-
Te tātaritanga o te roopu genome-wide
Ko te rangahau hononga ira-whanui (GWAS) e whai ana ki te tautuhi i nga momo ira (genotype) e hono ana ki nga ahuatanga motuhake (phenotype).Ko te rangahau a GWAS he tirotiro i nga tohu ira e whakawhiti ana i te ira katoa o te maha o nga tangata takitahi me te matapae i nga hononga tohu-ira ma te tātari tauanga i te taumata taupori.Kua whakamahia nuitia i roto i te rangahau mo nga mate tangata me te keri ira mahi mo nga ahuatanga uaua o nga kararehe, tipu ranei.
-
Te Whakaraupapa Ira Katoa Te Tipu/Karehe
Ko te raupapa-a-ira-ira katoa, e mohiotia ana ko WGS, ka taea te whakaatu i nga rerekee noa me te onge i runga i te ira katoa tae atu ki te Single Nucleotide Polymorphism (SNP), te Whakamuku Whakauru (InDel), te rereketanga o te Hanganga (SV), me te Rerekē Tau Tārua (CNV). ).Ko nga SV he waahanga nui ake o te turanga rereke atu i nga SNP, he nui ake te paanga ki te genome, he nui te paanga ki nga rauropi ora.Ko te panui-roa ka taea te tautuhi tika ake i nga kongakonga nui me nga rereketanga uaua na te mea he maamaa ake te panui o te chromosomal ki nga rohe uaua penei i te tukuruatanga o te tandem, nga rohe whai rawa GC/AT, me nga rohe rerekee.
Paerewa: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Ira Kunenga
Ko te ira kukuwhatanga he ratonga raupapa raupapa kua hangaia mo te whakamaarama matawhānui i runga i nga korero kunenga o nga rawa kua homai i runga i nga rereketanga ira, tae atu ki nga SNP, InDels, SV me CNV.Ka whakarato i nga tātaritanga taketake katoa e hiahiatia ana mo te whakaahua i nga huringa kunenga me nga ahuatanga ira o te taupori, penei i te hanganga taupori, te kanorau ira, te hononga phylogeny, me etahi atu. Kei roto ano hoki nga rangahau mo te rerenga ira, e whakamana ana i te whakatau tata mo te rahinga taupori whai hua, te wa rerekee.
-
Whakatauritenga Genomics
Ko te tikanga whakatairite ira ko te whakatairite i nga raupapa ira me nga hanganga o nga momo momo rereke.Ko tenei ako e whai ana ki te whakaatu i te kukuwhatanga momo, te mahi ira, te tikanga whakahaere ira i te taumata ira ma te tautuhi i nga hanganga raupapa me nga huānga i tiakina, i rereke ranei i nga momo momo.Ko te rangahau ira tangata whakatairite angamaheni ko nga tātaritanga i roto i te whanau ira, te whanaketanga o te kukuwhatanga, te taarua ira katoa, te pehanga whiriwhiri, aha atu.
-
Hi-C i runga Genome Assembly
Ko te Hi-C he tikanga i hangaia hei hopu i te whirihoranga chromosome ma te whakakotahi i nga tauwhitinga-a-tata-tata me te raupapa-a-teitei.Ko te kaha o enei taunekeneke e whakaponohia ana he kino te hono ki te tawhiti tinana o nga chromosomes.Na reira, ka taea e nga raraunga Hi-C te arahi i te rapoi, te ota me te whakatakotoranga o nga raupapa kua whakaemihia i roto i te tauira iraira me te punga i era ki runga i te maha o nga chromosomes.Ka whakamanahia e tenei hangarau he huihuinga ira ira taumata-chromosome me te kore he mapi ira-a-taupori.Me Hi-C ia ira tangata kotahi.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ
-
Te Tipu/Animal De Novo Genome Sequencing
De NovoKo te whakaraupapatanga e pa ana ki te hanga ira tangata katoa o te momo ma te whakamahi i nga hangarau raupapatanga, hei tauira, PacBio, Nanopore, NGS, me etahi atu, me te kore he tohutoro ira.Ko te tino pai ake o te roa o te panui o nga hangarau raupapa reanga tuatoru kua whai waahi hou ki te whakahiato ira ira uaua, penei i era he nui te heterozygosity, teitei ōwehenga o nga rohe tukurua, polyploids, me etahi atu. te whakatau i nga huānga tukurua, nga rohe he kino nga ihirangi GC me etahi atu rohe tino uaua.
Paerewa: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq Platform
-
Tangata Katoa Exome Sequencing
Ko te raupapatanga o waho katoa (WES) e kiia ana he rautaki raupapa whai hua mo te tautuhi i nga huringa mate-mate.Ahakoa he 1.7% noa iho o te ira ira tangata ka tangohia e nga exons, he tohu tika te ahua o nga mahi pūmua katoa.I roto i te ira tangata, kua korerohia he neke atu i te 85% o nga huringa e pa ana ki nga mate ka puta i roto i te rohe whakawaehere pūmua.
Kei te tuku a BMKGENE i nga ratonga whakamaarama whanui me te ngawari o te tangata me nga momo rautaki hopu exon e waatea ana ki te whakatutuki i nga whaainga rangahau.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
Whakaraupapa Wāhanga Whakanuia Tauwhāiti-Locus (SLAF-Seq)
Ko te tohu-a-ira teitei, ina koa mo te taupori nui, he mahi nui i roto i nga rangahau hononga ira, e whakarato ana i te kaupapa ira mo te kitenga ira mahi, te tātaritanga kukuwhatanga, me era atu. ) ka whakaurua ki te whakaiti i te utu raupapa mo ia tauira, me te pupuri i te whai huatanga mo te kitenga tohu ira.Ka tutuki tenei ma te tango i te kongakonga here i roto i te awhe rahi kua tohua, e kiia nei ko te whare pukapuka whakaaturanga iti (RRL).Ko te raupapatanga kongakonga kua whakakaha ake i te waahi-motuhake (SLAF-Seq) he rautaki i whakawhanakehia e ia ake mo te tohu-ira SNP me te kore he tohutoro tohutoro.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
