-
Tipu/Kiarehe De novo Te Whakaraupapa ira
De novoKo te whakaraupapatanga e pa ana ki te hanga o te momo ira tangata katoa ma te whakamahi i nga hangarau raupapa, hei tauira, PacBio, Nanopore, NGS, me etahi atu, me te kore he momo tohutoro.Ko te tino pai ake o te roa o te panui o nga hangarau raupapa reanga tuatoru kua whai waahi hou ki te whakahiato ira ira uaua, penei i era he heterozygosity teitei, teitei o te tauwehenga o nga rohe tukurua, polyploids, me etahi atu. te whakatau i nga huānga tukurua, nga rohe he kino nga ihirangi GC me etahi atu rohe tino uaua.
Paerewa: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C i runga Genome Assembly
Ko te Hi-C he tikanga i hangaia hei hopu i te whirihoranga chromosome ma te whakakotahi i nga tauwhitinga-a-tata-tata me te raupapa-a-nui.Ko te kaha o enei taunekeneke e whakaponohia ana he kino te hono ki te tawhiti tinana o nga chromosomes.Na reira, ka taea e nga raraunga Hi-C te arahi i te whakarapopototanga, te ota me te whakatakotoranga o nga raupapa kua whakahiato i roto i te tauira iraira me te whakapuu i era ki etahi maha o nga chromosomes.Ka whakamanahia e tenei hangarau he huihuinga ira-a-ira-a-papa i te kore he mapi ira-a-taupori.Me Hi-C ia ira tangata kotahi.
Paerewa: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Ira Kunenga
Ko te ira kukuwhatanga he ratonga raupapa whakahiato i hangaia mo te whakamaarama matawhānui mo nga korero kukuwhatanga o nga rawa kua homai i runga i nga rereketanga ira, tae atu ki nga SNP, InDels, SV me CNV.Ka whakarato i nga tātaritanga taketake katoa e hiahiatia ana mo te whakaahua i nga huringa kunenga me nga ahuatanga ira o te taupori, penei i te hanganga taupori, te kanorau ira, te whanaungatanga phylogeny, me etahi atu. Kei roto hoki nga rangahau mo te rerenga ira, e whakamana ana i te whakatau tata mo te rahinga taupori whai hua, te wa rerekee.
-
Whakatauritenga Genomics
Ko te tikanga whakatairite ira ko te whakatairite i nga raupapatanga ira me nga hanganga o nga momo momo rereke.E whai ana tenei ako ki te whakaatu i te kukuwhatanga momo, te mahi ira, te tikanga whakahaere ira i te taumata o te ira ma te tautuhi i nga hanganga raupapa me nga huānga i tiakina, i rereke ranei i nga momo momo.Ko te rangahau ira tangata whakatairite angamaheni ko nga tātaritanga i roto i te whanau ira, te whanaketanga kukuwhatanga, te taarua ira katoa, te pehanga whiriwhiri, aha atu.
-
Te tātari Segregant Bulked
Ko te wetewete wehenga nui (BSA) he tikanga e whakamahia ana kia tere te tautuhi tohu tohu tohu ira.Ko te rerenga mahi matua o te BSA ko te kowhiri i nga roopu e rua o nga tangata e tino whakahē ana nga tohu tohu, te whakakotahi i te DNA o nga tangata katoa ki te hanga rua te nuinga o te DNA, e tohu ana i nga raupapa rereke i waenga i nga puna e rua.Kua whakamahia nuitia tenei tikanga ki te tautuhi i nga tohu ira e hono kaha ana e nga ira i whaaia i roto i nga momo ira tipu/kararehe.
