page_head_bg

Produkti

Mazā RNS sekvencēšana-Illumina

Mazā RNS attiecas uz nekodējošu RNS molekulu klasi, kuru garums parasti ir mazāks par 200 nt, ieskaitot mikro RNS (miRNS), mazo interferences RNS (siRNS) un piwi-interacting RNS (piRNS).

MikroRNS (miRNS) ir endogēnu mazu RNS klase, kuras garums ir aptuveni 20–24 nt, un kam šūnās ir dažādas svarīgas regulējošas lomas.miRNS ir iesaistīts daudzos dzīvības procesos, kas atklāj audu specifisku un stadijai specifisku ekspresiju un ir ļoti konservēts dažādās sugās.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

Øpirmajai bāzei 5' galā ir liela priekšroka U, lai iegūtu specifiskas RNS
ØmiRNS mērķa gēna prognozēšana
ØDati tiek izmantoti, lai veiktu kopīgu analīzi ar mRNS
ØmiRNS diferenciālā izteiksme
ØmiRNS mērķa gēna prognozēšana
ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: platformā pieejama pielāgota datu ieguve.
ØPēcpārdošanas pakalpojumi spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Tīrība Integritāte Piesārņojums Summa
OD260/280≥1,7-2,5; OD260/230≥0,5-2,5; Augiem: RIN≥6,5;Dzīvniekiem: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. Konc.≥300 ng/μl;Tilpums ≥ 10 μl;Kopā ≥ 3 μg

Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Gadījumā, ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.

Asins paraugi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzola un 2 ml asiņu (TRIzol: Blood = 3: 1)

Ieteicamā paraugu piegāde

Konteiners:
2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicama alvas folija)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • Bioinformātika

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.miRNA identifikācija

    Katram miRDeep2 prognozētajam jauno miRNS prekursoram ir pdf attēls, kas parāda tā struktūru un secības dziļumu.

     miRNA-precursor-structure-and-sequencing-depth

    miRNS prekursora struktūra un sekvencēšanas dziļums

    2.KEGG DE-miRNA mērķgēnu bagātināšana

    Šajā sesijā Biomarker vispirms pārbaudīja, vai ceļi ir pārāk prezentēti ar DE-miRNS mērķa gēniem.Bagātināšanas pakāpes un ceļa nozīmīguma noteikšanā tika izmantoti bagātināšanas faktori un Fisher tests.Bagātināšanas aprēķina vienādojums ir parādīts zemāk.

    KEGG-pathway-enrichment-on-DE-miRNA-targeted-genes

    KEGG ceļa bagātināšana uz DE-miRNS mērķa gēniem

    3.GO bagātināšanas analīze uz DE-miRNA mērķgēniem

    ClusterProfiler tika izmantots GO bagātināšanas analīzē uz DE-miRNS mērķa gēniem.Tika ģenerēts virzīts aciklisks bagātināto terminu grafiks, lai parādītu terminu hierarhisko struktūru.Attēlā bultiņu virziens attēlo iekļaušanas attiecības starp terminiem, ti, mezgli ir specifiskāki nekā to augšējie mezgli.DE-miRNS mērķa gēnu virzīts aciliskais grafiks ir parādīts zemāk esošajā attēlā.

    TopGO-directed-acyclic-graph-of-DE-miRNA-targeted-genes

    TopGO virzīts aciklisks DE-miRNS mērķētu gēnu grafiks

    BMK lieta

    Integrētā MiRNS un ar gaļas kvalitāti saistīto gēnu analīze atklāj, ka Gga-MiR-140-5p ietekmē cāļu intramuskulāro tauku nogulsnēšanos

    Publicēts:Šūnu fizioloģija un bioķīmija2018. gads

    Galvenie rezultāti

    Vēlīnā dējējvistām bija zemāks miRNS globālās ekspresijas līmenis nekā vistu mazuļiem.
    Tika izveidots regulējošais mirNA-mrna tīkls, kas var ietekmēt gaļas kvalitāti
    gga-miR-140-5p veicina adipocītu diferenciāciju, samazinot RXRG.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    gga-miR-140-5p veicina vistas intramuskulāro preadipocītu diferenciāciju, mērķējot uz RXRG 3'UTR

    Atsauce

    Džans M., Li DH., Li F. u.c.Integrētā MiRNS un ar gaļas kvalitāti saistīto gēnu analīze atklāj, ka Gga-MiR-140-5p ietekmē cāļu intramuskulāro tauku nogulsnēšanos [J].Šūnu fizioloģija un bioķīmija, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: