page_head_bg

Produkti

Visa transkripta sekvencēšana – Illumina

Visa transkripta sekvencēšana ir paredzēta, lai profilētu visu veidu RNS molekulas, tostarp kodējošās (mRNS) un nekodējošās RNS (tostarp lncRNS, cirRNS un miRNS), kuras noteiktā laikā transkribē noteiktas šūnas.Visa transkripta sekvencēšana, kas pazīstama arī kā “kopējā RNS sekvencēšana”, ir paredzēta, lai atklātu visaptverošus regulējošos tīklus transkripta līmenī.Izmantojot NGS tehnoloģiju, ir pieejamas visu transkripta produktu sekvences ceRNS analīzei un kopīgai RNS analīzei, kas ir pirmais solis uz funkcionālo raksturojumu.CirRNS-miRNS-mRNS bāzes ceRNS regulējošā tīkla atklāšana.


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Bioinformātika

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØVisu veidu RNS novērtējums attiecībā uz skaitu, ekspresiju un hromosomu relatīvo ekspresiju
ØAtšķirīgi izteiktu RNS identifikācija un atbilstošā ekspresija
ØGēnu koekspresijas analīze
ØceRNA tīkla analīze
ØGalvenie gēni ietvēra ceļa analīzi
ØUz BMKCloud balstīta rezultātu piegāde: platformā pieejama pielāgota datu ieguve.
ØPēcpārdošanas pakalpojumi spēkā 3 mēnešus pēc projekta pabeigšanas

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

Nukleotīdi:

Tīrība Integritāte Piesārņojums Summa
OD260/280≥1,7-2,5; OD260/230≥0,5-2,5; Augiem: RIN≥6,5;Dzīvniekiem: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ierobežots vai vispār nav bāzes līmeņa pacēluma Uz gēla parādīts ierobežots proteīnu vai DNS piesārņojums vai tā nav. Konc.≥100 ng/μl;Tilpums ≥ 10 μl;Kopā ≥ 2 μg

Audi: svars (sauss): ≥1 g
*Audiem, kas ir mazāki par 5 mg, mēs iesakām nosūtīt ātri sasaldētu (šķidrā slāpeklī) audu paraugu.

Šūnu suspensija: Šūnu skaits = 3 × 107
* Mēs iesakām nosūtīt saldētu šūnu lizātu.Ja šūnu skaits ir mazāks par 5 × 105, ieteicams ātri sasaldēt šķidrā slāpeklī.

Asins paraugi:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzola un 2 ml asiņu (TRIzol: Blood = 3: 1)

Ieteicamā paraugu piegāde

Konteiners:
2 ml centrifūgas caurule (nav ieteicama alvas folija)
Marķējuma paraugs: grupa + atkārtojums, piemēram, A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Sūtījums:
1. Sausais ledus: paraugi jāiepako maisos un jāierok sausajā ledū.
2.RNAstable caurules: RNS paraugus var žāvēt RNS stabilizācijas mēģenē (piemēram, RNAstable®) un nosūtīt istabas temperatūrā.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_01

Eksperimenta dizains

logo_02

Paraugu piegāde

logo_03

RNS ekstrakcija

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • Bioinformātika

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1. Novērtējums par visu veidu RNS balstītu relatīvo izteiksmi
    Circos-on-the-significancy-of-the-differences-in-RNA-expression

    Cirkos par RNS ekspresijas atšķirību nozīmi

    2.Integrēts KEGG ceļu tīkls

    Integrated-KEGG-pathway-network

    Integrēts KEGG ceļu tīkls

    3.ceRNA tīkla analīze

    ceRNA-Network-based-DE-circRNA-miRNA-mRNA-Interactions

    Uz ceRNA tīklu balstītas DE-cirRNS-miRNS-mRNS mijiedarbības

    BMK lieta

    CircRNA ekspresijas modelis un ceRNS un miRNS-mRNS tīkli, kas iesaistīti putekšņu attīstībā Brassica campestris CMS līnijā

    Publicēts:Starptautiskais molekulāro zinātņu žurnāls,2019. gads

    NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) šūnas un negatīvās kontroles (sh-Scr) šūnas tika iegūtas konkrētas vīrusu infekcijas 6. dienā.

    Galvenie rezultāti

    Šajā pētījumā tika izveidota Polima citoplazmas vīrišķās sterilitātes (CMS) līnija “Bcpol97-05A” un auglīgā līnija “Bcajh97-01B” Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, sin.B. rapa ssp.chinensis, un veica RNS ekspresijas profilēšanas salīdzinājumus starp sterilās līnijas un auglīgās līnijas ziedu pumpuriem, izmantojot visas transkripta sekvencēšanu.
    1. Kopā tika identificēta 31 diferenciāli ekspresēta (DE) cirRNS, 47 DE miRNS un 4779 DE mRNS.
    2. Gēnu ontoloģijas (GO) analīze parādīja, ka lielākā daļa DE gēnu bija iesaistīti ziedputekšņu sieniņu attīstībā
    3. DE mRNS KEGG ceļa bagātināšanas analīze (ieskaitot augšup un lejup regulētās mRNS sterilajā līnijā salīdzinājumā ar auglīgo līniju) parādīja, ka “cietes un saharozes metabolisms”, “fenilpropanoīda biosintēze” un “pentozes un glikuronāta savstarpējā konversija ” bija visbagātinātākie vielmaiņas ceļi.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Atšķirīgi izteikto mRNS KEGG ceļa bagātināšanas analīze

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Atšķirīgi izteikto mRNS gēnu ontoloģijas (GO) klasifikācija

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Skats uz DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA trīskāršo tīklu

    Atsauce

    Liang Y, Zhang Y, Xu L u.c.CircRNA ekspresijas modelis un ceRNS un miRNS-mRNS tīkli, kas iesaistīti putekšņu attīstībā Brassica campestris CMS līnijā [J].International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: