-
Hromatīna imūnprecipitācijas sekvencēšana (ChIP-seq)
ChIP-Seq nodrošina genoma mēroga DNS mērķu profilēšanu histonu modifikācijām, transkripcijas faktoriem un citiem ar DNS saistītiem proteīniem.Tas apvieno hromatīna imūnnogulsnēšanas (ChIP) selektivitāti, lai atgūtu specifiskus proteīna-DNS kompleksus, ar nākamās paaudzes sekvencēšanas (NGS) jaudu atgūtās DNS augstas caurlaidības sekvencēšanai.Turklāt, tā kā proteīna-DNS kompleksi tiek atgūti no dzīvām šūnām, saistīšanās vietas var salīdzināt dažādos šūnu tipos un audos vai dažādos apstākļos.Pielietojums ir no transkripcijas regulēšanas līdz attīstības ceļiem līdz slimību mehānismiem un ne tikai.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Metagenomiskā sekvencēšana -NGS
Metagenoms attiecas uz jauktas organismu kopienas kopējā ģenētiskā materiāla kolekciju, piemēram, vides metagenomu, cilvēka metagenomu utt. Tas satur gan kultivējamu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomus.Metagenomiskā sekvencēšana ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem.
Platforma:Illumina NovaSeq platforma
-
Metagenomiskā sekvencēšana-nanopora
Metagenomika ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un bagātību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem utt. Nesen tika ieviestas nanoporu sekvencēšanas platformas. metagenomiskiem pētījumiem.Tā izcilā veiktspēja lasīšanas garumā lielā mērā uzlaboja lejupējās plūsmas metagenomisko analīzi, īpaši metagenomu montāžu.Izmantojot lasīšanas garuma priekšrocības, uz nanoporu balstītais metagenomikas pētījums spēj panākt nepārtrauktāku montāžu, salīdzinot ar šāvienu metagenomiku.Ir publicēts, ka uz nanoporu balstīta metagenomika veiksmīgi ģenerēja pilnīgus un slēgtus baktēriju genomus no mikrobiomiem (Moss, EL, et. al,Dabas biotehnoloģija, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Visa genoma bisulfīta sekvencēšana
DNS metilēšana piektajā pozīcijā citozīnā (5-mC) būtiski ietekmē gēnu ekspresiju un šūnu aktivitāti.Nenormāli metilēšanas modeļi ir saistīti ar vairākiem stāvokļiem un slimībām, piemēram, vēzi.WGBS ir kļuvis par zelta standartu genoma mēroga metilēšanas pētīšanai ar vienas bāzes izšķirtspēju.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Transpozāzei pieejamā hromatīna noteikšana ar augstas caurlaidības sekvencēšanu (ATAC-seq)
ATAC-seq ir augstas caurlaidspējas sekvencēšanas metode genoma mēroga hromatīna pieejamības analīzei, kas ir svarīga gēnu ekspresijas globālajai epiģenētiskajai kontrolei.Sekvencēšanas adapteri tiek ievietoti atvērtajos hromatīna reģionos ar hiperaktīvu Tn5 transpozāzi.Pēc PCR amplifikācijas tiek izveidota sekvencēšanas bibliotēka.Visus atvērtos hromatīna reģionus var iegūt noteiktos telpas un laika apstākļos, ne tikai aprobežojoties ar transkripcijas faktora saistīšanās vietām vai noteiktu histonu modificētu reģionu.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S un 18S rRNS apakšvienība, kas satur gan ļoti konservētus, gan hipermainīgus reģionus, ir ideāls molekulārais pirkstu nospiedums prokariotu un eikariotu organismu identificēšanai.Izmantojot sekvencēšanas priekšrocības, šos amplikonus var mērķēt, pamatojoties uz konservētajām daļām, un hipermainīgos reģionus var pilnībā raksturot mikrobu identificēšanai, veicinot pētījumus, kas aptver mikrobu daudzveidības analīzi, taksonomiju, filoģenēzi utt. Vienas molekulas reāllaikā (SMRT) ) PacBio platformas sekvencēšana ļauj iegūt ļoti precīzus garus nolasījumus, kas varētu aptvert pilna garuma amplikonus (apm. 1,5 Kb).Plašais skatījums uz ģenētisko lauku ievērojami uzlaboja sugu anotācijas izšķirtspēju baktēriju vai sēnīšu kopienās.
Platforma:PacBio turpinājums II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšanas mērķis ir atklāt filoģenēzi, taksonomiju un sugu pārpilnību mikrobu kopienā, pētot mājturības ģenētisko marķieru PCR produktus, kas satur gan ļoti konversētas, gan hipermainīgas daļas.Šo ideālo molekulāro pirkstu nospiedumu ieviešana, ko veica Woeses et al, (1977), nodrošina mikrobiomu profilēšanu bez izolācijas.16S (baktērijas), 18S (sēnītes) un iekšējās transkribētās starplikas (ITS, sēnes) sekvencēšana ļauj identificēt gan bagātīgas sugas, gan retas un neidentificētas sugas.Šī tehnoloģija ir kļuvusi par plaši pielietotu un galveno instrumentu, lai identificētu atšķirīgu mikrobu sastāvu dažādās vidēs, piemēram, cilvēka mutē, zarnās, izkārnījumos utt.
Platforma:Illumina NovaSeq platforma
-
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtota sekvencēšana
Baktēriju un sēnīšu visa genoma atkārtota sekvencēšana ir būtisks instruments, lai pabeigtu zināmu baktēriju un sēnīšu genomus, kā arī salīdzinātu vairākus genomus vai kartētu jaunu organismu genomus.Liela nozīme ir visu baktēriju un sēnīšu genomu sekvencēšanai, lai radītu precīzus atsauces genomus, veiktu mikrobu identifikāciju un citus salīdzinošus genoma pētījumus.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
PacBio-pilna garuma 16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma ir izstrādāta ar daudzu gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projektu analīzē, kas ietver standartizētu pamata analīzi un personalizētu analīzi: pamata analīze aptver pašreizējo mikrobu pētījumu galveno analīzes saturu, analīzes saturs ir bagātīgs un visaptverošs, un analīzes rezultāti tiek prezentēti projektu atskaišu veidā;Personalizētās analīzes saturs ir daudzveidīgs.Paraugus var atlasīt un parametrus var elastīgi iestatīt atbilstoši pamata analīzes ziņojumam un pētījuma mērķim, lai realizētu personalizētas prasības.Windows operētājsistēma, vienkārša un ātra.
-
PacBio-pilna garuma transkripts (nav atsauces)
Izmantojot Pacific Biosciences (PacBio) izoformu sekvencēšanas datus kā ievadi, šī lietotne spēj identificēt pilna garuma transkripta sekvences (bez montāžas).Kartējot pilna garuma sekvences pret atsauces genomu, transkriptus var optimizēt ar zināmiem gēniem, transkriptiem, kodējošiem reģioniem utt. Šādā gadījumā var panākt precīzāku mRNS struktūru identificēšanu, piemēram, alternatīvu splicēšanu utt.Kopīga analīze ar NGS transkripta sekvencēšanas datiem nodrošina visaptverošāku anotāciju un precīzāku izteiksmes kvantitatīvo noteikšanu transkripta līmenī, kas lielā mērā dod labumu pakārtotajai diferenciālajai izteiksmei un funkcionālajai analīzei.
-
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
DNS metilēšanas izpēte vienmēr ir bijusi aktuāla tēma slimību izpētē, un tā ir cieši saistīta ar gēnu ekspresiju un fenotipiskām iezīmēm.RRBS ir precīza, efektīva un ekonomiska metode DNS metilēšanas pētījumiem.Promotora un CpG salu reģionu bagātināšana ar enzīmu šķelšanu (Msp I), apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu, nodrošina augstas izšķirtspējas DNS metilēšanas noteikšanu.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Prokariotu mRNS sekvencēšana
mRNS sekvencēšana nodrošina visu mRNS transkriptu visaptverošu profilēšanu šūnās īpašos apstākļos.Šī progresīvā tehnoloģija kalpo kā spēcīgs instruments, atklājot sarežģītus gēnu ekspresijas profilus, gēnu struktūras un molekulāros mehānismus, kas saistīti ar dažādiem bioloģiskiem procesiem.Plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā un zāļu izstrādē, mRNS sekvencēšana sniedz ieskatu šūnu dinamikas un ģenētiskās regulēšanas sarežģītībā.Mūsu prokariotu mRNS paraugu apstrāde ir pielāgota prokariotu transkriptiem, kas ietver rRNS izsīkšanu un virziena bibliotēkas sagatavošanu.
Platforma: Illumina NovaSeq X
