BMKCloud Log in
条形banner-03

Hua

Tātaritanga Segregant Bulked

Ko te wetewete wehenga nui (BSA) he tikanga e whakamahia ana hei tautuhi tere i nga tohu tohu ira e pa ana.Ko te rerenga mahi matua o te BSA ko te kowhiri i nga roopu e rua o nga tangata e tino whakahē ana nga tohu tohu, te whakakotahi i te DNA o nga tangata katoa kia rua te nuinga o te DNA, e tohu ana i nga raupapa rereke i waenga i nga puna e rua.Kua whakamahia nuitia tenei tikanga ki te tautuhi i nga tohu ira e hono kaha ana e nga ira i whaaia i roto i nga ira tipu/kararehe.


Nga Taipitopito Ratonga

Hua Whakaaturanga

Akoranga Take

Painga Ratonga

12

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Whakaritenga tika: Te whakaranu i nga puranga ki te 30+30 ki te 200+200 takitahi hei whakaiti i te haruru o muri;matapae rohe kaitono-kaitono-kore-taurite.

● Te tātari matawhānui: Te whakamohiotanga o nga korero mahi ira a te kaitono, tae atu ki te NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.

● Te Waa Huringa Tere: Tere ira i roto i nga ra mahi 45.

● He wheako nui: Kua uru mai a BMK ki nga mano tini o nga ahuatanga o te rohe, e kapi ana i nga momo kanorau penei i nga kai, hua wai, ngahere, puawai, hua, aha atu.

Whakatakotoranga Ratonga

Taupori:
Te wehewehe i nga uri o nga maatua me nga momo ahua whakahē.
hei tauira F2 uri, Whakamuri (BC), Recombinant inbred line(RIL)

Te poka wai ranu
Mo nga ahuatanga o te kounga: 30 ki te 50 takitahi (te 20 iti rawa)/te nuinga
Mo te ine ine: runga 5% ki te 10% nga tangata takitahi me nga tohu tohu tino nui i roto i te taupori katoa(iti rawa 30+30).

Te hōhonutanga raupapa e taunaki ana
I te iti rawa 20X/maatua me te 1X/whanau takitahi (hei tauira, mo te puna wai whakaranu uri o te 30+30 takitahi, ka 30X te hohonu o te raupapa mo ia puranga)

Ko nga rangahau bioinformatics

● Te whakaraupapa ira katoa
 
● Tukatuka Raraunga
 
● waea SNP/Indel
 
● Te tirotiro rohe kaitono
 
● Tohunga mahi a te kaitono ira

流程图-BS-A1

Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga

Whakaritenga Tauira:

Nucleotides:

tauira gDNA

Tauira kiko

Kukū: ≥30 ng/μl

Nga tipu: 1-2 g

Rahi: ≥2 μg (Rōrahi ≥15 μl)

Kararehe: 0.5-1 g

Pure: OD260/280= 1.6-2.5

Te toto katoa: 1.5 ml

Te Rerenga Mahi Ratonga

Tauira QC

Hoahoa whakamatautau

tuku tauira

Te tuku tauira

Whakamatau pairati

tangohanga RNA

Te Whakaritenga Whare Pukapuka

Te hanga whare pukapuka

Whakaraupapa

Whakaraupapa

Te tātari raraunga

Te tātari raraunga

I muri i te hoko Ratonga

Nga ratonga muri-hoko


  • Tōmua:
  • Panuku:

  • 1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) ki te tautuhi i te rohe kaitono.I te ahua e whai ake nei

    Tuaka-X: Tau Chromosome;Ko ia ira e tohu ana i te uara ED o te SNP.Ko te raina Pango e rite ana ki te uara ED kua whakauruhia.Ko te uara ED teitei ake e tohu ana he hononga nui ake i waenga i te waahi me te tohu tohu.Ko te raina Pīhono whero e tohu ana i te paepae o te hononga nui.

    mRNA-FLNC-panui-roa-tohatoha

     

    2.Association tātaritanga i runga kahore SNP-taupū

    Tuaka-X: Tau Chromosome;Ko ia ira e tohu ana i te uara taupū-SNP.Ko te raina pango e tohu ana mo te uara SNP-index.Ko te nui o te uara, ko te nui ake o te hononga.

    mRNA-Whakaoti-ORF-roa- tohatoha

     

    Take BMK

    Ko te huanga ine nui o te waahi Fnl7.1 e whakawaehere ana i te mutunga o te embryogenesis nui te pūmua e hono ana ki te roa o te kaki hua i roto i te totoma.

    Whakaputaina: Te Tuhituhi Biotechnology Plant, 2020

    Rautaki raupapa:

    Nga Maatua (Jin5-508, YN): Katoa te resequencing ira mo te 34x me te 20x.

    Nga puna DNA (50 kaki-roa me te kaki-poto e 50): Whakahou mo te 61x me te 52x

    Nga hua matua

    I roto i tenei rangahau, ko te wehewehe i te taupori(F2 me te F2:3) i hangaia ma te whakawhiti i te raina totoma kaki-roa Jin5-508 me te kaki-poto YN.E rua nga puna DNA i hangaia e te 50 nga tangata kaki-roa me te 50 nga tangata kaki-poto.I tautuhia te QTL hua nui i runga i te Chr07 e te tātaritanga BSA me te mapi tuku iho a QTL.I whakawhäitihia te rohe o te kaitono i te mapi-pai, te ine ira ira me nga whakamatautau whakawhiti, i whakaatu i te ira matua ki te whakahaere i te roa-kaki, CsFnl7.1.I tua atu, ko te polymorphism i roto i te rohe kaiwhakatairanga CsFnl7.1 i kitea e hono ana ki nga korero e rite ana.Ko etahi atu tātaritanga phylogenetic i kii ko te waahi Fnl7.1 te take i ahu mai i Inia.

    PB-tonu-roa-RNA-Raupapa-take-akoranga

    Mahere QTL i roto i te tātaritanga BSA hei tautuhi i te rohe kaitono e pa ana ki te roa o te kaki totoma

    PB-tonu-roa-RNA-rereke-splicing

    Ko nga korero a LOD mo te QTL-kaki kukama te roa i kitea i runga Chr07

     
    Tohutoro

    Xu, X. , et al."Ko te huanga ine nui o te waahi Fnl7.1 e whakawaehere ana i te mutunga o te embryogenesis nui te pūmua e hono ana ki te roa o te kaki hua i roto i te totoma."Te Tuhituhi Hangarau Hangarau tipu 18.7(2020).

    whiwhi korero

    Tuhia to korero ki konei ka tukuna mai ki a matou

    Tukuna mai to korero ki a matou: