-
Viena kodola RNS sekvencēšana
Atsevišķas šūnas uztveršanas un individuālās bibliotēkas veidošanas tehnikas attīstība apvienojumā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ļauj veikt gēnu ekspresijas pētījumus katrā šūnā.Tas nodrošina dziļāku un pilnīgāku kompleksu šūnu populāciju sistēmas analīzi, kurā lielā mērā tiek novērsta to neviendabīguma maskēšana, ņemot visu šūnu vidējo rādītāju.
Tomēr dažas šūnas nav piemērotas, lai tās veidotu vienas šūnas suspensijā, tāpēc ir nepieciešamas citas parauga sagatavošanas metodes – kodola ekstrakcija no audiem, tas ir, kodolu tieši ekstrahē no audiem vai šūnas un sagatavo viena kodola suspensijā viena kodola suspensijai. šūnu sekvencēšana.
BMK nodrošina 10× Genomics ChromiumTM balstītu vienas šūnas RNS sekvencēšanas pakalpojumu.Šis pakalpojums ir plaši izmantots pētījumos, kas saistīti ar slimībām, piemēram, imūno šūnu diferenciāciju, audzēja neviendabīgumu, audu attīstību utt.
Telpiskā transkripta mikroshēma: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Augu/dzīvnieku visa genoma sekvencēšana
Visa genoma atkārtota sekvencēšana, kas pazīstama arī kā WGS, ļauj atklāt gan izplatītas, gan retas mutācijas visā genomā, tostarp viena nukleotīda polimorfismu (SNP), ievietošanas dzēšanu (InDel), struktūras variāciju (SV) un kopiju skaita izmaiņas (CNV). ).SV veido lielāku variācijas bāzes daļu nekā SNP, un tiem ir lielāka ietekme uz genomu, kas būtiski ietekmē dzīvos organismus.Ilgi nolasīta atkārtota secība ļauj precīzāk identificēt lielus fragmentus un sarežģītas variācijas, jo garie nolasījumi ievērojami atvieglo hromosomu šķērsošanu sarežģītos reģionos, piemēram, tandēma atkārtojumos, GC/AT bagātajos reģionos un hipermainīgos reģionos.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 telpiskais transkripts
Telpiskā transkriptomika ir zinātnisko jauninājumu priekšgalā, dodot pētniekiem iespēju iedziļināties sarežģītos gēnu ekspresijas modeļos audos, vienlaikus saglabājot to telpisko kontekstu.Dažādās platformās uzņēmums BMKGene ir izstrādājis BMKManu S1000 telpisko transkripta mikroshēmu, kas lepojas aruzlabota izšķirtspēja5 µM, sasniedzot subcelulāro diapazonu un iespējojotdaudzlīmeņu izšķirtspējas iestatījumi.S1000 mikroshēmā, kurā ir aptuveni 2 miljoni plankumu, ir izmantotas mikroiedobes, kas slāņotas ar lodītēm, kas ir ielādētas ar telpiski svītrkodētām uztveršanas zondēm.cDNS bibliotēka, kas bagātināta ar telpiskajiem svītrkodiem, tiek sagatavota no S1000 mikroshēmas un pēc tam sekvencēta Illumina NovaSeq platformā.Telpiski svītrkodu paraugu un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiku.BMKManu S1000 mikroshēmas unikālais atribūts slēpjas tās daudzpusībā, piedāvājot daudzlīmeņu izšķirtspējas iestatījumus, kurus var precīzi pielāgot dažādiem audiem un detalizācijas līmeņiem.Šī pielāgošanās spēja pozicionē mikroshēmu kā izcilu izvēli dažādiem telpiskās transkriptomikas pētījumiem, nodrošinot precīzu telpisku klasterizāciju ar minimālu troksni.
Izmantojot BMKManu S1000 mikroshēmu un citas telpiskās transkriptomikas tehnoloģijas, pētnieki var iegūt labāku izpratni par šūnu telpisko organizāciju un sarežģīto molekulāro mijiedarbību, kas notiek audos, sniedzot nenovērtējamu ieskatu mehānismos, kas ir pamatā bioloģiskajiem procesiem daudzās jomās, tostarp onkoloģija, neirozinātne, attīstības bioloģija, imunoloģija un botāniskie pētījumi.
Platforma: BMKManu S1000 mikroshēma un Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium telpiskais transkripts
Telpiskā transkriptomika ir progresīva tehnoloģija, kas ļauj pētniekiem izpētīt gēnu ekspresijas modeļus audos, vienlaikus saglabājot to telpisko kontekstu.Viena spēcīga platforma šajā domēnā ir 10x Genomics Visium kopā ar Illumina sekvencēšanu.10X Visium princips ir balstīts uz specializētu mikroshēmu ar noteiktu uztveršanas zonu, kurā tiek ievietotas audu sekcijas.Šajā uztveršanas apgabalā ir svītrkoda plankumi, no kuriem katrs atbilst unikālai telpiskajai atrašanās vietai audos.Pēc tam reversās transkripcijas procesa laikā no audiem uztvertās RNS molekulas tiek marķētas ar unikāliem molekulārajiem identifikatoriem (UMI).Šie svītrkodēti plankumi un UMI nodrošina precīzu telpisko kartēšanu un gēnu ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu ar vienas šūnas izšķirtspēju.Telpiski svītrkodu paraugu un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiku.Izmantojot šo telpiskās transkriptomikas tehnoloģiju, pētnieki var iegūt dziļāku izpratni par šūnu telpisko organizāciju un sarežģītajām molekulārajām mijiedarbībām, kas notiek audos, piedāvājot nenovērtējamu ieskatu mehānismos, kas ir pamatā bioloģiskajiem procesiem vairākās jomās, tostarp onkoloģijā, neirozinātnē, attīstības bioloģijā, imunoloģijā. , un botāniskie pētījumi.
Platforma: 10X Genomics Visium un Illumina NovaSeq
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana-nanopore
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana kalpo kā daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem nolasījumiem ierobežo tās efektivitāti sarežģītās transkriptomiskās analīzēs.No otras puses, nanoporu sekvencēšanā tiek izmantota ilgstošas lasīšanas tehnoloģija, kas ļauj secināt pilna garuma mRNS transkriptus.Šī pieeja atvieglo visaptverošu alternatīvas savienošanas, gēnu saplūšanas, poliadenilācijas un mRNS izoformu kvantitatīvās noteikšanas izpēti.
Nanoporu sekvencēšana balstās uz nanoporu vienas molekulas reāllaika elektriskajiem signāliem.Vadoties no motora proteīniem, divpavedienu DNS saistās ar nanoporu proteīniem, kas iestrādāti bioplēvē, atritinot, šķērsojot nanoporu kanālu sprieguma starpības apstākļos.Atšķirīgie elektriskie signāli, ko rada dažādas DNS virknes bāzes, tiek atklāti un klasificēti reāllaikā, atvieglojot precīzu un nepārtrauktu nukleotīdu sekvencēšanu.Šī novatoriskā pieeja pārvar īsas lasīšanas ierobežojumus un nodrošina dinamisku platformu sarežģītai genoma analīzei, ietverot sarežģītus transkripta pētījumus.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana - PacBio
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem nolasījumiem ierobežo tās izmantošanu sarežģītās transkriptomiskās analīzēs.No otras puses, PacBio sekvencēšana (Iso-Seq) izmanto ilgstošas lasīšanas tehnoloģiju, kas ļauj secināt pilna garuma mRNS transkriptus.Šī pieeja atvieglo visaptverošu alternatīvas savienošanas, gēnu saplūšanas un poliadenilācijas izpēti, lai gan tā nav galvenā izvēle gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, jo ir nepieciešams liels datu apjoms.
PacBio sekvencēšanas tehnoloģija balstās uz vienas molekulas, reāllaika (SMRT) sekvencēšanu, nodrošinot skaidru priekšrocību pilna garuma mRNS transkriptu tveršanā.Šī novatoriskā pieeja ietver nulles režīma viļņvadu (ZMW) izmantošanu, mikrofabrikātus, kas ļauj reāllaikā novērot DNS polimerāzes aktivitāti sekvencēšanas laikā.Šajos ZMW PacBio DNS polimerāze sintezē komplementāru DNS virkni, radot garus nolasījumus, kas aptver visus mRNS transkriptus.PacBio darbība Circular Consensus sekvencēšanas (CCS) režīmā uzlabo precizitāti, atkārtoti secinot vienu un to pašu molekulu.Ģenerētajiem HiFi nolasījumiem ir precizitāte, kas ir salīdzināma ar NGS, kas vēl vairāk veicina visaptverošu un uzticamu sarežģītu transkriptisko funkciju analīzi.Platforma: PacBio Sequel II
-
Eikariotu mRNS sekvencēšana-Illumina
mRNS sekvencēšana nodrošina visu mRNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās īpašos apstākļos.Šī progresīvā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem.Plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, mRNS sekvencēšana sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulēšanas sarežģītībā.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Neatsauces mRNS sekvencēšana-Illumina
mRNS sekvencēšana nodrošina visu mRNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās īpašos apstākļos.Šī progresīvā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem.Plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, mRNS sekvencēšana sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulēšanas sarežģītībā.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Gara nekodēta secība-Illumina
Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir RNS, kas garākas par 200 nukleotīdiem, kurām ir minimāls kodēšanas potenciāls un kuras ir galvenie elementi nekodējošā RNS.Šīs RNS, kas atrodas kodolā un citoplazmā, spēlē izšķirošu lomu epiģenētiskajā, transkripcijas un pēctranskripcijas regulēšanā, uzsverot to nozīmi šūnu un molekulāro procesu veidošanā.LncRNS sekvencēšana ir spēcīgs līdzeklis šūnu diferenciācijā, ontoģenēzē un cilvēku slimībās.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Mazā RNS sekvencēšana-Illumina
Mazās RNS (sRNS) molekulas, kuru garums parasti ir mazāks par 200 nukleotīdiem, ietver mikroRNS (miRNS), mazas traucējošas RNS (siRNS) un piwi-interacting RNS (piRNS).To vidū miRNS, kuru garums ir aptuveni 20–24 nukleotīdi, ir īpaši ievērības cienīgas ar to galveno regulējošo lomu dažādos šūnu procesos.Ar audiem un stadijai raksturīgiem ekspresijas modeļiem miRNS uzrāda augstu saglabāšanos dažādās sugās.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
cirRNS sekvencēšana-Illumina
Cirkulārā RNS sekvencēšana (circRNA-seq) ir paredzēta, lai profilētu un analizētu apļveida RNS — RNS molekulu klasi, kas veido slēgtas cilpas nekanonisku savienošanas notikumu dēļ, nodrošinot šīm RNS paaugstinātu stabilitāti.Lai gan ir pierādīts, ka dažas cirRNS darbojas kā mikroRNS sūkļi, atdalot mikroRNS un neļaujot tām regulēt mērķa mRNS, citas cirRNS var mijiedarboties ar olbaltumvielām, modulēt gēnu ekspresiju vai tām ir nozīme šūnu procesos.cirRNS ekspresijas analīze sniedz ieskatu par šo molekulu regulējošajām lomām un to nozīmi dažādos šūnu procesos, attīstības stadijās un slimību stāvokļos, veicinot dziļāku izpratni par RNS regulēšanas sarežģītību gēnu ekspresijas kontekstā.
-
Visa transkripta sekvencēšana – Illumina
Visa transkripta sekvencēšana piedāvā visaptverošu pieeju dažādu RNS molekulu profilēšanai, kas ietver gan kodējošās (mRNS), gan nekodējošās RNS (lncRNS, cirRNS un miRNS).Šis paņēmiens tver pilnu konkrētu šūnu transkriptu noteiktā brīdī, ļaujot holistiski izprast šūnu procesus.Zināms arī kā “kopējā RNS sekvencēšana”, tās mērķis ir atklāt sarežģītus regulējošos tīklus transkripta līmenī, ļaujot veikt padziļinātu analīzi, piemēram, konkurējošu endogēno RNS (ceRNS) un kopīgu RNS analīzi.Tas iezīmē sākotnējo soli uz funkcionālo raksturojumu, jo īpaši regulējošo tīklu atšķetināšanā, kas ietver cirRNS-miRNS-mRNS balstītu ceRNS mijiedarbību.
