BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Ny filaharana mRNA dia ahafahan'ny mombamomba ny mRNA rehetra nadika avy amin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana.Izy io dia teknolojia mahery vaika hanehoana ny mombamomba ny fanehoana ny fototarazo, ny firafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola amin'ny dingana biolojika sasany.Hatramin'izao, ny filaharana mRNA dia nampiasaina betsaka amin'ny fikarohana fototra, diagnostika klinika, fampivoarana zava-mahadomelina, sns.

Platform: Illumina NovaSeq Platform


Service Details

Bioinformatics

Valin'ny Demo

tombony

● Tena za-draharaha: Santionany maherin'ny 200.000 no nokarakaraina tao amin'ny BMK mandrakotra karazana santionany isan-karazany, ao anatin'izany ny kolontsaina sela, ny tavy, ny ranon'ny vatana, sns. ary ny tetikasa mRNA-Seq maherin'ny 7.000 no nikatona mandrakotra ny faritra fikarohana isan-karazany.

● Rafitra fanaraha-maso hentitra tsara: Ny teboka fanaraha-maso ny kalitao fototra amin'ny dingana rehetra ao anatin'izany ny fanomanana santionany, ny fanomanana ny tranomboky, ny sequence ary ny bioinformatika dia eo ambany fanaraha-maso akaiky mba hahazoana vokatra avo lenta.

● Ny angon-drakitra maro azo ampiasaina amin'ny fanoritsoritana ny asa sy ny fandalinana fanampiny mba hanatanterahana tanjona fikarohana samihafa.

● Serivisy aorian'ny varotra: Serivisy aorian'ny fivarotana manan-kery mandritra ny 3 volana aorian'ny fahavitan'ny tetikasa, ao anatin'izany ny fanaraha-maso ny tetikasa, ny famahana olana, ny valin'ny Q&A, sns.

Santionany takiana sy ny fanaterana

-BOKIN'NY Vavolombelon'i Jehovah Strategy sequencing Data soso-kevitra Fanaraha-maso kalitao
Poly A manankarena Illumina PE150

6 Gb

Q30≥85%

Santionany takiana:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Vola (μg)

fahadiovana

Tsy Nivadika

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Voafetra na tsy misy fandotoana proteinina na ADN aseho amin'ny gel.

Ho an'ny zavamaniry: RIN≥6.5;

Ho an'ny biby: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

voafetra na tsy misy elevation baseline

Tissue: Lanja (maina):≥1 g
* Ho an'ny tavy kely kokoa noho ny 5 mg, dia manoro hevitra ny handefa santionany sela tselatra mangatsiaka (amin'ny azota azota).

Fiatoana sela:Isan'ny sela = 3×106- 1×107
* Manoro hevitra izahay handefa lysate sela mangatsiaka.Raha toa ka latsaky ny 5 × 105 ny sela.

Santionan'ny ra:Volume≥1 ml

microorganism:Lanja ≥ 1 g

Fanaterana santionany soso-kevitra

Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)

Famaritana santionany: Vondrona + adika ohatra A1, A2, A3;B1, B2, B3...

fandefasana:

  1. Dry-ice: Mila atao anaty harona ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
  2. Tube RNAstable: Ny santionany RNA dia azo maina ao anaty fantsona fanamafisana RNA (oh RNAstable®) ary alefa amin'ny mari-pana ao amin'ny efitrano.

Fizotry ny asa fanompoana

Sample QC

Famolavolana andrana

fanaterana santionany

Fanaterana santionany

Andrana mpanamory

fitrandrahana RNA

Fanomanana tranomboky

Fananganana tranomboky

Sequencing

Sequencing

Famakafakana angona

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

Serivisy aorian'ny varotra


  • teo aloha:
  • Manaraka:

  • Bioinformatics

    wps_doc_10

    Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow

    Bioinformatics

    ØFanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta

    ØReference genome alignment

    ØFamakafakana firafitry ny transcript

    ØFamaritana ny fomba fiteny

    ØFamakafakana fomba fiteny samihafa

    ØFamaritana ny asa sy fanatsarana

    1.MRNA Data Saturation curve

    3(1)

    2.Famakafakana fanehoan-kevitra samihafa-Volcano plot

    4(1)

    3.KEGG annotation amin'ny DEGs

    5(1)

    4.Fanasokajiana GO amin'ny DEG

    6(1)

    mahazo teny nalaina

    Soraty eto ny hafatrao ary alefaso aminay

    Alefaso aminay ny hafatrao: