10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Toetoetra
● Fanapahan-kevitra: 100 µM
● Savaivony: 55 µM
● Isan'ny toerana: 4992
● Faritra fakana sary: 6,5 x 6,5 mm
● Ny toerana misy barcode tsirairay dia feno primer ahitana fizarana 4:
- poly(dT) rambony ho an'ny mRNA priming sy cDNA synthesis
- Unique Molecular Identifier (UMI) hanitsiana ny fitongilanana fanamafisana
- Barcode spatial
- Filaharan'ny filaharan'ny vakiana ampahany 1
● Fandokoana H&E ny fizarana
tombony
●Serivisy tokana: mampiditra ny traikefa rehetra sy ny dingana mifototra amin'ny fahaiza-manao, ao anatin'izany ny cryo-sectioning, ny fandokoana, ny fanatsarana ny tissue, ny barcode spatial, ny fanomanana tranomboky, ny sequencing ary ny bioinformatics.
● Ekipa teknika tena mahay: manana traikefa amin'ny karazana tavy mihoatra ny 250 sy karazana 100+ anisan'izany ny olombelona, ny totozy, ny biby mampinono, ny trondro ary ny zavamaniry.
●Fanavaozana ara-potoana momba ny tetikasa manontolo: miaraka amin'ny fifehezana tanteraka ny fivoaran'ny andrana.
●Bioinformatika manara-penitra feno:Ny fonosana dia misy famakafakana 29 sy tarehimarika avo lenta 100+.
●Famakafakana angon-drakitra namboarina sy fijerena sary: azo ampiasaina amin'ny fangatahana fikarohana samihafa.
●Famakafakana iombonana azo atao miaraka amin'ny filaharana mRNA sela tokana
fepetra arahana
| Fepetra takiana | -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Strategy sequencing | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Santionany cryo misy OCT, santionany FFPE (Savaivony tsara indrindra: eo amin'ny 6x6x6 mm3) 3 blok isaky ny santionany | Tranomboky 10X Visium cDNA | Illumina PE150 | 50K PE mamaky isaky ny toerana (60Gb) | RIN>7 |
Raha mila antsipiriany bebe kokoa momba ny torolàlana fanomanana santionany sy ny fizotran'ny serivisy, azafady miangavy anao hiresaka amin'ny aBMKGENE manam-pahaizana
Service Workflow
Ao amin'ny dingana fanomanana santionany, ny fitsapana fitrandrahana RNA betsaka voalohany dia atao mba hahazoana antoka fa azo alaina ny RNA avo lenta.Ao amin'ny dingan'ny fanatsarana ny tavy dia voaloto sy aseho ny fizarana ary amboarina ny fepetra permeabilisation amin'ny famoahana mRNA avy amin'ny tavy.Ny protocol optimized dia ampiharina mandritra ny fananganana tranomboky, arahin'ny sequencing sy ny fanadihadiana angona.
Ny fizotran'ny serivisy feno dia misy fanavaozana amin'ny fotoana tena izy sy fanamafisana ny mpanjifa mba hitazonana ny valin-kafatra mamaly, hiantohana ny fanatanterahana ny tetikasa.
Ahitana izao fanadihadiana manaraka izao:
Fanaraha-maso kalitao angona:
o Ny famoahana angon-drakitra sy fizarana ny isa kalitao
o Fahitana fototarazo isaky ny toerana
o Fandrakofana ny tavy
Famakafakana santionany anatiny:
o Ny harena voajanahary
o Fivondronana toerana, anisan'izany ny famakafakana refy mihena
o Famakafakana fanehoana tsy mitovy eo amin'ny cluster: famantarana ny fototarazo marika
o Fampandrenesana miasa sy fanatsarana ny fototarazo marika
Famakafakana eo anivon'ny vondrona
o Fampifangaroana indray ny tasy avy amin'ny santionany roa (oh: marary sy voafehy) ary mivondrona indray
o Famantarana ny fototarazo marika ho an'ny cluster tsirairay
o Fampandrenesana miasa sy fanatsarana ny fototarazo marika
o Fanehoan-kevitra tsy mitovy amin'ny vondron'olona mitovy
Famakafakana santionany anatiny
Spot clustering
Famantarana ny fototarazo marika sy ny fizarana habakabaka
Famakafakana eo anivon'ny vondrona
Ny fitambaran'ny angona avy amin'ny vondrona roa sy ny re-cluster
Genes marika amin'ny cluster vaovao
Tadiavo ny fandrosoana notarihin'ny serivisy transcriptomics spatial an'ny BMKGene nataon'ny 10X Visium Ao amin'ireto boky nasongadina ireto:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, mety ho Drosophila homologue ny mammalian adhesion GPCRs, dia tafiditra amin'ny fanehoan-kevitra antitumor amin'ny tsindrona oncogenic sela amin'ny lalitra', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL dia mamela ny famaritana avo lenta ny angona transcriptomic spatiotemporal', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Atlas spatiotemporal amin'ny organogenesis amin'ny fampandrosoana ny voninkazo orkide', Nucleic Acids Research, 50 (17), pp. 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Ny fampifangaroana ny Transkriptomika Spatial sy ny Sequencing RNA Nucleus tokana dia manambara ny paikady fitsaboana mety ho an'ny Leiomyoma Uterine', International Journal of Biological Sciences, 19 (8), p. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
