Hi-C miorina amin'ny Genome Assembly
Tombontsoa amin'ny serivisy
Vidin'ny Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Science, 2009)
● Tsy ilaina amin'ny fanorenana ny fototarazo ho an'ny contig vatofantsika;
● Ny hakitroky ny mari-pamantarana ambony kokoa mitarika ho amin'ny tahan'ny fanotofana contigs ambony kokoa amin'ny 90%;
● Mamela ny fanombanana sy fanitsiana ny fivorian'ny genome efa misy;
● Fotoana fihodinana fohy kokoa miaraka amin'ny fahamendrehana ambony kokoa amin'ny fivorian'ny genome;
● traikefa be dia be amin'ny tranomboky Hi-C 1000 mahery naorina ho an'ny karazany 500 mahery;
● Tranga mahomby mihoatra ny 100 miaraka amin'ny anton-javatra fiantraika avoakan'ny 760 mahery;
● Fivoriambe genome mifototra amin'ny Hi-C ho an'ny génome polyploid, 100% ny tahan'ny fifantohana dia tratra tamin'ny tetikasa teo aloha;
● Ny patanty an-trano sy ny zon'ny mpamorona rindrambaiko ho an'ny fanandramana Hi-C sy ny fanadihadiana angona;
● Ny logiciel fandrindrana angon-drakitra novolavolain'ny tena manokana, dia afaka mamindra ny sakana amin'ny tanana, mamadika, manafoana ary mamerina.
Service Specifications
|
Karazana tranomboky
|
Platform | Famakiana Halava | Soso-kevitra paikady |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Famakafakana bioinformatics
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta
● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny tranomboky Hi-C
● Fivoriamben'ny genome miorina amin'ny Hi-C
● Fanombanana aorian'ny fivoriambe
Santionany takiana sy ny fanaterana
Santionany takiana:
| biby | holatra | ZAVAMANIRY
|
| Tavy mangatsiaka: 1-2g isaky ny tranomboky Sela: sela 1x 10^7 isaky ny tranomboky | Tavy mangatsiaka: 1g isaky ny tranomboky | Tavy mangatsiaka: 1-2g isaky ny tranomboky
|
| * Manoro hevitra mafy izahay handefa aliquot 2 farafahakeliny (1 g tsirairay) ho an'ny fanandramana Hi-C. | ||
Fanaterana santionany soso-kevitra
Container: 2 ml centrifuge tube (tsy soso-kevitra)
Ho an'ny ankamaroan'ny santionany dia manoro hevitra izahay mba tsy hitehirizana ao anaty ethanol.
Fametahana santionany: Ny santionany dia mila asiana marika mazava tsara ary mitovy amin'ny taratasy fampahalalana santionany natolotra.
Fandefasana: ranomandry maina: Mila atao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
Fizotry ny asa fanompoana
Famolavolana andrana
Fanaterana santionany
fitrandrahana ADN
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
*Ny valin'ny demo aseho eto dia avy amin'ny génome navoakan'ny Biomarker Technologies
1.Hi-C fifandraisana hafanana sarintany nyCamptotheca acuminatagénomé.Araka ny aseho eo amin'ny sarintany, ny hamafin'ny fifaneraserana dia misy ifandraisany amin'ny halaviran-dalana, izay manondro fivorian'ny chromosome tena marina.(Tahan'ny fanotofana: 96.03%)
Kang M et al.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C dia nanamora ny fanamarinana ny inversions eoGossypium hirsutumL. TM-1 A06 aryG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. Fanavahana sy fanavahana bialelika ny génomé cassava SC205.Ny heatmap Hi-C dia mampiseho fizarazarana mazava amin'ny krômôzôma homologous.
Hu W et al.,Plant molecular, 2021
4. Hi-C heatmap amin'ny fivorian'ny genome karazana Ficus roa:F.microcarpa(ampahany anchoring: 99.3%) aryF.hispida (ampahan'ny vatofantsika: 99,7%)
Zhang X et al.,SELA, 2020
BMK Case
Ny Genome amin'ny hazo Banyan sy ny fanenitra mpamono afo dia manome fanazavana momba ny Coevolution amin'ny fanenitra aviavy
Navoaka: SELA, 2020
Paikady filaharana:
F. microcarpa genome: eo ho eo.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: eo ho eo.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: eo ho eo.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Vokatra lehibe
1. Ny fototarazon'ny hazo banyan roa sy ny fototarazon'ny fanenitra mpamono vovobony iray dia novolavolaina tamin'ny alalan'ny filaharan'ny PacBio, ny Hi-C ary ny sarintany mampifandray.
(1)F. microcarpagenome: Fivoriambe 426 Mb (97.7% amin'ny haben'ny génome tombanana) dia naorina miaraka amin'ny contig N50 amin'ny 908 Kb, BUSCO isa 95.6%.Ny fitambaran'ny filaharana 423 Mb dia napetraka tamin'ny krômôzôma 13 nataon'i Hi-C.Ny fanamarihan'ny genome dia namoaka fototarazo 29.416 proteinina.
(2)F. HispidaGenome: Fivoriambe 360 Mb (97.3% amin'ny haben'ny génome tombanana) dia nahazo vokatra miaraka amin'ny contig N50 amin'ny 492 Kb ary BUSCO 97.4%.Ny fitambaran'ny filaharana 359 Mb dia nifamatotra tamin'ny chromosome 14 nataon'i Hi-C ary tena mitovy amin'ny sarintany fifandraisana avo lenta.
(3)Eupristina verticillatagenome: Fivoriambe 387 Mb (Tombanana habe: 382 Mb) dia naorina miaraka amin'ny contig N50 amin'ny 3.1 Mb ary BUSCO isa 97.7%.
2. Ny famakafakana génomika fampitahana dia nahitana fiovaovan'ny rafitra misy eo amin'ny roaFicusgenome, izay nanome loharanon-karena sarobidy ho an'ny fandalinana ny evolisiona adaptive.Ity fanadihadiana ity, sambany, dia nanome fanazavana momba ny coevolution amin'ny fanenitra aviavy amin'ny ambaratonga genomika.
 Diagram Circos momba ny endri-javatra génomika roaFicusgenome, anisan'izany ny chromosomes, duplication segmental (SDs), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), fanehoana ny fototarazo ary synteny |  Famantarana ny krômôzôma Y sy ny fototarazon'ny kandidan'ny lahy sy vavy |
Zhang, X. , et al."Ny fototarazon'ny hazo Banyan sy ny fanenitra mpamono afo dia manome fanazavana momba ny Coevolution aviavy."Cell 183.4(2020).
