Fizarana mRNA feno -PacBio
Tombontsoa amin'ny serivisy
● Famakiana mivantana ny molekiolan'ny cDNA lava lava manomboka amin'ny 3'- faran'ny 5'- farany
● Famahana ny haavon'ny iso-form amin'ny firafitry ny filaharana
● Fandikan-teny tena marina sy tsy mivadika
● Tena mifanentana amin'ny karazana vaiours
● Mahazaka filaharana lehibe miaraka amin'ny sehatra 4 PacBio Sequel II misy fitaovana
● Tena za-draharaha amin'ny tetikasa RNA 700 mahery miorina amin'ny Pacbio
● Fanaterana vokatra mifototra amin'ny BMKCloud: Ny fitrandrahana angon-drakitra namboarina azo alaina amin'ny sehatra.
● Ny serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa
Service Specifications
Platform: PacBio Sequel II
Fitehirizam-boky filaharana: tranomboky mRNA poly A- nanankarena
Fanomezana angona soso-kevitra: 20 Gb/santionany (Arakaraka ny karazana)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: Fandefasana tsy chimeric manontolo
Famakafakana bioinformatics
● fanodinana angona manta
● Famantarana an-tsoratra
● Firafitra filaharana
● Famaritana ny fomba fiteny
● Famaritana momba ny asa
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Vola (μg) | fahadiovana | Tsy Nivadika |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥7.5; Ho an'ny biby: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy elevation baseline |
Tissue: Lanja (maina):≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).
Fiatoana sela:Isan'ny sela = 3×106- 1×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5×10 io sela io5, tselatra mangatsiaka amin'ny azota ranon-javatra no atolotra, izay tsara kokoa ho an'ny fitrandrahana micro.
Santionan'ny ra:Volume≥1 mL
microorganism:Lanja ≥ 1 g
Fanaterana santionany soso-kevitra
Kaontenera:
2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
1. Dry-ice: Ny santionany dia mila atao anaty kitapo ary alevina ao anaty ranomandry maina.
2. Tube RNAstable: Ny santionany RNA dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (ohatra RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana amin'ny efitrano.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1.FLNC fizarana halavany
Ny halavan'ny famakiana tsy chimeric manontolo (FLNC) dia manondro ny halavan'ny cDNA amin'ny fananganana tranomboky.Ny fizarana ny halavan'ny FLNC dia famantarana lehibe amin'ny fanombanana ny kalitaon'ny fananganana tranomboky.
FLNC mamaky ny halavan'ny fizarana
2. Fenoy ny fizarana halavan'ny faritra ORF
Mampiasa TransDecoder izahay haminavina ny faritry ny kaody proteinina sy ny filaharana asidra amino mifanaraka amin'izany mba hamoronana andiana unigene, izay mirakitra fampahalalana feno amin'ny fandikana tsy misy dikany amin'ny santionany rehetra.
Fizarana ny halavan'ny faritra ORF feno
3. Famakafakana fanatsarana ny lalana KEGG
Ny transcripts amin'ny fomba samihafa (DETs) dia azo fantarina amin'ny alàlan'ny fampifanarahana ny angon-drakitra momba ny RNA mifototra amin'ny NGS amin'ny andiana transcript lava lava novokarin'ny angon-drakitra PacBio.Ireo DET ireo dia azo karakaraina bebe kokoa ho an'ny famakafakana fiasa isan-karazany, ohatra, ny famakafakana fanatsarana ny lalan'ny KEGG.
DET KEGG fampitomboana lalana -Dot plot
BMK Case
Ny dinamikan'ny fivoaran'ny Populus stem transcriptome
Navoaka: Plant Biotechnology Journal, 2019
Paikady filaharana:
fanangonana santionany:faritra voa: apex, internode voalohany (IN1), internode faharoa (IN2), internode fahatelo (IN3), internode (IN4) ary internode (IN5) avy amin'ny Nanlin895
NGS-sequence:RNA misy olona 15 no natambatra ho santionany biolojika iray.Replika biolojika telo isaky ny teboka tsirairay no nokarakaraina ho an'ny filaharana NGS
TGS-sequence:Nozaraina ho faritra telo ny faritry ny taho, izany hoe apex, IN1-IN3 ary IN4-IN5.Ny faritra tsirairay dia nokarakaraina ho an'ny filaharana PacBio misy karazana tranomboky efatra: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ary 3-10 kb.
Vokatra lehibe
1. Miisa 87150 ny dika mitovy amin'ny halavany manontolo hita, izay nahitana ny isoforme 2081 ary ny isoforma hafa 62058.
2.1187 lncRNA sy 356 fusion fototarazo no fantatra.
3. Avy amin'ny fitomboana voalohany ka hatramin'ny fitomboana faharoa, dia 15838 ny dikan-teny miavaka amin'ny fototarazo 995 voamarika.Ao amin'ny DEG rehetra, 1216 dia anton-javatra transcription, izay tsy mbola notaterina ny ankamaroany.
4. Ny famakafakana ny fanatsarana GO dia nanambara ny maha-zava-dehibe ny fizarazarana sela sy ny fizotry ny fampihenana ny oxidation amin'ny fitomboana voalohany sy faharoa.
Hetsika fampifangaroana hafa sy isoforma samihafa
WGCNA fanadihadiana momba ny transcription factor
Reference
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.Ny dinamikan'ny fivoaran'ny Populus stem transcriptome.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
