Prokariotu RNS sekvencēšana
Funkcijas
● RNS paraugu apstrāde ietvēra rRNS noplicināšanu, kam sekoja virzīta RNS bibliotēkas sagatavošana.
● Bioinformātiskā analīze, kuras pamatā ir saskaņošana ar atsauces genomu
● Analīze ietver gēnu ekspresiju un DEG, kā arī transkripta struktūras un sRNS analīzi
Pakalpojuma priekšrocības
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu un bibliotēkas sagatavošanas līdz sekvencēšanai un bioinformātikai. Šī rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Strand specifiskie secības dati: pateicoties RNS bibliotēkas sagatavošanas virzībai, kas ļauj identificēt antisensu transkriptus.
●Pilnīga analīze, kas pielāgota prokariotu transkriptomāmBioinformātikas process ietver ne tikai gēnu ekspresijas analīzi, bet arī transkripta struktūras analīzi, tostarp operonu, UTR un promotoru identificēšanu. Tas ietver arī sRNS analīzi, proti, sekundārās struktūras un mērķu anotāciju un prognozēšanu.
●Pēcpārdošanas atbalstsMūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītos jautājumus.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| rRNS noplicinātā virziena bibliotēka | Illumina PE150 | 1–2 Gb | Q30≥85% |
Parauga prasības:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8–2,0 OD260/230 = 1,0–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | RIN≥6,5 |
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātiskās analīzes darbplūsma
Ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● Pielāgošana atsauces genomam
● Bibliotēkas kvalitātes novērtējums: RNS fragmentācijas nejaušība, ieliktņa lielums un sekvencēšanas piesātinājums
● Paredzēto kodējošo gēnu funkcionālā anotācija
● Ekspresijas analīze: korelācijas un galveno komponentu analīze (PCA)
● Diferenciālā gēnu ekspresija (DEG)
● DEG funkcionālā anotācija un bagātināšana
● sRNS analīze: prognozēšana, anotācija, mērķa un sekundārās struktūras prognozēšana
● Transkripta struktūras analīze: operoni, sākuma un beigu pozīcijas, netranslētais reģions (UTS), promotors un SNP/InDel analīze
Sekvencēšanas piesātinājums
Kodējošo gēnu funkcionālā anotācija
Korelācija starp paraugiem
Diferenciāli ekspresēto gēnu (DEG) analīze
Funkcionālās bagātināšanas analīze
sRNS anotācija
Šajā piedāvātajā publikācijā iepazīstieties ar sasniegumiem, ko nodrošina BMKGene Nanopore pilna garuma mRNS sekvencēšanas pakalpojumi.
Guan, CP et al. (2018) “Bioplēvi veidojošā Staphylococcus epidermidis globālās transkriptoma izmaiņas, reaģējot uz Sophorea alopecuroides kopējo alkaloīdu daudzumu”,Polijas mikrobioloģijas žurnāls, 67. (2), lpp. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
