BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ny subunit amin'ny 16S sy 18S rRNA izay misy faritra tena voatahiry sy hypervariable dia dian-tànana molekiola tonga lafatra ho an'ny famantarana ny zavamananaina prokaryotic sy eukaryotic.Manararaotra ny filaharana, ireo amplicons ireo dia azo lasibatra mifototra amin'ny ampahany voatahiry ary ny faritra hyper-variable dia azo faritana tanteraka ho an'ny famantarana mikraoba mandray anjara amin'ny fandalinana momba ny famakafakana ny fahasamihafana mikraoba, taxonomy, phylogeny, sns. ) ny filaharana amin'ny sehatra PacBio dia ahafahana mahazo vakiteny lava tena marina, izay mety handrakotra amplicons lava lava (eo ho eo amin'ny 1.5 Kb).Ny fomba fijery mivelatra amin'ny sehatry ny fototarazo dia nanatsara ny famahana ny famaritana ny karazana ao amin'ny vondrom-piarahamonina bakteria na holatra.

Platform:PacBio Sequel II


Service Details

Valin'ny Demo

Fandinihana tranga

Tombontsoa amin'ny serivisy

1

● Famakiana lavareny mampiseho filaharana feno 16S/18S/ITS

● Fiantsoana fototra tena marina miaraka amin'ny filaharan'ny fomba PacBio CCS

● Famahana ny haavon'ny karazana ao amin'ny fanamarihana OTU/ASV

● Fandefasana famakafakana QIIME2 farany miaraka amin'ny famakafakana isan-karazany amin'ny resaka angon-drakitra, fanamarihana, OTU/ASV.

● Azo ampiharina amin'ny fandalinana fiaraha-monina mikraoba isan-karazany

● Manana traikefa be dia be amin'ny santionany 100.000 mahery/taona ny BMK, mandrakotra ny tany, ny rano, ny entona, ny fotaka, ny diky, ny tsinainy, ny hoditra, ny ron-kena fermentation, ny bibikely, ny zavamaniry, sns.

● Ny BMKCloud dia nanamora ny fandikana angon-drakitra misy fitaovana famakafakana manokana 45

Service Specifications

SequencingPlatform

-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah

Angona soso-kevitra

Fotoana fihodinana

PacBio Sequel II

SMRT- lakolosy

5K/10K/20K Tags

44 andro fiasana

Famakafakana bioinformatics

● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● fanamarihana OTU

● Fahasamihafana alfa

● Fahasamihafana beta

● Famakafakana eo anivon'ny vondrona

● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana

● Faminaniana fototarazo miasa

16sPacbio

Santionany takiana sy ny fanaterana

Santionany takiana:

HO AN'NYADN nalaina:

Karazana santionany

vola

fifantohana

fahadiovana

ADN nalaina

> 1 g ny

> 20 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:

Karazana santionany

Fomba fanaovana santionany soso-kevitra

nofon-tany

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana.

fivalanana

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana.

Ny atiny

Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube.

Fotaka

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana

Waterbody

Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane.

Hoditra

Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile.

Fanaterana santionany soso-kevitra

Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.

Fizotry ny asa fanompoana

fanaterana santionany

Fanaterana santionany

Fanomanana tranomboky

Fananganana tranomboky

Sequencing

Sequencing

Famakafakana angona

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

Serivisy aorian'ny varotra


  • teo aloha:
  • Manaraka:

  • 1.Taham-panehoan-kevitra momba ny mombamomba ny vondrom-piarahamonina mikraoba mifototra amin'ny V3+V4(Illumina) vs. ny profiling mifototra amin'ny halavany manontolo (PacBio).
    (Angon'ny tetikasa 30 nofantenana kisendrasendra no nampiharina ho an'ny antontan'isa)

    3

    2.Ny tahan'ny fanombantombanana ny filaharana amplicon lava lava amin'ny ambaratonga karazana amin'ny karazana santionany samihafa

    4

    3. Fizarana karazana

    5
    4. Hazo filogenetika

    6

    BMK Case

    Ny fiparitahan'ny arsenika dia miteraka fahasimbana amin'ny sakana amin'ny tsinay ary vokatr'izany dia ny fampahavitrihana ny axis tsinay-atiny mitarika ho amin'ny areti-maso sy ny pyroptosis amin'ny atiny amin'ny gana.

    Navoaka:Siansa momba ny tontolo iainana manontolo,2021

    Paikady filaharana:

    Santionany: Fanaraha-maso vs 8 mg/kg vondrona ATO mibaribary
    Ny vokatra azo avy amin'ny angon-drakitra filaharana: 102,583 ny fitambaran'ny filaharan'ny CCS manta
    Fifehezana: 54,518 ± 747 CCS mahomby
    ATO-naseho : 45.050 ± 1675 CCS mahomby

    Vokatra lehibe

    Fahasamihafana alfa:Ny fiparitahan'ny ATO dia nanova tanteraka ny harenan'ny mikraoba tsinay sy ny fahasamihafan'ny ganagana.

    Famakafakana metastats:
    Ao amin'ny haavon'ny phylum: phylum bakteria 2 ihany no hita ao amin'ny vondrona mpanara-maso
    Ao amin'ny haavon'ny karazana: 6 karazana dia hita tsy mitovy amin'ny habetsahana
    Ao amin'ny karazana karazana: karazany 36 no fantatra amin'ny fitambarany, ka ny 6 amin'izy ireo dia samy hafa be amin'ny habetsahan'ny famerenana indray.

    Reference

    Thingholm, LB, et al."Ny olona matavy loatra miaraka amin'ny diabeta karazany 2 sy tsy misy dia mampiseho ny fahaiza-manao sy ny firafitry ny microbial tsinay samihafa."Cell Host & Microbe26.2(2019).

    mahazo teny nalaina

    Soraty eto ny hafatrao ary alefaso aminay

    Alefaso aminay ny hafatrao: