Fizarana sombintsombiny amplified-toerana manokana (SLAF-Seq)
Service Details
Tetika teknika
Ny fandehan'ny asa
Tombontsoa amin'ny serivisy
Fahombiazan'ny fahitana marika avo lenta- Ny teknolojia filaharana avo lenta dia manampy ny SLAF-Seq amin'ny fitadiavana marika an'hetsiny ao anatin'ny génome manontolo.
Ny fiankinan-doha ambany amin'ny génome- Azo ampiharina amin'ny karazam-biby na misy na tsy misy genome reference.
Famolavolana drafitra azo fehezina- Single-enzyme, dual-enzyme, fandevonan-kanina maro-enzyme ary karazana anzima isan-karazany, samy azo fidina mba handraisana tanjona na karazana fikarohana samihafa.Ny fanombanana mialoha amin'ny silico dia ampiasaina mba hiantohana ny famolavolana anzima tsara indrindra.
Fandevonan-kanina mahomby- Ny fanandramana mialoha dia natao mba hanamafisana ny fepetra, izay mahatonga ny andrana ara-dalàna ho azo antoka sy azo antoka.Ny fahombiazan'ny fanangonana sombintsombiny dia mety hahatratra mihoatra ny 95%.
Mizara mitovy ny marika SLAF- Ny marika SLAF dia mizara mitovy amin'ny krômôzôma rehetra amin'ny ambaratonga lehibe indrindra, ka mahatratra 1 SLAF isaky ny 4 kb.
Fisorohana mahomby amin'ny famerenana- Ny filaharana miverimberina ao amin'ny angon-drakitra SLAF-Seq dia ahena ho ambany noho ny 5%, indrindra amin'ny karazana misy famerimberenana avo be, toy ny varimbazaha, katsaka, sns.
Experience be- Maherin'ny 2000 no mikatona ny tetikasa SLAF-Seq momba ny karazana an-jatony mandrakotra zavamaniry, biby mampinono, vorona, bibikely, zavamananaina anaty rano, sns.
Workflow bioinformatic novolavolain-tena- Ny workflow bioinformatic mitambatra ho an'ny SLAF-Seq dia novolavolain'ny BMKGENE mba hiantohana ny fahamendrehana sy ny fahamarinan'ny vokatra farany.
Service Specifications
| Platform | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Boky>15μl) | 1.6-2.5 |
Paikady filaharan'ny soso-kevitra
Halalin'ny filaharana: 10X/Tag
| Haben'ny Genome | Recommended SLAF Tags |
| <500 Mb | 100K na WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genome goavambe na complexe | 300 - 400K |
| Applications
| soso-kevitra Haben'ny mponina
| Tetika sy halalin'ny sequencing
| |
| lalina
| Tag Number
| ||
| GWAS
| Laharana santionany ≥ 200
| 10X
|
Araka ny haben'ny genome
|
| Evolisiona génétique
| Ny tsirairay avy zana-vondrona ≥ 10; santionany total ≥ 30
| 10X
| |
Fanaterana santionany soso-kevitra
Tavoahangy: 2 ml centrifuge tube
Ho an'ny ankamaroan'ny santionany dia manoro hevitra izahay mba tsy hitehirizana ao anaty ethanol.
Fametahana santionany: Ny santionany dia mila asiana marika mazava tsara ary mitovy amin'ny taratasy fampahalalana santionany natolotra.
Fandefasana: ranomandry maina: Mila atao anaty kitapo aloha ny santionany ary alevina ao anaty ranomandry maina.
Service Workflow
Sample QC
Andrana mpanamory
SLAF-fanandramana
Fanomanana tranomboky
Sequencing
Famakafakana angona
Serivisy aorian'ny varotra
1. Statistika vokatry ny sarintany
2. Fampandrosoana marika SLAF
3. Famaritana fiovaovana
| TAOM- | Journal | IF | Lohateny | Applications |
| 2022 | Fifandraisana voajanahary | 17.694 | Fototry ny génomika amin'ny giga-chromosomes sy giga-genome amin'ny hazo peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist vaovao | 7.433 | Ny dian-tongotra an-trano dia mametraka ny faritra génomika manan-danja amin'ny agronomika soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Fampidirana artifisialy amin'ny génome an'ny Gossypium barbadense amin'ny G. hirsutum manambara ny toerana tsara indrindra ho an'ny fanatsarana ny kalitaon'ny landihazo sy ny vokatra toetra | SLAF-Evolutionary génétique |
| 2019 | Plant molecular | 10.81 | Ny Famakafakana Genomic Population sy ny Fivoriambe De Novo dia manambara ny niavian'ny Weedy Lalao Rice ho toy ny evolisiona aterineto | SLAF-Evolutionary génétique |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Ny filaharan'ny genome sy ny fahasamihafan'ny fototarazo amin'ny karpa mahazatra, Cyprinus carpio | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Ny fototarazon'ny voanjo voavoly dia manome fanazavana momba ny karyotypes legume, polyploid evolisiona sy fambolen-kazo. | Sarintany SLAF-Linkage |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Ny famantarana ny ST1 dia mampiseho fifantenana mifandraika amin'ny fikajiana ny endriky ny voa ary ny votoatin'ny menaka mandritra ny fambolena soja | SLAF-Marker fampandrosoana |
| 2022 | Gazety iraisam-pirenena momba ny siansa molekule | 6.208 | Famantarana sy Famolavolana marika ADN ho an'ny Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Fanoloana chromosome disomique | SLAF-Marker fampandrosoana |
