Pilnīgas transkriptomas sekvencēšana – Illumina
Funkcijas
● Divkārša bibliotēkas ģenerēšana pilnīga transkriptoma sekvencēšanai: rRNS noplicināšanas bibliotēka un mazas RNS bibliotēkas sagatavošana.
● Pilnīga mRNS, lncRNS, cirRNS un miRNS bioinformātiskā analīze atsevišķos bioinformātikas ziņojumos, kā arī kopīga analīze, kurā apvienota visa RNS ekspresija, tostarp ceRNS tīklu analīze.
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredzeEsam apstrādājuši vairāk nekā 2100 pilnīgu transkriptomu projektus, aptverot dažādus paraugu veidus. Katrā projektā mēs izmantojam savu pieredzi.
●Stingra kvalitātes kontroleMēs ieviešam pamata kontroles punktus visos posmos, sākot no paraugu sagatavošanas līdz bibliotēkas sagatavošanai, sekvencēšanai un bioinformātikai. Mūsu rūpīgā uzraudzība nodrošina nemainīgi augstas kvalitātes rezultātu sasniegšanu.
●Visaptveroša anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu diferenciāli ekspresētos gēnus (DEG) un veiktu atbilstošas bagātināšanas analīzes. Šī visaptverošā pieeja sniedz ieskatu šūnu un molekulārajos procesos, kas ir transkriptomas atbildes pamatā, nodrošinot, ka jūs iegūstat visu iespējamo informāciju par sava eksperimenta datiem.
●Regulējošo tīklu padziļināta analīzeceRNA tīkla analīzi nodrošina mRNS, lncRNS, cirkRNS un miRNA kopīga sekvencēšana un izsmeļoša bioinformātiskā darbplūsma.
●Pēcpārdošanas atbalstsMēs saprotam, cik svarīgi ir būt klātesošam, tāpēc mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Parauga prasības un piegāde
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
| rRNS ir noplicināts | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Izvēlētais izmērs | Illumina SE50 | 10–20 miljoni lasījumu |
Parauga prasības:
Nukleotīdi:
| Koncentrācija (ng/μl) | Daudzums (μg) | Tīrība | Godprātība |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7–2,5 OD260/230 = 0,5–2,5 Gelā redzams ierobežots vai nav redzams olbaltumvielu vai DNS piesārņojums. | RIN≥6,0 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; ierobežots vai nav bāzes līnijas pacēluma |
Ieteicamā parauga piegāde
Trauks: 2 ml centrifūgas mēģene (alvas folija nav ieteicama)
Parauga marķēšana: Grupēt+atkārtot, piemēram, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāaprok sausajā ledū.
2. RNS stabilizācijas mēģenes: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un transportēt istabas temperatūrā.
Pakalpojumu darba plūsma
Eksperimenta dizains
Parauga piegāde
RNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Bioinformātika
Papildus visām analīzēm par katru atšķirīgo, mūsu kopīgajā analīzē tiek apvienoti 4 RNS veidi:
- Visu dažādu RNS datu veidu koekspresijas analīze
- RNS ekspresijas pārskats
- Diferenciālās izteiksmes pārskats
- CeRNA tīkls
- Galvenie gēni, kas integrēti ceļā
- Saglabāšanas analīze
- Mērķauditorijas atlases attiecības
RNS ekspresijas pārskats
Diferenciāli ekspresēti gēni
ceRNA analīze
Diferenciāli ekspresētas miRNS un saistītās RNS
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene pilna transkripta sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Dai, Y. et al. (2022) “Visaptveroši mRNS, lncRNS un miRNS ekspresijas profili Kašina-Beka slimības gadījumā, kas identificēti ar RNS sekvencēšanu”,Molekulārā omika, 18(2), 154.–166.lpp. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) “Pilna garuma transkriptomu analīze par Apis cerana aukstumizturību Čangbai kalnā ziemošanas periodā”.Gēns, 830, 146503.–146503. lpp. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Vangs, SJ u.c. (2022) "Uz multi-omikas integrāciju balstīta konkurējošu endogēno RNS regulēšanas tīklu prioritāšu noteikšana sīkšūnu plaušu vēža gadījumā: molekulārās īpašības un zāļu kandidāti",Onkoloģijas robežas, 12, lpp. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) “Integrēta lncRNS/circRNS-miRNS-mRNS ekspresijas profilu analīze atklāj jaunu ieskatu potenciālajos mehānismos, kas reaģē uz sakņu mezglu nematodēm zemesriekstos”,BMC genomika, 23(1), 1.–12. lpp. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/ATTĒLI/7.
Yan, Z. et al. (2022) “Pilna transkriptoma RNS sekvencēšana izceļ molekulāros mehānismus, kas saistīti ar brokoļu kvalitātes saglabāšanu pēc ražas novākšanas, izmantojot sarkanās LED apstarošanu”,Pēcražas bioloģija un tehnoloģija, 188, 111878. lpp. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
