-
Zavamaniry/Biby De novo Genome Sequencing
De novoNy sequencing dia manondro ny fananganana fototarazo iray manontolo amin'ny alàlan'ny teknolojian'ny filaharana, ohatra, PacBio, Nanopore, NGS, sns., raha tsy misy fototarazo reference.Ny fanatsarana miavaka amin'ny halavan'ny famakiana ny teknolojian'ny andiany fahatelo dia nitondra fahafahana vaovao amin'ny fanangonana génome sarotra, toy ireo manana heterozygosity avo, tahan'ny faritra miverimberina, polyploids, sns. famahana singa miverimberina, faritra misy atiny GC tsy ara-dalàna ary faritra hafa be pitsiny.
Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C miorina amin'ny Genome Assembly
Ny Hi-C dia fomba iray natao hisamborana ny firafitry ny krômôzôma amin'ny alàlan'ny fampifangaroana ny fifandraisana mifototra amin'ny akaiky sy ny filaharana avo lenta.Ny hamafin'ireo fifandraisana ireo dia heverina fa misy ifandraisany amin'ny halavirana ara-batana amin'ny chromosomes.Noho izany, ny angon-drakitra Hi-C dia afaka mitarika ny fivondronana, ny filaharana ary ny fandrindrana ny filaharana miangona ao amin'ny fototarazo iray ary ny fametrahana ireo amin'ny krômôzôma maromaro.Ity teknôlôjia ity dia manome hery ny fivorian'ny génomôma ambaratonga chromosome raha tsy misy sarintany fototarazo mifototra amin'ny mponina.Ny génome tsirairay dia mila Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Genetika evolisiona
Ny génétika evolisiona dia serivisy filaharana feno natao hanomezana fandikana feno momba ny fampahalalana momba ny evolisiona momba ny fitaovana nomena mifototra amin'ny fiovaovan'ny fototarazo, ao anatin'izany ny SNPs, InDels, SVs ary CNVs.Izy io dia manome ny famakafakana fototra rehetra ilaina amin'ny famaritana ny fiovaovan'ny evolisiona sy ny toetran'ny fototarazo amin'ny mponina, toy ny firafitry ny mponina, ny fahasamihafan'ny fototarazo, ny fifandraisan'ny phylogeny, sns. Izy io koa dia mirakitra fanadihadiana momba ny fikorianan'ny fototarazo, izay manome hery ny fanombanana ny haben'ny mponina mahomby, ny fotoana mahasamihafa.
-
Génomika fampitahana
Ny génomika fampitahana dia midika ara-bakiteny ny fampitahana ny filaharan'ny fototarazo feno sy ny firafitry ny karazana samihafa.Ity taranja ity dia mikendry ny hampiseho ny fivoaran'ny karazana, ny fiasan'ny fototarazo, ny rafitra mifehy ny fototarazo amin'ny ambaratongan'ny génome amin'ny alàlan'ny famantarana ny firafitry ny filaharana sy ny singa izay nitahiry na nanavaka ny karazana samihafa.Ny fandalinana génomika fampitahana mahazatra dia ahitana ny famakafakana ao amin'ny fianakavian'ny fototarazo, ny fivoaran'ny evolisiona, ny dika mitovy amin'ny genome manontolo, ny tsindry mifantina, sns.
-
Bulked Segregant analysis
Ny famakafakana segregant bulked (BSA) dia teknika ampiasaina hamantarana haingana ireo marika fototarazo mifandraika amin'ny phenotype.Ny fizotran'ny asa lehibe ao amin'ny BSA dia misy fifantenana vondron'olona roa manana phenotypes tena mifanohitra, manambatra ny ADN ho an'ny olona rehetra mba hamoronana ADN roa, hamantarana ny filaharana tsy mitovy eo amin'ny dobo roa.Ity teknika ity dia nampiasaina betsaka tamin'ny famantarana ireo marika fototarazo mifandray mafy amin'ny fototarazo lasibatra amin'ny fototarazon'ny zavamaniry/biby.
