-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Ny ChIP-Seq dia manome ny mombamomba ny genome amin'ny lasibatra ADN ho an'ny fanovana histone, anton-javatra transcription, ary proteinina hafa mifandraika amin'ny ADN.Izy io dia manambatra ny fifantenana ny chromatin immuno-precipitation (ChIP) mba hamerenana ireo complexes proteinina-ADN manokana, miaraka amin'ny herin'ny sequencing taranaka manaraka (NGS) ho an'ny filaharana avo lenta amin'ny ADN sitrana.Fanampin'izany, satria azo avy amin'ny sela velona ny complexes-proteinina-ADN, dia azo ampitahaina amin'ny karazana sela sy sela samihafa ny toerana mamatotra, na amin'ny toe-javatra samihafa.Ny fampiharana dia manomboka amin'ny fitsipika transcriptional mankany amin'ny lalan'ny fivoarana mankany amin'ny mekanika aretina sy ny sisa.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ny metagenome dia manondro ny fitambaran'ny akora fototarazo amin'ny vondrom-piarahamonina mifangaro zavamananaina, toy ny metagôneôma ara-tontolo iainana, ny metagôneôma olombelona, sns. Izy io dia misy fototarazon'ny zavamiaina bitika azo ambolena sy tsy azo ambolena.Ny filaharana metagenomika dia fitaovana molekiola ampiasaina hamakafaka ireo akora génomika mifangaro nalaina avy amin'ny santionany momba ny tontolo iainana, izay manome fampahalalana amin'ny antsipiriany momba ny fahasamihafan'ny karazana sy ny habetsahana, ny firafitry ny mponina, ny fifandraisan'ny phylogenetika, ny fototarazo miasa ary ny tambajotra mifandray amin'ny anton-javatra ara-tontolo iainana.
Platform:Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics dia fitaovana molekiola ampiasaina handinihana ireo akora génomika mifangaro nalaina avy amin'ny santionany momba ny tontolo iainana, izay manome fampahalalana amin'ny antsipiriany momba ny fahasamihafan'ny karazana sy ny habetsahana, ny firafitry ny mponina, ny fifandraisan'ny phylogenetic, ny fototarazo miasa ary ny tamba-jotra mifandraika amin'ny anton-tontolo iainana, sns. Nanopore sequencing platforms amin'ny fandalinana metagenomika.Ny fahombiazany miavaka amin'ny halavan'ny famakiana dia nanatsara ny famakafakana metagenomika midina, indrindra fa ny fivorian'ny metagenome.Manararaotra ny halavan'ny famakiana, ny fandalinana metagenomika miorina amin'ny Nanopore dia afaka manatontosa fivoriambe mitohy kokoa raha ampitahaina amin'ny metagenomika basy voatifitra.Navoaka fa ny metagenomika mifototra amin'ny Nanopore dia nahomby tamin'ny famoronana génome bakteria feno sy mihidy avy amin'ny microbiome (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
Fizarana bisulfite genome manontolo
Ny methylation ADN amin'ny toerana fahadimy ao amin'ny cytosine (5-mC) dia misy fiantraikany lehibe amin'ny fanehoana ny fototarazo sy ny asan'ny sela.Ny lamina methylation tsy ara-dalàna dia mifandray amin'ny toe-javatra sy aretina maro, toy ny homamiadana.Ny WGBS dia lasa fenitry ny volamena amin'ny fandalinana ny methylation amin'ny genome-wide amin'ny fanapahan-kevitra fototra tokana.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Fanadihadiana ho an'ny Chromatin Transposase-Accessible miaraka amin'ny Sequencing High Throughput (ATAC-seq)
ATAC-seq dia fomba fiasa avo lenta amin'ny famakafakana ny fidirana amin'ny krômatin'ny genome, izay zava-dehibe amin'ny fanaraha-maso epigenetika manerantany amin'ny fanehoana ny fototarazo.Ampidirina amin'ny faritra kromatin misokatra amin'ny alàlan'ny transposase Tn5 hyperactive ny adaptatera sequencing.Aorian'ny fanamafisam-peo PCR dia amboarina ny tranomboky filaharana.Ny faritra chromatin misokatra rehetra dia azo alaina amin'ny toe-javatra voafaritra manokana, tsy voafetra amin'ny toerana mamatotra ny transcription factor, na faritra novaina histone.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ny subunit amin'ny 16S sy 18S rRNA izay misy faritra tena voatahiry sy hypervariable dia dian-tànana molekiola tonga lafatra ho an'ny famantarana ny zavamananaina prokaryotic sy eukaryotic.Manararaotra ny filaharana, ireo amplicons ireo dia azo lasibatra mifototra amin'ny ampahany voatahiry ary ny faritra hyper-variable dia azo faritana tanteraka ho an'ny famantarana mikraoba mandray anjara amin'ny fandalinana momba ny famakafakana ny fahasamihafana mikraoba, taxonomy, phylogeny, sns. ) ny filaharana amin'ny sehatra PacBio dia ahafahana mahazo vakiteny lava tena marina, izay mety handrakotra amplicons lava lava (eo ho eo amin'ny 1.5 Kb).Ny fomba fijery mivelatra amin'ny sehatry ny fototarazo dia nanatsara ny famahana ny famaritana ny karazana ao amin'ny vondrom-piarahamonina bakteria na holatra.
Platform:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ny 16S/18S/ITS amplicon sequencing dia mikendry ny hanambara ny phylogeny, taxonomy ary karazana karazana ao amin'ny vondrom-piarahamonina mikraoba amin'ny alalan'ny fanadihadiana ny vokatra PCR amin'ny mari-pamantarana fototarazo fitahirizana trano izay misy ampahany be resaka sy hypervariable.Ny fampidirana ireo dian-tanana molekiola tonga lafatra nataon'i Woeses et al, (1977) dia manome hery ny fametahana microbiome tsy misy fitokana-monina.Ny filaharan'ny 16S (bakteria), 18S (holatra) ary ny spacer transcribed anatiny (ITS, holatra) dia ahafahana mamantatra ireo karazana be dia be ary ireo karazana tsy fahita firy sy tsy fantatra.Ity teknôlôjia ity dia lasa fitaovana ampiasaina betsaka sy lehibe amin'ny famantarana ny firafitry ny mikraoba samihafa amin'ny tontolo isan-karazany, toy ny vavan'ny olombelona, ny tsinainy, ny diky, sns.
Platform:Illumina NovaSeq Platform
-
Famerenana ny Genome manontolo amin'ny bakteria sy holatra
Ny famerimberenan'ny génome manontolo ny bakteria sy ny holatra dia fitaovana tena ilaina hamenoana ny fototarazon'ny bakteria sy holatra fantatra, ary koa ny fampitahana ireo fototarazo marobe na ny fanaovana sari-tany ny fototarazon'ny zavamananaina vaovao.Zava-dehibe tokoa ny filaharan'ny génome manontolon'ny bakteria sy ny holatra mba hamokarana génome reference marina, hanaovana famantarana ny mikraoba sy fandalinana génome fampitahana hafa.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ny sehatra Amplicon (16S/18S/ITS) dia novolavolaina tamin'ny traikefa an-taonany tamin'ny famakafakana tetikasa isan-karazany mikraoba, izay misy famakafakana fototra manara-penitra sy famakafakana manokana: ny famakafakana fototra dia mandrakotra ny votoatin'ny famakafakana mahazatra amin'ny fikarohana mikraoba ankehitriny, ny votoatin'ny fanadihadiana dia manankarena sy feno, ary ny valin'ny fanadihadiana dia aseho amin'ny endrika tatitra momba ny tetikasa;Ny votoatin'ny famakafakana manokana dia isan-karazany.Santionany dia azo voafantina sy masontsivana azo apetraka flexibly araka ny fanadihadiana fototra tatitra sy ny fikarohana tanjona, mba hahatakatra ny fepetra manokana.Windows rafitra fandidiana, tsotra sy haingana.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Tsy misy Reference)
Mandray ny angon-drakitra fisehon'ny Pacific Biosciences (PacBio) Isoform ho fampidirana, ity App ity dia afaka hamantatra ny filaharan'ny transcript feno (tsy misy fivoriambe).Amin'ny alàlan'ny fanaovana sarintany ny filaharana feno amin'ny fototarazo reference, ny transcript dia azo amboarina amin'ny alàlan'ny fototarazo fantatra, transcript, faritra fanodinana, sns. Amin'ity tranga ity, azo atao ny mamantatra tsara kokoa ny rafitry ny mRNA, toy ny fifandimbiasana hafa, sns.Ny famakafakana iraisana miaraka amin'ny angon-drakitra fizotry ny transcriptome NGS dia ahafahan'ny fanamarihana feno kokoa sy ny fanombanana marina kokoa amin'ny fitenenana amin'ny ambaratonga transcript, izay mahasoa indrindra amin'ny fanehoan-kevitra sy ny famakafakana asa.
-
Fizarana bisulfite mihena (RRBS)
Ny fikarohana momba ny methylation ADN dia lohahevitra mafana foana amin'ny fikarohana aretina, ary mifandray akaiky amin'ny fanehoana ny fototarazo sy ny toetra mampiavaka azy.RRBS dia fomba marina, mahomby ary ara-toekarena amin'ny fikarohana methylation ADN.Ny fampitomboana ny faritra nosy mpanentana sy CpG amin'ny alàlan'ny cleavage enzymatic (Msp I), miaraka amin'ny fizotry ny Bisulfite, dia manome fitiliana methylation ADN avo lenta.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Prokaryotic mRNA sequencing
Ny fizotry ny mRNA dia manome hery ny mombamomba ny transcript mRNA rehetra ao anatin'ny sela ao anatin'ny fepetra manokana.Ity teknôlôjia manara-penitra ity dia fitaovana mahery vaika, mamoaka ny mombamomba ny fanehoana fototarazo be pitsiny, ny rafitry ny fototarazo ary ny mekanika molekiola mifandray amin'ny fizotry ny biolojika isan-karazany.Nalaina betsaka tamin'ny fikarohana fototra, ny diagnostika klinika, ary ny fampivoarana zava-mahadomelina, ny filaharana mRNA dia manome fanazavana momba ny saro-pady amin'ny dinamika sela sy ny fifehezana fototarazo.Ny fanodinana santionany mRNA prokaryotic dia namboarina ho an'ny transcriptomes prokaryotic, izay misy ny fihenan'ny rRNA sy ny fanomanana tranomboky.
Platform: Illumina NovaSeq X
