Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
tombony
ØTena za-draharaha: Santionany 200,000 mahery no nokarakaraina tao amin'ny BMK mandrakotra karazana santionany isan-karazany, ao anatin'izany ny kolontsaina sela, ny tavy, ny fluidin'ny vatana, sns.
ØRafitra fanaraha-maso henjana kalitao: Ny teboka fanaraha-maso ny kalitao fototra amin'ny dingana rehetra ao anatin'izany ny fanomanana santionany, ny fanomanana tranomboky, ny filaharana ary ny bioinformatika dia eo ambany fanaraha-maso akaiky mba hahazoana vokatra avo lenta.
ØAngon-drakitra marobe azo alaina ho an'ny fanoritsoritana ny asa sy fandalinana fanampiny mba hanatanterahana tanjona fikarohana samihafa.
ØSerivisy aorian'ny varotra: Serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa, ao anatin'izany ny fanaraha-maso ny tetikasa, ny famahana olana, ny valin'ny Q&A, sns.
Santionany takiana sy ny fanaterana
| fitehirizam-boky | Paikady filaharana | Data soso-kevitra | Fanaraha-maso kalitao |
| Poly A manankarena | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Fepetra takiana:
Nucleotides:
| fahadiovana | Tsy Nivadika | vola |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel. | Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5; Ho an'ny biby: RIN≥7;28S/18S≥1.0; voafetra na tsy misy fiakarana fototra | Conc.≥30 ng/μl;Volony ≥ 10 μl;Total ≥ 1,5 μg |
Tissue: Lanja (maina):≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).
Fiatoana sela:Isan'ny sela = 3×106- 1×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5×105 ny sela, dia asiana tselatra mangatsiaka amin'ny azota ranona, izay tsara kokoa ho an'ny fitrandrahana micro.
Santionan'ny ra:Volume≥1 ml
microorganism:Lanja ≥ 1 g
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra ny foil)
Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...
fandefasana:
- Dry-ice: Mila atao anaty harona ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
- Tube RNAstable: Ny santionany RNA dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana ao amin'ny efitrano.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana RNA
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
Bioinformatics
Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
ØReference genome alignment
ØFamakafakana firafitry ny transcript
ØFamaritana ny fomba fiteny
ØFamakafakana fomba fiteny samihafa
ØFamaritana momba ny asa sy fanatsarana
1.MRNA Data Saturation curve
2.Famakafakana fomba fiteny samihafa-Volcano plot
3.KEGG annotation amin'ny DEGs
4.Fanasokajiana GO amin'ny DEG
