Whakatauritenga Genomics
Painga Ratonga
● Mōkihi tātari matawhānui, kei roto nga tātaritanga e waru e hiahiatia ana
● Te ti'aturiraa teitei i roto i te tātaritanga me te whakamaarama taipitopito me te maarama mo nga hua
● He ahua pai kua rite ki te whakaputa
● Ko te roopu bioinformatics tino mohio ki te whakatutuki i nga tono tātaritanga whaiaro
● He poto ake te wa hurihuri me te tika ake o te tātaritanga
● He nui te wheako me te 90 neke atu i te 90 nga keehi angitu me te whakahiatotanga o te paanga o te 900 neke atu
Whakatakotoranga Ratonga
| Te wa huri-huringa | Te maha o nga momo | Te tātari |
| 30 nga ra mahi | 6 - 12 | Huihuinga whanau ira Whakawhanaketanga whanau me te whakahekenga Te hanga rakau Phylogenetic Te whakatau tata i te wa rereke Wā whakauru LTR (Mō ngā tipu) Te tāruatanga ira katoa (Mō ngā tipu) Te pehanga whiriwhiri Te tātari Synteny |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Whanau ira
● Phylogenetics
● Te wa rereke
● Te pehanga whiriwhiri
● tātari Synteny
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
Tissue, DNA ranei mo te raupapa ira me te huihuinga
Mo te Tipa
| Nga momo | Kopa | Rangahau | PacBio CCS |
| Kararehe | Te kiko visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Te kiko uaua | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Te toto mammalia | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Te toto heihei/ika | |||
| Te tipu | Rau Hou | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal/Kakau | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Pūtake/Kakano | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Pūtau | Pūtau ahurea | - | ≥ 1 x 108 |
Raraunga
Ko nga konae raupapa genome(.fasta) me nga konae korero (.gff3) o nga momo e tata ana
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
*Ko nga hua whakaaturanga e whakaatuhia ana i konei ko nga momo ira i whakaputaina me Biomarker Technologies
1.LTR whakauru wa tata: Ko te whika i whakaatu he tohanga takirua ahurei i nga wa whakauru LTR-RTs i roto i te genome rai Weining, ka whakaritea ki etahi atu momo.I puta mai te tihi hou tata ki te 0.5 miriona tau ki muri.
Li Guang et al.,Nature Genetics, 2021
2. Te rangahau a te whanau me te ira ira mo te tiihi (Sechium edule) : Ma te wetewete i te tireti me era atu momo 13 e pa ana ki roto i te whanau ira, i kitea he tino hononga te Chayote ki te hue nakahi (Trichosanthes anguina).Ko te tio i ahu mai i te hue nakahi i te takiwa o te 27-45 Mya me te taapiri ira katoa (WGD) i kitea i roto i te tireti i te 25±4 Mya, koinei te huihuinga tuatoru WGD i te cucuibitaceae.
Fu A et al.,Rangahau Ahuone, 2021
3. Te tātari Synteny: Ko etahi ira e pa ana ki te phytohormones i roto i te whanaketanga hua i kitea i roto i te tiihi, te hue nakahi me te kamokamo.He paku teitei ake te hononga i waenga i te tireti me te kamokamo i tera i waenga i te tireti me te hue nakahi.
Fu A et al.,Rangahau Ahuone, 2021
4.Te tātari whanau ira: Ko te whakarangatira KEGG i runga i te whakawhanuitanga o te whanau ira me te whakahekenga i roto i nga ira ira G.thurberi me G.davidsonii i whakaatu i whakawhänuihia te koiora steroid me te brassinosteroid biosynthesis ira e pa ana.
Yang Z et al.,Koiora BMC, 2021
5.Te wetewete ira ira katoa: 4DTV me Ks te tohatoha tohatoha i whakaatu i te huihuinga taarua ira katoa.Ko nga tihi o nga momo intraspecies e whakaatuhia ana nga takahanga taarua.Ko nga tihi o nga momo rerekee kua whakaatuhia he kaupapa whakamotuhaketanga.I tohu te tātaritanga ko te whakatairite ki era atu momo momo e toru e tata ana, i uru a O. europaea ki te taaruatanga ira nui inatatanei.
Rao G et al.,Rangahau Ahuone, 2021
Take BMK
Te rohi kahore he wero: nga tirohanga ira tangata e hono ana ki te urutaunga makuku
Whakaputaina: Arotake Pūtaiao ā-Motu, 2021
Rautaki raupapa:
'Na BasyeHe taratarakore' (R.Wichurainan) genome:
Approx.93 X PacBio + āhua.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Nga hua matua
1.Ko te kounga teitei o te R.wichuraiana genome i hangaia ma te whakamahi i nga tikanga raupapa panui-roa, ka puta he huihuinga o te 530.07 Mb (Ko te rahi o te ira ira tata ki te 525.9 Mb ma te rerenga cytometry me te 525.5 ma te rangahau ira; Heterozygosity tata ki te 1.03%).Ko te kaute a BUSCO ko te 93.9%.Ki te whakatairite ki te "Old blush" (haploOB), i whakapumautia te kounga me te whakaotinga o tenei ira ira e te tika o te turanga kotahi me te taurangi huihuinga LTR (LAI=20.03).R.wichuraiana genome 32,674 pūmua tohu ira.
2.Ko te wetewetenga tahi o te maha-omics, kei roto ko nga tohu-a-ira, te whakawhiti, te QTL tātaritanga o te taupori ira, i kitea te tohu whakahirahira i waenga i a R. wichuraiana me Rosa chinensis.I tua atu, ko te rereketanga o nga korero o nga ira ira i roto i te QTL i hono pea ki te tauira prickle kakau.
Ko te rangahau ira tangata whakatairite i waenga i a Basye;s Thornless me Rosa chinensis tae atu ki te tātaritanga synteny, te kahui whanau ira, te roha me te tātaritanga whakaheke, i kitea te maha o nga rereketanga, e pa ana ki nga ahuatanga nui o te rohi.Ko te roha ahurei i roto i te whanau ira NAC me FAR1/FRS i tino hono ki te aukati ki te waahi pango.
Te tātari iraira whakatairite i waenga i te BT me te haploOB genomes.
Zhong, M. , et al."Rose kaore he wero: nga tirohanga genomic e hono ana ki te urutau makuku"Arotake Pūtaiao ā-Motu, 2021;, nwab092.
