Kore-Reference based mRNA Sequencing-Illumina
Ngā āhuatanga
● Motuhake o tetahi momo tohutoro,
● Ka taea te whakamahi i nga raraunga ki te wetewete i te hanganga me te whakapuaki o nga tuhinga
● Tautuhia nga waahi tapahi rereke
Painga Ratonga
● Te tuku hua i runga i te BMKCloud: Ka tukuna nga hua hei konae raraunga me te purongo tauwhitiwhiti ma te papaaho BMKCloud, ka taea e te kaiwhakamahi te panui i nga putanga tātaritanga matatini me te keri raraunga kua whakaritea i runga i te turanga o te tātaritanga bioinformatics paerewa.
● Nga ratonga i muri i te hoko: Ko nga ratonga i muri i te hoko e whai mana ana mo nga marama 3 i muri i te otinga o te kaupapa, tae atu ki nga kaupapa e whai ake nei, te rapu raruraru, nga hua Q&A, etc.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Mo nga tipu: RIN≥6.5; Mo nga kararehe: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Kopa: Taumaha(maroke): ≥1 g
*Mo te kiko iti ake i te 5 mg, ka tūtohu kia tukuna mai he tauira kopa tio (i roto i te hau hauota wai).
Tārewa pūtau: Tatau pūtau = 3×107
* Ka tūtohu matou ki te tuku lysate pūtau tio.Mena he iti ake te tatau o taua pūtau i te 5×105, ka tūtohuhia te flash tio i roto i te hauota wai.
Nga tauira toto:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol me te 2mL toto(TRIzol:Blood=3:1)
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu:
2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Tukunga:
1.Dry-tio: Me kiki nga tauira ki roto i nga putea ka tanumia ki te huka-maroke.
2.Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
1.mRNA(denovo) Tikanga o te Runanga
Na te Tokotoru, ka wehewehea nga panui ki nga wahanga iti, e kiia nei ko K-mer.Ka whakamahia enei K-mers hei kakano hei whakawhanui ki roto i nga contigs katahi ka hangai i te waahanga ki runga i nga whakakikorua contig.Ka mutu, i tonohia a De Bruijn ki konei ki te mohio ki nga tuhinga kei roto i nga waahanga.
mRNA (De novo) Tirohanga o te Tokotoru
2.mRNA (De novo) Te tohatoha o te Taumata Whakaaturanga Ira
Ka taea e RNA-Seq te whakatutuki i te whakatau tata o te whakaaturanga ira.Ko te tikanga, ko te awhe ka kitea o nga tuhinga tuhi FPKM mai i te 10^-2 ki te 10^6
mRNA (De novo) Te tohatoha o te kiato FPKM ki ia tauira
3.mRNA (De novo) GO Whakarangatiratanga o DEGs
Ko GO (Gene Ontology) pātengi raraunga he pūnaha whakamohiotanga koiora kua hangaia he kupu paerewa o nga mahi ira me nga hua ira.He maha nga reanga kei roto, kei te iti ake te taumata, ka nui ake nga mahi.
mRNA (De novo) GO whakarōpūtanga o DEG i te taumata tuarua
Take BMK
Transcriptome Analysis of Sucrose Metabolism i te wa e pupuhi ana te topuku me te whanaketanga o te riki (Allium cepa L.)
Whakaputaina: rohe i roto i te pūtaiao tipu，2016
Rautaki raupapa
Illumina HiSeq2500
Kohinga tauira
Ko te Utah Yellow Sweet Spain cultivar "Y1351" i whakamahia i roto i tenei rangahau.Ko te maha o nga tauira i kohia
15 o nga ra i muri i te pupuhi (DAS) o te umanga (2-cm te whanui me te 3-4 g te taumaha), 30th DAS (5-cm te whanui me te 100-110 g te taumaha), me te ~3 i te 40th DAS (7-cm diameter me 260–300 karamu).
Nga hua matua
1. i roto i te hoahoa Venn, 146 katoa nga DEG i kitea puta noa i nga wahanga whanaketanga e toru.
2. "Te kawe warowaiha me te kaiao" i tohuhia e te 585 unigenes anake (arā, 7% o te COG kua tohua).
3.Ko nga Unigenes i tuhi angitu ki te paataka raraunga GO i whakarōpūhia ki nga waahanga matua e toru mo nga waahanga rereke e toru o te whanaketanga umanga.Ko te nuinga o te waahanga matua o te "tukanga koiora" he "tukanga metabolic", whai muri ko te "tukanga pūkoro".I roto i te waahanga matua o te "mahi rapoi" ko nga waahanga e rua e tino whakaatuhia ana ko te "here" me te "mahi catalytic".
 Histogram of clusters of orthologous groups (COG) classification |  Histogram of gene ontology (GO) classification for unigenes i ahu mai i nga topuku i roto i nga wahanga whanaketanga e toru |
 Ko te hoahoa Venn e whakaatu ana i nga ira e whakaatu rereke ana i nga wahanga e rua o te whanaketanga o te topuku riki |
Tohutoro
Zhang C, Zhang H , Zhan Z , et al.Transcriptome Analysis of Sucrose Metabolism i te wa e pupuhi ana te Pupu me te Whanaketanga i roto i te riki (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
