Fizarana bisulfite mihena (RRBS)
Service Specifications
Sehatra: NovaSeq sehatra, PE150
Karazana tranomboky: 200-400bp ampidiro ny bisulfite tsaboina tranomboky ADN
Paikady filaharana: Miara-End 150 bp
Manoro hevitra ny famoahana angona: 10 Gb manta data / santionany
Fepetra takiana
Isan'ny ADN: ≥ 2ug
ADN fifantohana: ≥ 20ng/μl.
Fahadiovana: OD260/280 = 1.8 hatramin'ny 2.0 tsy misy fahasimbana na fandotoana ARN
Famakafakana bioinformatika
Fizotry ny asa fanompoana
Fanaterana santionany
Fananganana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
a.Reference génome alignment statistika
Ny antontan'isa momba ny famakian-tsarintany
Sstatistika momba ny halalin'ny filaharana sy ny fandrakofana ny tranokala C
Afandrakofana voaangona
Dny fahombiazan'ny igestion ny santionany tsirairay
b.Famaritana ny tranokala methylation
Lisitry ny haavon'ny methylation amin'ny tranokala C
BS fiovam-po
Mcytosine ethylated
Fizarana haavon'ny methylation
c.Sarintany methylation
Genome-wide
Gsinga tanora
d.Fampitahana ny haavon'ny methylation eo amin'ny santionany
PAirwise Correlation ny CG methylation
PCA-CG methylation
Cfamirapiratana ny methylation CG
d.Famakafakana methylation differentially
SDaty amin'ny tatitra ara-bola DMR
DMR fizarana halavany
Hmihinana sarintany
DFizarana MR amin'ny faritra kendrena
