Pilna genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS)
Šī metode, kuras pamatā ir DNS bisulfīta apstrāde, lai inducētu nemetilētu citozīnu pārvēršanu uracilā (C uz U), vienlaikus atstājot metilētos citozīnus nemainīgus, ir zelta standarta metodoloģija padziļinātai DNS metilēšanas izpētei, īpaši piektajai pozīcijai citozīnā (5-mC), kas ir galvenais gēnu ekspresijas un šūnu aktivitātes regulators.
Šī metode piedāvā vienas bāzes izšķirtspēju, ļaujot pētniekiem vispusīgi izpētīt metilomu un atklāt patoloģiskus metilēšanas modeļus paraugos. Izmantojot WGBS, zinātnieki var iegūt nepārspējamu ieskatu genoma mēroga metilēšanas ainavās, sniedzot niansētu izpratni par epigenetiskajiem mehānismiem, kas ir dažādu bioloģisko procesu un slimību pamatā.
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq.
● Nepieciešams atsauces genoms.
● Lambda DNS tiek pievienota, lai uzraudzītu bisulfīta konversijas efektivitāti.
Pakalpojuma priekšrocības
●DNS metilēšanas pētījumu zelta standartsŠai nobriedušajai tehnoloģijai ir augsta precizitāte un laba reproducējamība.
●Plašs pārklājums un vienas bāzes izšķirtspēja:Metilēšanas vietu noteikšana notiek genoma līmenī.
●Pilnīga platforma:Mēs piedāvājam pilna servisa pakalpojumus, sākot no paraugu apstrādes, bibliotēkas veidošanas un sekvencēšanas līdz bioinformātikas analīzei.
●Plaša pieredzeMums ir plašs projektu spektrs, kas aptver dažādas sugas. BMKGENE piedāvā vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
●Iespēja pievienoties transkriptomikas analīzei: Ļauj veikt integrētu WGBS analīzi ar citiem omikas datiem, piemēram, RNS sekvencēšanu.
Parauga specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| Apstrādāts ar bisulfītu | Illumina PE150 | 30x dziļums | Q30 ≥ 85% Bisulfīta konversija > 99% |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Papildu prasības | |
| Genomiskā DNS | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ierobežota degradācija vai piesārņojums |
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Datu piegāde
Pakalpojums ietver šādu analīzi:
● Neapstrādātu sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole;
● Kartēšana uz atsauces genomu;
● 5mC metilētu bāzu noteikšana;
● Metilācijas sadalījuma analīze un anotācija;
● Diferenciāli metilēto reģionu (DMR) analīze;
● Ar DMR saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
5mC metilēšanas noteikšana: metilēto vietu veidi
Metilācijas karte. 5mC metilēšanas izplatība visā genomā
Ļoti metilētu reģionu anotācija
Diferenciāli metilēti reģioni: saistītie gēni
Diferenciāli metilēti reģioni: saistīto gēnu anotācija (gēnu ontoloģija)
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene pilna genoma bisulfīta sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Fan, Y. et al. (2020) “DNS metilēšanas profilu analīze aitu skeleta muskuļu attīstības laikā, izmantojot pilna genoma bisulfīta sekvencēšanu”,BMC genomika, 21(1), 1.–15.lpp. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) “Jaunas dezoksiribonukleīnskābes metilēšanas perturbācijas darbiniekiem, kas pakļauti vinilhlorīda iedarbībai”,Toksikoloģija un rūpnieciskā veselība, 38(7), 377.–388. lpp. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) “Sakarības starp genoma metilēšanu, nekodējošo RNS, mRNS un metabolītu līmeņiem nogatavojošos tomātu augļos”,Augu žurnāls, 103 (3), 980.–994. lpp. doi: 10.1111/TPJ.14778.
