pārsniedz 200 nt un kuras nespēj kodēt olbaltumvielas. Uzkrātie pierādījumi liecina, ka lielākā daļa lncRNS, visticamāk, ir funkcionālas. Augstas caurlaidspējas sekvencēšanas tehnoloģijas un bioinformātiskās analīzes rīki ļauj mums efektīvāk atklāt lncRNS sekvences un pozicionēšanas informāciju, kā arī ļauj atklāt lncRNS ar svarīgām regulējošām funkcijām. BMKCloud ar lepnumu nodrošina mūsu klientiem lncRNS sekvencēšanas analīzes platformu, lai panāktu ātru, uzticamu un elastīgu lncRNS analīzi.
-
GWAS
Genoma mēroga asociāciju pētījuma (GWAS) mērķis ir identificēt ģenētiskos variantus (genotipu), kas saistīti ar specifiskām pazīmēm (fenotipu). GWA pētījumos tiek pētīti ģenētiskie marķieri, kas aptver lielu skaitu indivīdu visā genomā, un, veicot statistisko analīzi populācijas līmenī, tiek prognozētas genotipa-fenotipa asociācijas. Visa genoma atkārtota sekvencēšana var potenciāli atklāt visus ģenētiskos variantus. Apvienojumā ar fenotipiskajiem datiem GWAS var apstrādāt, lai identificētu ar fenotipu saistītus SNP, QTL un kandidātu gēnus, kas stingri atbalsta mūsdienu dzīvnieku/augu selekciju. SLAF ir pašizstrādāta vienkāršota genoma sekvencēšanas stratēģija, kas atklāj genoma mēroga izkliedētus marķierus (SNP). Šos SNP kā molekulāros ģenētiskos marķierus var apstrādāt asociācijas pētījumiem ar mērķtiecīgām pazīmēm. Tā ir izmaksu ziņā efektīva stratēģija sarežģītu pazīmju saistītu ģenētisko variāciju identificēšanai.
-
Nanopore pilna garuma transkriptomika
Kompleksās un mainīgās alternatīvās izoformas organismos ir svarīgi ģenētiskie mehānismi gēnu ekspresijas un olbaltumvielu daudzveidības regulēšanai. Precīza transkriptu struktūru identificēšana ir pamats padziļinātai gēnu ekspresijas regulēšanas modeļu izpētei. Nanoporu sekvencēšanas platforma ir veiksmīgi pacēlusi transkriptomiskos pētījumus izoformu līmenī. Šī analīzes platforma ir izstrādāta, lai analizētu RNS-Seq datus, kas ģenerēti Nanoporu platformā, pamatojoties uz atsauces genomu, kas nodrošina kvalitatīvu un kvantitatīvu analīzi gan gēnu līmenī, gan transkriptu līmenī.
-
cirk-RNS
Cirkulārā RNS (cirkRNS) ir nekodējoša RNS veids, kam nesen ir atklāta būtiska loma regulējošos tīklos, kas iesaistīti attīstībā, vides rezistencē utt. Atšķirībā no lineārām RNS molekulām, piemēram, mRNS, lncRNS, cirRNS 3' un 5' gali ir savienoti kopā, veidojot cirkulāru struktūru, kas pasargā tos no eksonukleāzes sagremošanas un ir stabilāki nekā lielākā daļa lineāro RNS. Ir atklāts, ka cirRNS ir dažādas funkcijas gēnu ekspresijas regulēšanā. CirRNS var darboties kā ceRNS, kas konkurētspējīgi saistās ar miRNS, kas pazīstama kā miRNS sūklis. CirkRNS sekvencēšanas analīzes platforma nodrošina cirRNS struktūras un ekspresijas analīzi, mērķa prognozēšanu un kopīgu analīzi ar cita veida RNS molekulām.
-
Ķermeņa masa (ĶSA)
Apjomīgās segregantu analīzes platforma sastāv no vienas pakāpes standarta analīzes un uzlabotas analīzes ar pielāgotu parametru iestatījumu. BSA ir metode, ko izmanto, lai ātri identificētu ar fenotipu saistītus ģenētiskos marķierus. BSA galvenā darbplūsma ietver: 1. divu indivīdu grupu atlasi ar ārkārtīgi pretējiem fenotipiem; 2. visu indivīdu DNS, RNS vai SLAF-seq (izstrādājis Biomarker) apvienošanu, lai izveidotu divus DNS blokus; 3. diferenciālo secību identificēšanu attiecībā pret atsauces genomu vai starp tām; 4. kandidātu saistīto reģionu prognozēšanu, izmantojot ED un SNP indeksa algoritmu; 5. funkcionālo analīzi un bagātināšanu gēnos kandidātu reģionos utt. Ir pieejama arī uzlabota datu ieguve, tostarp ģenētisko marķieru skrīnings un primeru dizains.
-
Amplikons (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma ir izstrādāta, balstoties uz daudzu gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projektu analīzē, un tā ietver standartizētu pamatanalīzi un personalizētu analīzi: pamatanalīze aptver pašreizējo mikrobu pētījumu galveno analīzes saturu, analīzes saturs ir bagātīgs un visaptverošs, un analīzes rezultāti tiek sniegti projektu pārskatu veidā; personalizētās analīzes saturs ir daudzveidīgs. Paraugus var atlasīt un parametrus var elastīgi iestatīt atbilstoši pamatanalīzes pārskatam un pētījuma mērķim, lai īstenotu personalizētas prasības. Windows operētājsistēma, vienkārša un ātra.
