circRNA sequencing-Illumina
Toetoetra
● Ny fihenan'ny rRNA arahin'ny fiomanana amin'ny fitehirizam-bokin'ny toromarika, mamela ny angon-drakitra momba ny filaharana izay voafaritra manokana.
● Ny fizotry ny asa bioinformatic dia ahafahan'ny circRNA maminavina sy mametaka ny fitenenana
Tombontsoa amin'ny serivisy
●Tranomboky RNA feno kokoa:mampiasa rRNA depletion fa tsy linear RNA depletion ao amin'ny fanomanana mialoha ny tranomboky, miantoka fa ny sequencing data dia tsy ny circRNA ihany fa koa ny mRNA sy lncRNA, mamela ny fiaraha-midinika amin'ireo tahirin-kevitra.
●Famakafakana azo atao amin'ny tambajotra RNA endogenous (ceRNA) fifaninanana: manome fanazavana lalindalina kokoa momba ny rafitra mifehy ny finday
●Extensive Expertise: miaraka amin'ny firaketana an-tsoratra momba ny fanodinana santionany maherin'ny 20.000 ao amin'ny BMK, ahitana karazana santionany isan-karazany sy tetikasa lncRNA, mitondra traikefa be dia be amin'ny tetikasa tsirairay ny ekipanay.
●Fanaraha-maso kalitao henjana: Mampihatra teboka fanaraha-maso fototra amin'ny dingana rehetra izahay, manomboka amin'ny fanomanana santionany sy tranomboky ka hatramin'ny sequencing sy bioinformatics.Ity fanaraha-maso feno fahamalinana ity dia miantoka ny fandefasana vokatra avo lenta tsy tapaka.
● Fanohanana aorian'ny varotra: Ny fanoloran-tenantsika dia mihoatra ny fahavitan'ny tetikasa miaraka amin'ny fe-potoana 3 volana aorian'ny fivarotana.Mandritra izany fotoana izany, manolotra fanaraha-maso ny tetikasa, fanampiana famahana olana, ary fotoam-pivoriana Q&A izahay mba hamahana ireo fanontaniana mifandraika amin'ny valiny.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| -BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah | Platform | Angona soso-kevitra | Takelaka data QC |
| Poly A manankarena | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5; Ho an'ny biby: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
● Zavamaniry:
Root, Stem na Petal: 450 mg
Ravina na voa: 300 mg
Voankazo: 1,2 g
● Biby:
Fo na tsinay: 450 mg
Viscera na ati-doha: 240 mg
Hozatra: 600 mg
Taolana, volo na hoditra: 1,5g
● Arthropoda:
bibikely: 9g
Crustacea: 450 mg
● Ra manontolo:2 tavy
● sela: 106 sela
● Serum sy Plasmany: 6ml
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. Tube RNAstable: Ny santionany RNA dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (ohatra RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana amin'ny efitrano.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
faminaniana circRNA: fizarana chromosomal
Ny circRNAs amin'ny fomba samihafa - Volcano plot
CircRNAs voambara amin'ny fomba samihafa - clustering hierarchical
Fampitomboana ny fototarazon'ny mpampiantrano circRNA
Tadiavo ny fivoaran'ny fikarohana nataon'ny BMKGene' circRNA sequence services amin'ny alàlan'ny fanangonana boky voarindra.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 dia manara-maso ny fananganana circRNA sy ny fampanginana ny fototarazo mpanelanelana microRNA amin'ny carcinoma hepatocellular', Oncogene 2021 40: 25, 40 (25), pp. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive transcriptome dia manambara ny andraikitry ny RNA133 boribory amin'ny fanoherana ny aretina amin'ny alàlan'ny fanaraha-maso ny fanehoana ny OsARAB amin'ny vary', Phytopathology Research, 5 (1), pp. 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/SARAHA/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 dia manova ny fifandanjana amin'ny transcript boribory sy linear amin'ny carcinoma hepatocellular'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Ny fanombanana feno ny circRNAs amin'ny cardiomyopathie cirrhotic alohan'ny sy aorian'ny famindrana aty', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
