-
Fizarana RNA nokleary tokana
Ny fandrosoana amin'ny fakana sela tokana sy ny teknikan'ny fananganana tranomboky tsirairay miaraka amin'ny filaharana avo lenta dia ahafahan'ny fandalinana fanehoana ny fototarazo amin'ny cell-by-cell.Izy io dia manome famakafakana rafitra lalindalina kokoa sy feno momba ny isan'ny sela saro-takarina, izay misoroka ny fisaronana ny maha-samihafa azy amin'ny alàlan'ny fakana salan'isa ny sela rehetra.
Na izany aza, ny sela sasany dia tsy mety atao amin'ny fampiatoana sela tokana, noho izany dia ilaina ny fomba fanomanana santionany hafa - ny fitrandrahana nucleus avy amin'ny tavy, izany hoe ny nucleus dia alaina mivantana avy amin'ny sela na sela ary voaomana ho fampiatoana ny nucleus tokana ho an'ny tokana- filaharan'ny sela.
Ny BMK dia manome serivisy 10× Genomics ChromiumTM mifototra amin'ny sequence RNA sela tokana.Ity serivisy ity dia nampiasaina betsaka tamin'ny fandalinana momba ny fandalinana mifandraika amin'ny aretina, toy ny fanavahana ny sela immune, ny heterogeneity tumor, ny fivoaran'ny sela, sns.
Spatial transcriptome chip: 10 × Genomika
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Fandrindrana Genome manontolo ny zava-maniry/biby
Ny famerimberenan'ny genome manontolo, fantatra ihany koa amin'ny hoe WGS, dia mamela ny fanehoana ireo fiovana mahazatra sy tsy fahita firy amin'ny génome manontolo ao anatin'izany ny Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV), ary Copy Number Variation (CNV). ).Ny SV dia mahaforona ampahany lehibe kokoa amin'ny fototra miovaova noho ny SNP ary misy fiantraikany lehibe kokoa amin'ny génome, izay misy fiantraikany lehibe amin'ny zavamananaina.Ny famerimberenan'ny famakiana lava dia ahafahana mamantatra tsara kokoa ny sombintsombiny lehibe sy ny fiovaovana sarotra satria ny famakiana lava dia manamora kokoa ny fiampitana krômôzôma amin'ny faritra sarotra toy ny famerenana tandem, faritra manankarena GC/AT, ary faritra hypervariable.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Ny transcriptomic spatial dia mijoro ho lohalaharana amin'ny fanavaozana siantifika, manome hery ny mpikaroka handalina ny fomba fanehoana fototarazo be pitsiny ao anatin'ny tavy sady mitahiry ny tontolon'ny habakabaka.Ao anatin'ireo sehatra samihafa, BMKGene dia namolavola ny Chip Transcriptome Spatial BMKManu S1000, mireharehafanapahan-kevitra nohatsarainany 5µM, mahatratra ny faritra subcellular, ary mamelafikirakirana fanapahan-kevitra maromaro.Ny puce S1000, izay ahitana toerana 2 tapitrisa eo ho eo, dia mampiasa microwell misy sosona vakana feno probe fisamborana barcode spatial.Ny tranomboky cDNA, nohamafisina amin'ny kaody spatial, dia nomanina avy amin'ny chip S1000 ary avy eo dia apetraka amin'ny sehatra Illumina NovaSeq.Ny fitambaran'ny santionany misy barcode spatial sy UMI dia miantoka ny fahamarinan'ny angon-drakitra vokarina.Ny toetra tokana ananan'ny BMKManu S1000 chip dia ny fahaiza-manaony, manolotra famahana famahana ambaratonga marobe izay azo ampifanarahana tsara amin'ny tavy sy haavon'ny antsipiriany.Ity fampifanarahana ity dia mametraka ny chip ho safidy miavaka ho an'ny fandalinana transcriptomic spatial isan-karazany, miantoka ny clustering spatial mazava tsara miaraka amin'ny tabataba kely.
Amin'ny fampiasana ny chip BMKManu S1000 sy ny teknolojia transcriptomics spatial hafa, ny mpikaroka dia afaka mahazo fahatakarana tsara kokoa momba ny fandaminana ny sela sy ny fifandraisan'ny molekiola sarotra izay mitranga ao anatin'ny sela, izay manome fomba fijery sarobidy momba ny mekanika mifototra amin'ny fizotry ny biolojika amin'ny sehatra isan-karazany, ao anatin'izany. oncology, neuroscience, biolojia fampandrosoana, immunology ary fandalinana botanika.
Platform: Chip BMKManu S1000 sy Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Ny transcriptomic spatial dia teknôlôjia manara-penitra izay ahafahan'ny mpikaroka manadihady ny fomba fanehoana fototarazo ao anatin'ny tavy sady mitahiry ny tontolon'ny habakabaka.Sehatra matanjaka iray amin'ity sehatra ity ny 10x Genomics Visium miaraka amin'ny filaharana Illumina.Ny fitsipiky ny 10X Visium dia mipetraka amin'ny puce manokana misy faritra fisamborana voatondro izay ametrahana fizarana tavy.Ity faritry ny fisamborana ity dia misy toerana misy barcode, izay mifanitsy amin'ny toerana misy azy manokana ao anatin'ny tavy.Ireo molekiola RNA voasambotra avy amin'ny tavy dia asiana marika amin'ny famantarana molekiola tokana (UMI) mandritra ny dingan'ny fandikana mivadika.Ireo toerana misy barcode sy UMI ireo dia manome alalana ny fametahana spatial mazava tsara sy ny fanombanana ny fanehoana fototarazo amin'ny famahana sela tokana.Ny fitambaran'ny santionany misy barcode spatial sy UMI dia miantoka ny fahamarinan'ny angon-drakitra vokarina.Amin'ny alàlan'ny fampiasana an'io teknolojia Spatial Transcriptomics io, ny mpikaroka dia afaka mahazo fahatakarana lalindalina kokoa ny fandaminana spatial ny sela sy ny fifaneraserana molekiola sarotra mitranga ao anatin'ny tavy, izay manome fomba fijery sarobidy momba ny mekanika mifototra amin'ny fizotry ny biolojika amin'ny sehatra maro, anisan'izany ny oncology, ny neuroscience, ny biolojia fampandrosoana, ny immunology. , ary fandalinana botanika.
Platform: 10X Genomics Visium sy Illumina NovaSeq
-
MRNA Sequencing-Nanopore feno
Raha toa ny fizotry ny mRNA mifototra amin'ny NGS dia fitaovana isan-karazany ho an'ny fatran'ny fanehoana ny fototarazo, ny fiankinany amin'ny famakiana fohy dia mametra ny fahombiazany amin'ny famakafakana transcriptomic sarotra.Ny filaharan'ny nanopore kosa dia mampiasa teknolojia efa ela novakiana, mamela ny filaharan'ny transcript mRNA feno.Ity fomba fiasa ity dia manamora ny fikarohana feno amin'ny fifandimbiasana hafa, ny fifangaroan'ny fototarazo, ny poly-adenylation, ary ny fanombanana ny isoforme mRNA.
Ny fizotry ny nanopore dia miankina amin'ny mari-pamantarana elektrika tena misy molekiola nanopore.Notarihin'ny proteinina maotera, ny ADN misy tady roa dia mifatotra amin'ny proteinina nanopore tafiditra ao anaty biofilm iray, miala sasatra rehefa mandalo amin'ny fantsona nanopore eo ambanin'ny elanelana malefaka.Ny famantarana elektrika miavaka ateraky ny fototra samihafa amin'ny tady ADN dia hita sy voasokajy amin'ny fotoana tena izy, manamora ny fizotry ny nucleotide marina sy mitohy.Ity fomba fiasa vaovao ity dia mandresy ny fetran'ny famakiana fohy ary manome sehatra mavitrika ho an'ny famakafakana génomika be pitsiny, ahitana fandalinana transcriptomic sarotra.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
Fizarana mRNA feno -PacBio
Raha ny fizotry ny mRNA mifototra amin'ny NGS dia fitaovana isan-karazany hamaritana ny fitenin'ny fototarazo, ny fiankinany amin'ny famakiana fohy dia mametra ny fampiasana azy amin'ny famakafakana transcriptomic sarotra.Ny sequencing PacBio (Iso-Seq), etsy ankilany, dia mampiasa teknôlôjia efa ela novakiana, ahafahana mandrindra ny transcript mRNA feno.Ity fomba fiasa ity dia manamora ny fikarohana feno amin'ny fifandimbiasana hafa, ny fusionan'ny fototarazo ary ny poly-adenylation na dia tsy izany aza no safidy voalohany amin'ny fatran'ny fanehoana ny fototarazo, noho ny habetsaky ny angona ilaina.
Ny teknôlôjian'ny sequencing PacBio dia miankina amin'ny filaharana molekiola tokana, tena-fotoana (SMRT), manome tombony miavaka amin'ny fakana ireo transcript mRNA feno.Ity fomba fiasa manavao ity dia ahitana ny fampiasana ny zero-mode waveguides (ZMWs), fantsakana microfabricated izay ahafahana mijery amin'ny fotoana tena izy ny hetsika polymerase ADN mandritra ny filaharana.Ao anatin'ireo ZMW ireo, ny polymerase ADN an'i PacBio dia mamorona tady mifameno amin'ny ADN, miteraka vakiteny lava mandrakotra ny transcript mRNA manontolo.Ny fiasan'ny PacBio amin'ny maodely Circular Consensus sequencing (CCS) dia manatsara ny fahitsiana amin'ny famerimberenana ny molekiola mitovy.Ny famakiana HiFi vokarina dia manana fahamendrehana azo ampitahaina amin'ny NGS, izay manampy amin'ny famakafakana feno sy azo itokisana momba ny endri-tsoratra transcriptomic sarotra.Platform: PacBio Sequel II
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Ny fizotry ny mRNA dia manome hery ny mombamomba ny transcript mRNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana.Ity teknôlôjia manara-penitra ity dia fitaovana mahery vaika, mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo be pitsiny, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany.Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika, ary ny fampivoarana zava-mahadomelina, ny filaharana mRNA dia manome fanazavana momba ny saro-pady amin'ny dinamika sela sy ny fifehezana fototarazo.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
MRNA Sequencing-Illumina tsy mifototra amin'ny fanondro
Ny fizotry ny mRNA dia manome hery ny mombamomba ny transcript mRNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana.Ity teknôlôjia manara-penitra ity dia fitaovana mahery vaika, mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo be pitsiny, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany.Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika, ary ny fampivoarana zava-mahadomelina, ny filaharana mRNA dia manome fanazavana momba ny saro-pady amin'ny dinamika sela sy ny fifehezana fototarazo.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Lava tsy misy coding sequencing-Illumina
Ny RNA tsy misy kaody lava (lncRNAs) dia RNA lava mihoatra ny 200 nucleotides izay manana taham-pahavitrihana kely indrindra ary singa manan-danja ao anatin'ny RNA tsy misy kaody.Hita ao amin'ny nucleus sy cytoplasm, ireo RNA ireo dia mitana anjara toerana lehibe amin'ny fitsipika epigenetika, transcriptional ary post-transcriptional, manasongadina ny maha-zava-dehibe azy ireo amin'ny famolavolana ny fizotran'ny sela sy ny molekiola.LncRNA sequencing dia fitaovana mahery vaika amin'ny fanavahana sela, Ontogenesis, ary aretin'olombelona.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
RNA kely sequencing-Illumina
Ny molekiolan'ny RNA kely (sRNA), matetika latsaky ny 200 nucleotides ny halavany, dia ahitana microRNAs (miRNAs), RNAs interfering kely (siRNAs), ary RNAs mifandray amin'ny piwi (piRNAs).Amin'ireo, miRNAs, manodidina ny 20-24 nucleotides ny halavany, dia misongadina manokana amin'ny andraikitr'izy ireo amin'ny fanaraha-maso lehibe amin'ny fizotran'ny sela isan-karazany.Miaraka amin'ny endrika fanehoana manokana amin'ny tavy sy sehatra manokana, ny miRNA dia mampiseho fiarovana avo amin'ny karazana samihafa.
Sehatra: Illumina NovaSeq
-
circRNA sequencing-Illumina
Ny filaharan'ny RNA boribory (circRNA-seq) dia ny mombamomba sy ny famakafakana ireo RNA boribory, kilasin'ny molekiola RNA izay mamorona tadivavarana mihidy noho ny hetsika tsy kanônika splicing, manome ireo RNA ireo amin'ny fitoniana bebe kokoa.Raha toa ny circRNAs sasany dia naseho ho toy ny sponjy microRNA, manara-maso ny microRNAs ary manakana azy ireo tsy handamina ny mRNA kendrena azy, ny circRNA hafa dia mety hifanerasera amin'ny proteinina, manova ny fanehoana ny fototarazo, na manana andraikitra amin'ny fizotran'ny sela.Ny famakafakana ny fanehoana circRNA dia manome fanazavana momba ny andraikitry ny mpandidy ireo molekiola ireo sy ny maha-zava-dehibe azy ireo amin'ny fizotran'ny sela isan-karazany, ny dingan'ny fivoarana ary ny toetry ny aretina, izay manampy amin'ny fahatakarana lalindalina kokoa ny fahasarotan'ny fifehezana RNA amin'ny tontolon'ny fanehoana fototarazo.
-
Fizarana transcriptome manontolo - Illumina
Ny filaharan'ny transcriptome manontolo dia manolotra fomba fiasa feno amin'ny fametahana molekiola RNA isan-karazany, ahitana ny RNA coding (mRNA) sy ny RNA tsy misy code (lncRNA, circRNA, ary miRNA).Ity teknika ity dia maka ny transcriptome feno amin'ny sela manokana amin'ny fotoana iray, mamela ny fahatakarana manontolo ny fizotran'ny sela.Fantatra ihany koa amin'ny hoe "sequencing RNA total", mikendry ny hamoaka tambajotra ara-dalàna saro-pady amin'ny ambaratonga transcriptome, ahafahan'ny fanadihadiana lalina toy ny RNA endogenous (ceRNA) mifaninana sy ny famakafakana RNA iraisana.Izany dia manamarika ny dingana voalohany mankany amin'ny endri-javatra miasa, indrindra amin'ny famahana ny tambajotra mifehy misy ny fifandraisana ceRNA mifototra amin'ny circRNA-miRNA-mRNA.
