Filaharan'ny sombin-javatra nohamafisina manokana (SLAF-Seq)
Fizotran'ny asa
Efa misy famolavolana mialoha "in silico" ho an'ny serivisy mba hahazoana antoka ny fisafidianana anzima tsara indrindra amin'ny fanomanana ny tranomboky.
Drafitra ara-teknika
Toetran'ny serivisy
● Fandaharam-potoana ao amin'ny NovaSeq miaraka amin'ny PE150.
● Fanomanana tranomboky misy kaody bara roa sosona, ahafahana manangona santionany mihoatra ny 1000.
● Tsy miankina amin'ny fototarazo fanondroana:
Miaraka amin'ny genome referansa: Fahitana SNP sy InDel
Tsy misy genome fanondroana: fanangonana santionany sy fahitana SNP
● Ao amin'nyin-silicoSivana mialoha ny dingana famolavolana ireo fitambarana anzima famerana maromaro mba hahitana ireo izay miteraka fizarana mitovy amin'ny marika SLAF manerana ny genome.
● Mandritra ny fanandramana mialoha, dia andramana amin'ny santionany 3 ny fitambaran'ny anzima telo mba hamoronana tranomboky SLAF 9, ary io fampahalalana io dia ampiasaina hisafidianana ny fitambaran'ny anzima famerana tsara indrindra ho an'ny tetikasa.
Tombony amin'ny serivisy
●Fahitana mari-pamantarana fototarazo avo lentaMampiditra rafitra kaody bara roa sosona avo lenta izahay izay ahafahana manao ny filaharan'ny vondron'olona maro miaraka, ary mampitombo ny fahombiazana amin'ny fanamafisana ny toerana tsirairay, mba hahazoana antoka fa mahafeno ny fepetra takiana amin'ny fanontaniana fikarohana isan-karazany ny laharan'ny marika.
● Fiankinan-doha ambany amin'ny GnomeAzo ampiharina amin'ny karazana misy na tsy misy genome fanondroana izy io.
●Endrika Tetikasa Mora AmpifanarahanaAzo fidina ny fandevonan-kanina misy anzima tokana, anzima roa sosona, anzima maro, ary karazana anzima isan-karazany mba hanomezana fahafaham-po ny tanjona na karazana fikarohana samihafa.
● Fahombiazana ambony amin'ny fandevonan-kanina anzima: Ny fitarihana nyin-silicoNy famolavolana mialoha sy ny fanandramana mialoha dia miantoka ny famolavolana tsara indrindra miaraka amin'ny fizarana mitovy ny marika SLAF eo amin'ny krômôzôma (marika SLAF 1/4Kb) ary fihenan'ny filaharana miverimberina (<5%).
●Fahaizana manokana mivelatraMitondra traikefa betsaka amin'ny tetikasa tsirairay izahay, miaraka amin'ny tantara momba ny famaranana tetikasa SLAF-Seq maherin'ny 5000 amin'ny karazana an-jatony, anisan'izany ny zavamaniry, biby mampinono, vorona, bibikely ary zavamananaina anaty rano.
● Fizotran'ny asa bioinformatika novolavolaina ho azyNamolavola fomba fiasa bioinformatika mitambatra ho an'ny SLAF-Seq izahay mba hahazoana antoka ny fahatokisana sy ny fahamarinan'ny vokatra farany.
Fepetra takiana amin'ny serivisy
| Karazana fanadihadiana | Ambaratonga mponina atolotra | Tetikady filaharana | |
| Halalin'ny filaharan'ny tag | Laharana marika | ||
| Sarintany ara-jenetika | Ray aman-dreny 2 sy zanaka mihoatra ny 150 | Ray aman-dreny: 20x WGS Famoahana: 10x | Haben'ny ADN: <400 Mb: WGS no soso-kevitra <1Gb: marika 100K 1-2Gb:: Tenifototra 200K >2Gb: marika 300K Marika 500k fara-fahabetsany |
| Fianarana momba ny Fifandraisana amin'ny Genôma Manerantany (GWAS) | ≥200 santionany | 10x | |
| Evolisiona ara-pandovan-toetra | Santionany ≥30, miaraka amin'ny santionany >10 avy amin'ny vondrona tsirairay | 10x | |
Fepetra takiana amin'ny serivisy
Fifantohana ≥ 5 ng/µL
Totaliny ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel Agarose: tsy misy na voafetra ny fahasimbana na ny loto
Fanaterana santionany atolotra
Fitoeran-javatra: fantsona centrifuge 2 ml
(Ho an'ny ankamaroan'ny santionany, manoro hevitra izahay mba tsy hitehirizana azy ao anaty etanôla)
Fametahana marika ho an'ny santionany: Mila asiana marika mazava tsara ny santionany ary mitovy amin'ny taratasy fampahafantarana ny santionany nalefa.
Fandefasana: Gilasy maina: Mila fonosina ao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty gilasy maina.
Fizotran'ny asa fanompoana
QC santionany
Andrana andrana
Fanandramana SLAF
Fiomanana amin'ny tranomboky
Filaharana
Famakafakana angon-drakitra
Serivisy aorian'ny fivarotana
Ny fanadihadiana bioinformatika ataonay dia ahitana:
QC sy fanapahana angona mba hanesorana ny famakiana N-rich, famakiana adaptatera na famakiana ambany kalitao.
Fanaraha-maso faharoa ny kalitao amin'ny famakiana madio mba hanamarinana ny fizarana fotony, ny kalitaon'ny filaharan'ny angon-drakitra ary ny fanombanana ny angon-drakitra, fa koa mba hanamarinana ny fahombiazan'ny fandevonan-kanina sy ireo fampidirana azo.
Rehefa voamarina ny famakiana dia misy safidy roa:
- Fametrahana sarintany mankany amin'ny genome referansa
- Tsy misy genome referansa: clustering
Aorian'izany, ny famakafakana ny marika SLAF dia ampiasaina hanaovana antso variana sasany hanampiana amin'ny fitadiavana marika: SNP, InDel, SNV, antso CV ary fanamarihana.
Fizarana ny marika SLAF amin'ny krômôzôma:
Fizarana ny SNP amin'ny chromosome:
Fanamarihana SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ary Shi C (2023) Famakafakana ny QTL sy ny famakafakana ny transcriptome momba ny votoatin'ny siramamy mandritra ny fahamasahan'ny voankazoPyrus pyrifolia.Eo anoloana. Siansa momba ny zavamaniry.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ny famantarana ny st1 dia mampiseho fifantenana izay mahakasika ny fiovaovan'ny endriky ny voa sy ny votoatin'ny menaka mandritra ny fambolena soja.Gazetin'ny Bioteknolojian'ny Zavamaniry, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.sy ny hafa.Filaharan'ny genome sy ny fahasamihafan'ny fototarazon'ny karpa mahazatra,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.sy ny hafa.Ny ADN-n'ny voanjo ambolena dia manome fahatakarana lalindalina kokoa momba ny karyotypes legume, ny evolisiona poliploid ary ny fiompiana biby.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| TAOM- | Journal | IF | Lohateny | Fampiharana |
| 2022 | Fifandraisana amin'ny natiora | 17.694 | Fototra genomika amin'ny giga-chromosome sy giga-genome amin'ny peony hazo Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Mpitsabo biby vaovao | 7.433 | Ny dian-tongotra ao an-tokantrano dia mamatotra ireo faritra genomika manan-danja amin'ny agronomika soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Gazetin'ny Fikarohana Mandroso | 12.822 | Fampidirana artifisialy manerana ny genome ny Gossypium barbadense ao amin'ny G. hirsutum mampiseho toerana ambony kokoa ho an'ny fanatsarana miaraka ny kalitaon'ny kofehy landihazo sy ny vokatra azo toetra | SLAF-Génétika evolisionera |
| 2019 | Zavamaniry Molekiola | 10.81 | Ny famakafakana ny génomika amin'ny mponina sy ny fivoriambe De Novo dia mampiseho ny niandohan'ny Weedy Vary ho toy ny lalao evolisiona | SLAF-Génétika evolisionera |
| 2019 | Genetika voajanahary | 31.616 | Filaharan'ny genome sy ny fahasamihafan'ny fototarazon'ny karpa mahazatra, Cyprinus carpio | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika voajanahary | 25.455 | Ny ADN-n'ny voanjo ambolena dia manome fahatakarana lalindalina kokoa momba ny karyotypes legume, polyploid evolisiona sy fiompiana voly. | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2022 | Gazetin'ny Bioteknolojian'ny Zavamaniry | 9.803 | Ny famantarana ny ST1 dia mampiseho fifantenana izay mahakasika ny fivezivezena an-tongotra amin'ny endriky ny voa ary ny votoatin'ny menaka mandritra ny fiompiana soja | Fampandrosoana ny SLAF-Marker |
| 2022 | Gazety Iraisam-pirenena momba ny Siansa Molekiola | 6.208 | Famantarana sy Fampandrosoana ny Marika ADN ho an'ny Varimbazaha-Leymus mollis 2Ns (2D) Fanoloana ny Krômôzôma Disomika | Fampandrosoana ny SLAF-Marker |
| TAOM- | Journal | IF | Lohateny | Fampiharana |
| 2023 | Sisintany amin'ny siansan'ny zavamaniry | 6.735 | Famakafakana ny QTL sy ny famakafakana ny transcriptome momba ny votoatin'ny siramamy mandritra ny fahamasahan'ny voankazo Pyrus pyrifolia | Sarintany ara-jenetika |
| 2022 | Gazetin'ny Bioteknolojian'ny Zavamaniry | 8.154 | Ny famantarana ny ST1 dia mampiseho fifantenana mifandraika amin'ny fifindrana amin'ny endriky ny voa sy ny votoatin'ny menaka mandritra ny fiompiana soja.
| Antso SNP |
| 2022 | Sisintany amin'ny siansan'ny zavamaniry | 6.623 | Sarintany momba ny fifandraisan'ny genome manerana ny fenotype Hulless Barely ao amin'ny tontolo iainana misy hain-tany.
| GWAS |
