-
Metagenomiskā sekvencēšana -NGS
Metagenoms ir jauktas organismu kopienas, piemēram, vides un cilvēka metagenomu, kopējā ģenētiskā materiāla kolekcija. Tajā ir gan kultivējamu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomi. Shotgun metagenomikas sekvencēšana ar NGS ļauj pētīt šīs sarežģītās genoma ainavas, kas iestrādātas vides paraugos, nodrošinot vairāk nekā taksonomisku profilēšanu, sniedzot arī detalizētu ieskatu sugu daudzveidībā, pārpilnības dinamikā un sarežģītās populāciju struktūrās. Papildus taksonomiskiem pētījumiem shotgun metagenomika piedāvā arī funkcionālās genomikas perspektīvu, ļaujot izpētīt kodētos gēnus un to iespējamo lomu ekoloģiskajos procesos. Visbeidzot, korelācijas tīklu izveide starp ģenētiskajiem elementiem un vides faktoriem veicina holistisku izpratni par sarežģīto mijiedarbību starp mikrobu kopienām un to ekoloģisko fonu. Noslēgumā jāsaka, ka metagenomikas sekvencēšana ir galvenais instruments dažādu mikrobu kopienu genoma sarežģītības atšķetināšanai, izgaismojot daudzšķautņainās attiecības starp ģenētiku un ekoloģiju šajās sarežģītajās ekosistēmās.
Platformas: Illumina NovaSeq un DNBSEQ-T7
-
Metagenomiskā sekvencēšana-TGS
Metagenoms ir jauktas organismu kopienas, piemēram, vides un cilvēka metagenomu, ģenētiskā materiāla kolekcija. Tajā ir gan kultivējamu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomi. Metagenomiskā sekvencēšana ļauj pētīt šīs sarežģītās genoma ainavas, kas iestrādātas ekoloģiskajos paraugos, nodrošinot vairāk nekā tikai taksonomisku profilēšanu. Tā piedāvā arī funkcionālās genomikas perspektīvu, izpētot kodētos gēnus un to iespējamās lomas vides procesos. Lai gan tradicionālās "shotgun" pieejas ar Illumina sekvencēšanu ir plaši izmantotas metagenomikas pētījumos, Nanopore un PacBio ilgstošas sekvencēšanas parādīšanās ir mainījusi šo jomu. Nanopore un PacBio tehnoloģijas uzlabo pakārtotās bioinformātiskās analīzes, jo īpaši metagenoma montāžu, nodrošinot nepārtrauktāku montāžu. Ziņojumi liecina, ka uz Nanopore un PacBio balstīta metagenomika ir veiksmīgi ģenerējusi pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no sarežģītiem mikrobiomiem (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore lasījumu integrēšana ar Illumina lasījumiem nodrošina stratēģisku pieeju kļūdu labošanai, mazinot Nanopore raksturīgo zemo precizitāti. Šī sinerģiskā kombinācija izmanto katras sekvencēšanas platformas stiprās puses, piedāvājot stabilu risinājumu iespējamo ierobežojumu pārvarēšanai un metagenomisko analīžu precizitātes un uzticamības uzlabošanai.
Platforma: Nanopore PromethION 48, Illumia un PacBio Revio
-
16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana — PacBio
16S un 18S rRNS gēni kopā ar iekšējās transkripcijas starplikas (ITS) reģionu kalpo kā galvenie molekulārie pirkstu nospiedumu marķieri, pateicoties to ļoti konservēto un hipervariablo reģionu kombinācijai, padarot tos par nenovērtējamiem instrumentiem prokariotu un eikariotu organismu raksturošanai. Šo reģionu amplifikācija un sekvencēšana piedāvā izolācijas neprasošu pieeju mikrobu sastāva un daudzveidības izpētei dažādās ekosistēmās. Lai gan Illumina sekvencēšana parasti ir vērsta uz īsiem hipervariabliem reģioniem, piemēram, 16S un ITS1 V3-V4, ir pierādīts, ka labāku taksonomisko anotāciju var panākt, sekvencējot pilnu 16S, 18S un ITS garumu. Šī visaptverošā pieeja nodrošina lielāku precīzi klasificētu secību procentuālo daudzumu, sasniedzot izšķirtspējas līmeni, kas sniedzas līdz pat sugu identifikācijai. PacBio vienas molekulas reāllaika (SMRT) sekvencēšanas platforma izceļas ar to, ka nodrošina ļoti precīzus garos lasījumus (HiFi), kas aptver pilna garuma amplikonus, konkurējot ar Illumina sekvencēšanas precizitāti. Šī iespēja ļauj pētniekiem iegūt nepārspējamu priekšrocību — panorāmas skatu uz ģenētisko ainavu. Paplašinātais pārklājums ievērojami paaugstina sugu anotāciju izšķirtspēju, īpaši baktēriju vai sēnīšu kopienās, ļaujot dziļāk izprast mikrobu populāciju sarežģītību.
-
16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana-NGS
Amplikonu sekvencēšana ar Illumina tehnoloģiju, īpaši mērķējot uz 16S, 18S un ITS ģenētiskajiem marķieriem, ir spēcīga metode, lai atklātu filoģenēzi, taksonomiju un sugu pārpilnību mikrobu kopienās. Šī pieeja ietver saimniekģenētisko marķieru hipervariablo reģionu sekvencēšanu. Sākotnēji ieviesta kā molekulārais pirkstu nospiedums, ko veicaWoeses et al.1977. gadā šī metode revolucionizēja mikrobioma profilēšanu, nodrošinot analīzes bez izolācijas. Sekvencējot 16S (baktērijas), 18S (sēnītes) un iekšējo transkribēto starpliku (ITS, sēnītes), pētnieki var identificēt ne tikai bagātīgi sastopamas sugas, bet arī retas un neidentificētas. Amplikonu sekvencēšana, kas plaši tiek izmantota kā galvenais instruments, ir kļuvusi par instrumentu atšķirīgu mikrobu sastāvu noteikšanā dažādās vidēs, tostarp cilvēka mutē, zarnās, izkārnījumos un citur.
-
Baktēriju un sēnīšu pilna genoma atkārtota sekvencēšana
Baktēriju un sēnīšu pilna genoma atkārtotas sekvencēšanas projekti ir izšķiroši svarīgi mikrobu genomikas attīstībai, ļaujot pabeigt un salīdzināt mikrobu genomus. Tas atvieglo fermentācijas inženieriju, rūpniecisko procesu optimizāciju un sekundāro metabolisma ceļu izpēti. Turklāt sēnīšu un baktēriju atkārtota sekvencēšana ir ļoti svarīga, lai izprastu vides adaptāciju, optimizētu celmus un atklātu ģenētiskās evolūcijas dinamiku, ar plašu ietekmi medicīnā, lauksaimniecībā un vides zinātnē.
-
Prokariotu RNS sekvencēšana
RNS sekvencēšana nodrošina visu RNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās noteiktos apstākļos. Šī modernā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem. RNS sekvencēšana, kas plaši tiek izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulācijas sarežģītībā. Mūsu prokariotu RNS paraugu apstrāde ir pielāgota prokariotu transkriptomām, ietverot rRNS samazināšanu un virziena bibliotēkas sagatavošanu.
-
Metatranskriptoma sekvencēšana
Izmantojot Illumina sekvencēšanas tehnoloģiju, BMKGENE metatranskriptomu sekvencēšanas pakalpojums atklāj dažādu mikrobu klāsta, sākot no eikariotiem līdz prokariotiem un vīrusiem, dinamisko gēnu ekspresiju dabiskā vidē, piemēram, augsnē, ūdenī, jūrā, izkārnījumos un zarnās. Mūsu visaptverošais pakalpojums dod pētniekiem iespēju iedziļināties sarežģītu mikrobu kopienu pilnos gēnu ekspresijas profilos. Papildus taksonomiskai analīzei mūsu metatranskriptomu sekvencēšanas pakalpojums atvieglo funkcionālās bagātināšanas izpēti, izgaismojot atšķirīgi ekspresētos gēnus un to lomas. Atklājiet bagātīgu bioloģisku ieskatu, orientējoties sarežģītajās gēnu ekspresijas, taksonomiskās daudzveidības un funkcionālās dinamikas ainavās šajās dažādajās vides nišās.
-
De novo sēnīšu genoma montāža
BMKGENE piedāvā daudzpusīgus risinājumus sēnīšu genomiem, apmierinot dažādas pētniecības vajadzības un vēlamo genoma pilnīgumu. Izmantojot tikai īsās lasīšanas Illumina sekvencēšanu, ir iespējams ģenerēt genoma melnrakstu. Īsās lasīšanas un garās lasīšanas sekvencēšana, izmantojot Nanopore vai Pacbio, tiek apvienota, lai iegūtu precīzāku sēnīšu genomu ar garākiem kontigiem.
-
De novo baktēriju genoma asambleja
Mēs piedāvājam pilnīgu baktēriju genoma montāžas pakalpojumu, garantējot 0 nepilnības. Tas ir iespējams, integrējot garās lasīšanas sekvencēšanas tehnoloģijas, piemēram, Nanopore un PacBio montāžai, un īsās lasīšanas sekvencēšanu ar Illumina montāžas validācijai un ONT lasījumu kļūdu labošanai. Mūsu pakalpojums nodrošina pilnīgu bioinformātikas darbplūsmu, sākot no montāžas, funkcionālās anotācijas un progresīvas bioinformātiskās analīzes, sasniedzot konkrētus pētniecības mērķus. Šis pakalpojums ļauj izstrādāt precīzus references genomus dažādiem ģenētiskiem un genomiskiem pētījumiem. Turklāt tas veido pamatu tādām lietojumprogrammām kā celmu optimizācija, ģenētiskā inženierija un mikrobu tehnoloģiju izstrāde, nodrošinot uzticamus un nepilnību nesaturošus genoma datus, kas ir būtiski zinātnisko ieskatu un biotehnoloģisko inovāciju attīstībai.
