Whakaraupapa Metagenomic-Nanopore
Painga Ratonga
● Huihuinga-kounga teitei-Whakanuia te tika o te tautuhi momo me te matapae ira mahi
● Katia te wehenga ira huakita
● He kaha ake, he pono te tono ki nga waahi kanorau, hei tauira, te kitenga o nga microorganisms pathogenic, ira ranei e pa ana ki te parenga paturopi.
● Te tātari metagenome whakatairite
Whakatakotoranga Ratonga
| Paerewa | Whakaraupapa | Raraunga e taunaki ana | Wā Hurihuri |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 Nga ra mahi |
Ko nga rangahau bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Huihuinga Metagenome
● He huinga ira-kore me te tuhipoka
● Te tātari kanorau momo
● tātaritanga kanorau mahi ira
● Te tātari-a-rōpū
● Te tātari hononga ki nga ahuatanga whakamatautau
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Nga whakaritenga tauira me te tuku
Whakaritenga Tauira:
MoNga tangohanga DNA:
| Momo Tauira | Te nui | Te aro | Maamaa |
| Nga tangohanga DNA | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Mo nga tauira taiao:
| Momo tauira | Te tikanga mo te tauira tauira |
| Te oneone | Te rahinga tauira: approx.5 g;Ko te toenga o nga mea memenge me tango atu i te mata;Korohia nga mongamonga nui, ka haere i roto i te tātari 2 mm;Aliquot tauira i roto i horomata EP-ngongo cyrotube ranei mo te rahui. |
| Feces | Te rahinga tauira: tata.5 g;Kohikohi me te tuku tauira i roto i te ngongo EP-kore, te cryotube ranei mo te rahui. |
| Kei roto i te whekau | Me tukatuka nga tauira i raro i te ahua aseptic.Horoia nga kiko kua kohia me te PBS;Whakanuia te PBS me te kohikohi i te pupuhi i roto i nga ngongo EP. |
| Paru | Te rahinga tauira: approx.5 g;Kohikohi me te tuku tauira para i roto i te ngongo EP parakore, te cryotube ranei mo te rahui |
| Waiwai | Mo te tauira he iti te nui o te moroiti, penei i te wai tap, te wai puna, me era atu, Kohia kia 1 rita te wai ka haere ma te tātari 0.22 μm hei whakarangatira i te moroiti i runga i te kiriuhi.Whakaorangia te kiriuhi ki roto i te ngongo parakore. |
| kiri | Āta wiriwirihia te mata kiri ki te ūkui miro parakore, te mata hāparapara rānei, ka waiho ki roto i te ngongo parakore. |
Tukunga Tauira Manakohia
Whakatiotia nga tauira ki roto i te hauota wai mo te 3-4 haora ka penapena ki roto i te hauota wai, -80 tohu ranei ki te rahui mo te wa roa.Ko te tuku tauira me te huka maroke e hiahiatia ana.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Te tuku tauira
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
1.Mahere wera: Te whakaropu taonga o nga momo
2.Ngā ira taumahi kua tohua ki nga ara metabolic KEGG
3.Species hononga hononga
4.Circos o nga ira parenga paturopi CARD
Take BMK
Ko te Nanopore metagenomics ka taea te tātari haumanu tere mo te mate rewharewha o raro
Whakaputaina:Hangarau Hangarau Taiao, 2019
Nga Tohu Hangarau
Raupapa: Nanopore Minion
Bioinformatics metagenomics haumanu: Te whakahekenga DNA manaaki, WIMP me te ARMA tātaritanga
Te kitenga tere: 6 haora
Te tairongo teitei: 96.6%
Nga hua matua
I te tau 2006, ko te mate manawa iti (LR) i mate ai te 3 miriona tangata i te ao.Ko te tikanga mo te kimi tukumate LR1 ko te maara, he ngoikore te tairongo, he roa te huri-a-waahi me te kore he arataki mo te rongoa paturopi moata.Ko te tātaritanga moroiti tere me te tika kua roa e tino hiahia ana.Ko Takuta Justin mai i te Whare Wananga o East Anglia me ona hoa i hanga angitu he tikanga metagenomic-Nanopore mo te kimi tukumate.E ai ki ta raatau rerenga mahi, 99.99% o te DNA kaihautu ka taea te pau.Ka taea te kimi i roto i nga tukumate me nga ira aukati paturopi i roto i te 6 haora.
Tohutoro
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Ko te Nanopore metagenomics ka taea te tātari haumanu tere mo te mate rewharewha o raro.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
