16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Painga Ratonga
● Ko te wehe-kore me te tere te tautuhi i te hanganga moroiti i roto i nga tauira taiao
● Te whakataunga teitei i roto i nga waahanga iti-nui i roto i nga tauira taiao
● Rere tātari QIIME2 hou me nga tātaritanga kanorau i runga i te papaunga raraunga, tuhipoka, OTU/ASV.
● Putanga teitei, teitei ake te tika
● E tika ana ki nga rangahau hapori moroiti kanorau
● He nui te wheako o te BMK me te neke atu i te 100,000 tauira/tau, e hipoki ana i te oneone, te wai, te hau, te para, te tai, te whekau, te kiri, te hupa FERMENTATION, nga pepeke, nga tipu, aha atu.
● Na BMKCloud i whakahaere te whakamaoritanga raraunga kei roto 45 taputapu tātari whaiaro
Whakatakotoranga Ratonga
| WhakaraupapaPaerewa | Whare Pukapuka | Tukunga raraunga e taunaki ana | Te wa huri-huringa |
| Illumina NovaSeq Platform | PE250 | 50K/100K/300K Tohu | 30 Ra |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Huihuinga OTU/De-noise(ASV)
● Kuputuhi OTU
● Kanorau Arepa
● Te kanorau Beta
● Te tātari-a-rōpū
● Te tātari hononga ki nga ahuatanga whakamatautau
● Matapae ira mahi
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
MoNga tangohanga DNA:
| Momo Tauira | Te nui | Te aro | Maamaa |
| Nga tangohanga DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Mo nga tauira taiao:
| Momo tauira | Te tikanga mo te tauira tauira |
| Te oneone | Te rahinga tauira: approx.5 g;Ko te toenga o nga mea memenge me tango atu i te mata;Korohia nga mongamonga nui, ka haere i roto i te tātari 2 mm;Aliquot tauira i roto i horomata EP-ngongo cyrotube ranei mo te rahui. |
| Feces | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira i roto i te ngongo EP-kore, te cryotube ranei mo te rahui. |
| Kei roto i te whekau | Me tukatuka nga tauira i raro i te ahua aseptic.Horoia nga kiko kua kohia me te PBS;Whakanuia te PBS me te kohikohi i te pupuhi i roto i nga ngongo EP. |
| Paru | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira para i roto i te ngongo EP parakore, te cryotube ranei mo te rahui |
| Waiwai | Mo te tauira he iti te rahi o te moroiti, penei i te wai tap, te wai puna, me era atu, Kohia kia 1 rita te wai ka haere ma te tātari 0.22 μm hei whakarangatira i te moroiti i runga i te kiriuhi.Whakaorangia te kiriuhi ki roto i te ngongo parakore. |
| kiri | Āta wiriwirihia te mata kiri ki te ūkui miro parakore, te mata hāparapara rānei, ka waiho ki roto i te ngongo parakore. |
Tukunga Tauira Manakohia
Whakatiotia nga tauira ki roto i te hauota wai mo te 3-4 haora ka penapena ki roto i te hauota wai, -80 tohu ranei ki te rahui mo te wa roa.Ko te tuku tauira me te huka maroke e hiahiatia ana.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.Te tohatoha momo
2. Mahere wera: Te whakahuihui i nga momo momo
3. Rare wehenga wehenga
4.NMDS tātaritanga
5.Lefse tātaritanga
Take BMK
Ko nga tangata Momomomo me te kore mo te Momo 2 mate huka e whakaatu ana i nga rereke o te kaha me te hanganga moroiti o te whekau
Whakaputaina:Kaihautū Pūtau me te Microbe, 2019
Rautaki raupapa:
He mate huka-kore (n=633);Te mate huka kore (n=494);Te mate huka Momo Momo 2 (n=153);
Rohe whainga: 16S rDNA V1-V2
Paerewa: Illumina Miseq (whakapapanga amplicon-a-NGS)
Ko te waahanga o nga tangohanga DNA i tukuna ki te raupapa metagenomic i runga i te Illumina Hiseq
Nga hua matua
He pai te rerekeetanga o nga korero moroiti mo enei mate metabolic.
Ma te whakatairite i nga ahuatanga moroiti i hangaia e te raupapa 16S, i kitea te paheketanga ki nga huringa o te hanganga moroiti, nga ahuatanga takitahi, ina koa te heke nui o Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, me etahi atu. .
Tohutoro
Thingholm, LB , et al."Ko nga tangata momo me te kore mo te mate huka momo 2 e whakaatu ana i te kaha me te titonga o te Gut Microbial."Kaihautū Pūtau me te Microbe26.2(2019).
