Specifiskā lokusa pastiprināto fragmentu sekvencēšana (SLAF-Seq)
Darbplūsma
Pakalpojumam ir veikta iepriekšēja izstrāde in silico, lai garantētu optimālu enzīmu atlasi bibliotēkas sagatavošanā.
Tehniskā shēma
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana NovaSeq ierīcē ar PE150.
● Bibliotēkas sagatavošana ar dubultu svītrkodu, kas ļauj apkopot vairāk nekā 1000 paraugu.
● Neatkarīgi no atsauces genoma:
Ar atsauces genomu: SNP un InDel atklāšana
Bez atsauces genoma: paraugu klasterizācija un SNP atklāšana
● Iekšpusēin-silicoPirmsprojektēšanas posmā tiek pārbaudītas vairākas restrikcijas enzīmu kombinācijas, lai atrastu tās, kas rada vienmērīgu SLAF tagu sadalījumu visā genomā.
● Pirmseksperimenta laikā 3 paraugos tiek testētas trīs enzīmu kombinācijas, lai ģenerētu 9 SLAF bibliotēkas, un šī informācija tiek izmantota, lai izvēlētos optimālo restrikcijas enzīmu kombināciju projektam.
Pakalpojuma priekšrocības
●Augsta ģenētiskā marķiera atklāšanaMēs integrējam augstas caurlaidības dubulto svītrkodu sistēmu, kas ļauj vienlaikus sekvencēt lielas populācijas un veikt lokusam specifisku amplifikāciju, uzlabojot efektivitāti, nodrošinot, ka tagu numuri atbilst dažādu pētniecības jautājumu dažādajām prasībām.
● Zema atkarība no genomaTo var piemērot sugām ar vai bez atsauces genoma.
●Elastīga shēmas izstrādeVar izvēlēties viena enzīma, divu enzīmu, vairāku enzīmu gremošanu un dažāda veida enzīmus, lai tie atbilstu dažādiem pētniecības mērķiem vai sugām.
● Augsta efektivitāte fermentatīvajā gremošanāVadītspējain-silicoIepriekšēja izstrāde un iepriekšējs eksperiments nodrošina optimālu izstrādi ar vienmērīgu SLAF tagu sadalījumu hromosomā (1 SLAF tags/4Kb) un samazinātu atkārtotu secību skaitu (<5%).
●Plaša pieredzeMēs piedāvājam bagātīgu pieredzi katrā projektā, un mums ir vairāk nekā 5000 SLAF-Seq projektu pabeigšanas pieredze ar simtiem sugu, tostarp augiem, zīdītājiem, putniem, kukaiņiem un ūdens organismiem.
● Pašizstrādāta bioinformātikas darbplūsmaMēs izstrādājām integrētu bioinformātikas darbplūsmu SLAF-Seq, lai nodrošinātu gala rezultāta uzticamību un precizitāti.
Pakalpojuma specifikācijas
| Analīzes veids | Ieteicamais populācijas mērogs | Sekvencēšanas stratēģija | |
| Tagu secības dziļums | Birkas numurs | ||
| Ģenētiskās kartes | 2 vecāki un >150 pēcnācēji | Vecāki: 20x WGS Atvase: 10x | Genoma lielums: <400 Mb: ieteicams WGS <1 GB: 100 tūkstoši tagu 1–2 GB:: 200 tūkstoši tagu >2 GB: 300 tūkstoši tagu Maks. 500 tūkst. tagu |
| Genoma mēroga asociācijas pētījumi (GWAS) | ≥200 paraugi | 10x | |
| Ģenētiskā evolūcija | ≥30 paraugi, ar >10 paraugiem no katras apakšgrupas | 10x | |
Pakalpojuma prasības
Koncentrācija ≥ 5 ng/µl
Kopējais daudzums ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6–2,5
Agarozes gels: nav vai ir ierobežota degradācija vai piesārņojums
Ieteicamā parauga piegāde
Iepakojums: 2 ml centrifūgas mēģene
(Lielāko daļu paraugu neiesakām uzglabāt etanolā.)
Parauga marķēšana: Paraugiem jābūt skaidri marķētiem un identiskiem iesniegtajai parauga informācijas veidlapai.
Sūtījums: Sausais ledus: Paraugi vispirms jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
Pakalpojumu darbplūsma
Parauga kvalitātes kontrole
Pilota eksperiments
SLAF eksperiments
Bibliotēkas sagatavošana
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Mūsu bioinformātiskā analīze ietver:
Datu kvalitātes kontrole un datu apgriešana, lai noņemtu N-bagātus lasījumus, adaptera lasījumus vai zemas kvalitātes lasījumus.
Tīro nolasījumu otrā kvalitātes kontrole, lai pārbaudītu bāzes sadalījumu, secības kvalitāti un datu novērtējumu, kā arī lai pārbaudītu gremošanas efektivitāti un iegūtos ieliktņus.
Kad nolasījumi ir pārbaudīti, ir divas iespējas:
- Kartēšana uz atsauces genomu
- Bez atsauces genoma: klasterizācija
Pēc tam SLAF tagu analīze tiek izmantota, lai veiktu dažu variantu noteikšanu, kas palīdz atklāt marķierus: SNP, InDel, SNV, CV noteikšana un anotācija.
SLAF marķieru sadalījums hromosomās:
SNP sadalījums hromosomās:
SNP anotācija
Dzjans S., Li S., Luo Dž., Vans S. un Ši C. (2023) Cukura satura QTL kartēšana un transkriptomas analīze augļu nogatavošanās laikā.Pyrus pyrifolia.Priekšpuse. Augu zinātne.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. un Sun, L. (2022). st1 identificēšana atklāj selekciju, kas ietver sēklu morfoloģijas un eļļas satura maiņu sojas pupiņu kultivēšanas laikā.Augu biotehnoloģijas žurnāls, 20(6), 1110.–1121. lpp. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Sju, P., Džans, X., Vans, X.u.c.Parastās karpas genoma secība un ģenētiskā daudzveidība,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212.–1219. lpp. (2014. g.). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Džuans, V., Čeņs, H., Jaņs, M.u.c.Kultivētu zemesriekstu genoms sniedz ieskatu pākšaugu kariotipos, poliploīdu evolūcijā un kultūraugu pieradināšanā.Nat Genet 51, 865.–876. lpp. (2019. g.). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Gads | Žurnāls | IF | Nosaukums | Pieteikumi |
| 2022. gadā | Dabas komunikācijas | 17.694 | Koku peonijas gigahromosomu un gigagenoma genomiskais pamats Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015. gadā | Jauns fitologs | 7.433 | Pieradināšanas pēdas nostiprina agronomiski nozīmīgus genoma reģionus sojas pupiņas | SLAF-GWAS |
| 2022. gadā | Progresīvo pētījumu žurnāls | 12.822 | Gossypium barbadense mākslīgas introgresijas genoma mērogā G. hirsutum atklāj pārākus lokusus vienlaicīgai kokvilnas šķiedras kvalitātes un ražas uzlabošanai iezīmes | SLAF - evolūcijas ģenētika |
| 2019. gadā | Molekulārā rūpnīca | 10.81 | Iedzīvotāju genoma analīze un De Novo asambleja atklāj nezāļu izcelsmi Rīsi kā evolucionāra spēle | SLAF - evolūcijas ģenētika |
| 2019. gadā | Dabas ģenētika | 31.616 | Parastās karpas (Cyprinus carpio) genoma secība un ģenētiskā daudzveidība | SLAF-saites karte |
| 2014. gadā | Dabas ģenētika | 25.455 | Kultivētu zemesriekstu genoms sniedz ieskatu pākšaugu kariotipos, poliploīdos evolūcija un kultūraugu pieradināšana. | SLAF-saites karte |
| 2022. gadā | Augu biotehnoloģijas žurnāls | 9.803 | ST1 identificēšana atklāj atlasi, kas ietver sēklu morfoloģijas fiksāciju un eļļas saturs sojas pupiņu pieradināšanas laikā | SLAF marķiera izstrāde |
| 2022. gadā | Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls | 6.208 | Kviešu Leymus mollis 2Ns identifikācija un DNS marķiera izstrāde (2D) Disomiskā hromosomu aizstāšana | SLAF marķiera izstrāde |
| Gads | Žurnāls | IF | Nosaukums | Pieteikumi |
| 2023. gadā | Augu zinātnes robežas | 6.735 | Cukura satura QTL kartēšana un transkriptomas analīze Pyrus pyrifolia augļu nogatavošanās laikā | Ģenētiskā karte |
| 2022. gadā | Augu biotehnoloģijas žurnāls | 8.154 | ST1 identificēšana atklāj atlasi, kas ietver sēklu morfoloģijas un eļļas satura maiņu sojas pupiņu pieradināšanas laikā
| SNP zvana |
| 2022. gadā | Augu zinātnes robežas | 6.623 | Hulless Barely fenotipu genoma mēroga asociācijas kartēšana sausuma vidē.
| GWAS |
