BMKCloud Log in
条形banner-03

Products

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomics dia fitaovana molekiola ampiasaina handinihana ireo akora génomika mifangaro nalaina avy amin'ny santionany momba ny tontolo iainana, izay manome fampahalalana amin'ny antsipiriany momba ny fahasamihafan'ny karazana sy ny habetsahana, ny firafitry ny mponina, ny fifandraisan'ny phylogenetic, ny fototarazo miasa ary ny tamba-jotra mifandraika amin'ny anton-tontolo iainana, sns. Nanopore sequencing platforms amin'ny fandalinana metagenomika.Ny fahombiazany miavaka amin'ny halavan'ny famakiana dia nanatsara ny famakafakana metagenomika midina, indrindra fa ny fivorian'ny metagenome.Manararaotra ny halavan'ny famakiana, ny fandalinana metagenomika miorina amin'ny Nanopore dia afaka manatontosa fivoriambe mitohy kokoa raha ampitahaina amin'ny metagenomika basy voatifitra.Navoaka fa ny metagenomika mifototra amin'ny Nanopore dia nahomby tamin'ny famoronana génome bakteria feno sy mihidy avy amin'ny microbiome (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Service Details

Valin'ny Demo

BMK Case

Tombontsoa amin'ny serivisy

● Fivoriambe avo lenta-Manatsara ny fahamarinan'ny famantarana ny karazana sy ny faminaniana momba ny fototarazo

● Fitokanana ny fototarazo bakteria mihidy

● Fampiharana mahery kokoa sy azo ianteherana amin'ny faritra samihafa, ohatra, ny fahitana ireo micro micro-organismes na fototarazo mifandraika amin'ny fanoherana antibiotika

● Famakafakana metagenome fampitahana

Service Specifications

 Platform

Sequencing

Angona soso-kevitra

Fotoana fihodinana

Nanopore

ONT

6 G/10 G

65 andro fiasana

Famakafakana bioinformatics

● Fanaraha-maso ny kalitaon'ny angona manta

● Fivoriambe metagenome

● Fametrahana fototarazo tsy misy redundant sy fanamarihana

● Famakafakana ny karazana karazana

● Famakafakana ny fahasamihafan'ny asan'ny fototarazo

● Famakafakana eo anivon'ny vondrona

● Famakafakana fikambanana manohitra ny anton-javatra andrana

nanopore

Santionany takiana sy ny fanaterana

Santionany takiana sy ny fanaterana

Santionany takiana:   

HO AN'NYADN nalaina:

Karazana santionany

vola

fifantohana

fahadiovana

ADN nalaina

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Ho an'ny santionany momba ny tontolo iainana:

Karazana santionany

Fomba fanaovana santionany soso-kevitra

nofon-tany

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Mila esorina amin'ny tany ny zavatra maina sisa;Atsipazo ny ampahany lehibe ary mandalo amin'ny sivana 2 mm;Aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cyrotube ho famandrihana.

fivalanana

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony sy aliquot santionany amin'ny sterile EP-tube na cryotube ho famandrihana.

Ny atiny

Ny santionany dia tokony hokarakaraina amin'ny fepetra aseptika.Sasao amin'ny PBS ny tavy voaangona;Centrifuge ny PBS ary manangona ny precipitant amin'ny EP-tube.

Fotaka

Sampling isa: eo ho eo.5 g;Angony ary alaivo ny santionan'ny fotaka amin'ny EP-tube na cryotube sterile ho famandrihana

Waterbody

Ho an'ny santionany misy microbial voafetra, toy ny rano paompy, rano fantsakana, sns., Manangona rano 1 L farafahakeliny ary mandalo amin'ny sivana 0,22 μm mba hampanankarena mikraoba eo amin'ny membrane.Tehirizo ao anaty tavoahangy sterile ny membrane.

Hoditra

Kitiho tsara ny hoditra amin'ny swab landihazo sterile na tady fandidiana ary apetraho ao anaty fantsona sterile.

Fanaterana santionany soso-kevitra

Afangaro ny santionany amin'ny azota ranoka mandritra ny 3-4 ora ary tehirizo ao anaty azota ranona na -80 degre ho famandrihana maharitra.Ilaina ny fandefasana santionany miaraka amin'ny gilasy maina.

Fizotry ny asa fanompoana

fanaterana santionany

Fanaterana santionany

Fanomanana tranomboky

Fananganana tranomboky

Sequencing

Sequencing

Famakafakana angona

Famakafakana angona

Serivisy aorian'ny varotra

Serivisy aorian'ny varotra


  • teo aloha:
  • Manaraka:

  • 1. Sarintany mafana: Mivondrona ny harenan'ny karazana32.Fonctional fototarazo nosoritra ho KEGG metabolic lalana43. Tambajotra fifandraisana amin'ny karazana54.Circos ny fototarazo fanoherana antibiotika CARD
    6

    BMK Case

    Ny metagenomika nanopore dia mamela ny fitiliana klinika haingana amin'ny otrikaretina bakteria ambany taovam-pisefoana

    Navoaka:Nature Biotechnology, 2019

    Hevitra ara-teknika
    Sequencing: Nanopore Minion
    Bioinformatics metagenomics klinika: fanimbana ny ADN, WIMP ary ARMA famakafakana
    Fikarohana haingana: 6 ora
    Fahatsapana ambony: 96.6%

    Vokatra lehibe

    Tamin'ny taona 2006, ny aretina taovam-pisefoana ambany (LR) dia niteraka fahafatesan'olona 3 tapitrisa maneran-tany.Ny fomba mahazatra amin'ny fitiliana ny pathogen LR1 dia ny fambolena, izay tsy dia saro-pady loatra, fotoana lava be ary tsy fahampian'ny fitarihana amin'ny fitsaboana antibiotika aloha.Ny fitiliana mikraoba haingana sy marina dia efa ela no nilaina maika.Dr. Justin avy ao amin'ny Oniversiten'i East Anglia sy ireo mpiara-miombon'antoka aminy dia nahomby tamin'ny famolavolana fomba metagenomika mifototra amin'ny Nanopore ho an'ny fitiliana ny pathogen.Araka ny fomba fiasan'izy ireo, ny 99.99% amin'ny ADN mpampiantrano dia mety ho lany.Ny fitiliana ny pathogens sy ny fototarazo mahatohitra antibiotika dia azo vita ao anatin'ny 6 ora.

    Reference
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Ny metagenomika nanopore dia mamela ny fitiliana klinika haingana momba ny otrikaretina bakteria ambany taovam-pisefoana.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    mahazo teny nalaina

    Soraty eto ny hafatrao ary alefaso aminay

    Alefaso aminay ny hafatrao: