Mazo RNS sekvencēšana - Illumina
Funkcijas
● Izmēru atlases bibliotēkas sagatavošana.
● Bioinformātiskā analīze, kuras centrā ir miRNA prognozēšana un mērķi.
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 300 paraugus, aptverot dažādus paraugu veidus. Katrā projektā mēs izmantojam savu pieredzi.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu sagatavošanas līdz bibliotēkas sagatavošanai, sekvencēšanai un bioinformātikai. Mūsu rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptveroša bioinformātikas analīze:Tas ļauj identificēt gan zināmas, gan jaunas miRNA, identificēt miRNA mērķus un veikt atbilstošu funkcionālo anotāciju un bagātināšanu ar vairākām datubāzēm (KEGG, GO).
●Pēcpārdošanas atbalstsMēs saprotam, cik svarīgi ir būt klātesošam, tāpēc mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Platforma | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| Izvēlētais izmērs | Illumina SE50 | 10–20 miljoni lasījumu | Q30≥85% |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
● Augi:
Sakne, stublājs vai ziedlapa: 450 mg
Lapa vai sēkla: 300 mg
Augļi: 1,2 g
● Dzīvnieks:
Sirds vai zarnas: 450 mg
Iekšējie orgāni vai smadzenes: 240 mg
Muskuļi: 600 mg
Kauli, mati vai āda: 1,5 g
● Posmkāji:
Kukaiņi: 9 g
Vēžveidīgie: 450 mg
● Pilnvērtīgas asinis2 caurules
● Šūnas: 106 šūnas
● Serums un plazma:6 ml
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
● Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
● Mazo RNS klasifikācija
● miRNA ekspresijas un diferenciālās ekspresijas analīze
● miRNA mērķa gēns un diferenciāli ekspresētā miRNA mērķa gēna anotācija
● Mērķa gēnu anotācija un diferenciāli ekspresētas miRNA gēnu funkcijas bagātināšana
miRNA identifikācija: struktūra un dziļums
miRNA diferenciālā ekspresija – hierarhiska klasterizācija
Diferenciāli ekspresētu miRNS mērķa funkcionālā anotācija
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene sRNS sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Chen, H. et al. (2023) “Vīrusu infekcijas kavē saponīnu biosintēzi un fotosintēzi Panax notoginseng ādā”,Augu fizioloģija un bioķīmija, 203, 108038. lpp. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) “Augu FYVE domēnu saturošais proteīns FREE1 saistās ar mikroprocesora komponentiem, lai nomāktu miRNA bioģenēzi”,EMBO ziņojumi, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) “MikroRNS Ame-Bantam-3p kontrolē kāpuru kūniņu attīstību, mērķējot uz vairāku epidermas augšanas faktoru līdzīgo domēnu 8. gēnu (megf8) medus bitē Apis mellifera”,Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls, 24(6), 5726. lpp. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) “Integrēta ar gaļas kvalitāti saistīto MiRNA un gēnu analīze atklāj, ka Gga-MiR-140-5p ietekmē intramuskulāro tauku nogulsnēšanos vistām”,Šūnu fizioloģija un bioķīmija, 46(6), 2421.–2433. lpp. doi: 10.1159/000489649.
