-
Te Whakaraupapa Whakamaunga Whakaora Chromatin (ChIP-seq)
Ko te ChIP-Seq e whakarato ana i te tohu ira-a-whanui o nga whaainga DNA mo te whakarereketanga histone, nga take tuhi, me etahi atu pūmua e pa ana ki te DNA.Ka whakakotahihia e ia te kowhiringa o te chromatin immuno-precipitation (ChIP) ki te whakahoki mai i nga kohinga pūmua-DNA motuhake, me te kaha o te raupapa reanga-whakatupuranga (NGS) mo te raupapatanga teitei o te DNA whakaora.I tua atu, na te mea ka hoki mai nga kohinga pūmua-DNA mai i nga pūtau ora, ka taea te whakataurite nga waahi here ki nga momo pūtau me nga kopa rereke, i raro ranei i nga ahuatanga rereke.Ko nga tono mai i nga ture tuhi ki nga huarahi whanaketanga ki nga tikanga mate me tua atu.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
Raupapa Metagenomic -NGS
Ko te metagenome e pa ana ki te kohinga o nga rawa ira katoa o te hapori whakauru o nga rauropi, penei i te metagenome taiao, te metagenome tangata, me etahi atu.Ko te raupapa metagenomic he taputapu ngota e whakamahia ana ki te wetewete i nga rauemi ira iraro i tangohia mai i nga tauira taiao, e whakarato ana i nga korero taipitopito mo te kanorau me te nui o nga momo, te hanganga taupori, te hononga phylogenetic, nga ira mahi me te whatunga honohono me nga mea taiao.
Paparanga:Illumina NovaSeq Platform
-
Whakaraupapa Metagenomic-Nanopore
Ko te Metagenomics he taputapu rapoi e whakamahia ana ki te wetewete i nga rauemi genomic whakauru i tangohia mai i nga tauira taiao, e whakarato ana i nga korero taipitopito mo te kanorau me te nui o nga momo, te hanganga taupori, te hononga phylogenetic, nga ira mahi me te whatunga honohono me nga mea taiao, me etahi atu. ki nga rangahau metagenomic.Ko tana mahi tino pai i roto i te roa o te panui i whakarei ake i te tātari metagenomic o raro, ina koa te huihuinga metagenome.Ma te whai hua o te panui-roa, ka taea e te rangahau metagenomic-a-Nanopore te whakatutuki i nga huihuinga nui ake ki te whakataurite ki nga metagenomics pupuhi-pu.Kua whakaputahia ko te Nanopore-based metagenomics i pai te whakaputa i nga ira huakita oti me te kati mai i nga microbiomes (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Paparanga:Nanopore PromethION P48
-
Te raupapatanga bisulfite genome katoa
Ko te methylation DNA i te tuarima o te tuunga i roto i te cytosine (5-mC) he awe nui ki te whakaatu ira me te mahi pūtau.Ko nga tauira methylation rerekee he maha nga ahuatanga me nga mate, penei i te mate pukupuku.Ko te WGBS te paerewa koura mo te ako i te methylation-whanui ira i te taumira turanga kotahi.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
Te Whakatairanga mo te Chromatin Whakawhiti-Uhoe me te Whakaraupapa Whakaraupapa Teitei (ATAC-seq)
Ko te ATAC-seq he tikanga whakahiato teitei mo te tātari i te urunga o te chromatin genome-wide, he mea nui mo te mana epigenetic o te ao o te whakaaturanga ira.Ka whakauruhia nga taapiri raupapa ki nga rohe chromatin tuwhera e te Tn5 transposase.Whai muri i te whakakaha PCR, ka hangaia he whare pukapuka raupapa.Ko nga rohe chromatin tuwhera katoa ka taea te tiki i raro i tetahi ahuatanga mokowā-waahi, ehara i te mea anake ki nga waahi here o tetahi take tuhi, tetahi rohe whakarereke histone ranei.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ko te waahanga iti i runga i te 16S me te 18S rRNA kei roto nga rohe e rua kua tino tiakina me nga rohe rerekee-nui he tapumati ngota mo te tohu rauropi prokaryotic me te eukaryotic.Ma te whakamahi i te raupapatanga, ka taea te whai i enei amplicons i runga i nga waahanga kua tiakina, ka taea te tino tohu i nga rohe rerekee mo te tautuhi moroiti e whai waahi ana ki nga rangahau e pa ana ki te tātaritanga kanorau moroiti, te taake, te phylogeny, me era atu. ) te raupapatanga o te papaaho PacBio ka taea te whiwhi i nga panui roa tino tika, ka taea te kapi i nga amplicons roa-katoa (tata ki te 1.5 Kb).Ko te tirohanga whanui mo te mara ira i tino whakanui ake i te taumira i roto i nga tohu momo i roto i nga huakita me te hapori harore.
Paparanga:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ko te raupapatanga amplicon 16S/18S/ITS e whai ana ki te whakaatu i te momo tikanga, te taaketanga, me te nui o nga momo i roto i te hapori microbial ma te tirotiro i nga hua PCR o nga tohu ira tiaki whare kei roto nga waahanga tino korero me nga waahanga rerekee.Ko te whakaurunga o enei tapumati rapoi tino pai na Woeses et al,(1977) ka whakamana i te whakatakotoranga moroiti-kore-kore.Ma te raupapatanga o te 16S (huakita), 18S (harore) me te mokowhiti kua tuhia o roto(ITS, harore) ka taea te tautuhi i nga momo nui e rua me nga momo onge me te kore e mohiotia.Ko tenei hangarau kua tino whakamahia hei taputapu nui ki te tautuhi i te hanganga moroiti rerekee i roto i nga momo taiao, penei i te waha tangata, whekau, tai, aha atu.
Paparanga:Illumina NovaSeq Platform
-
Huakita me te harore Katoa te Whakaraupapa Anō i te Genome
He taputapu tino nui te whakaraupapa-a-ira-a-ira o te huakita me te harore ki te whakaoti i nga ira o te huakita me te harore e mohiotia ana, me te whakatairite i nga momo ira tangata maha, ki te mapi ranei i nga momo rauropi hou.He mea nui ki te raupapa ira ira katoa o te huakita me te harore kia taea ai te whakaputa ira tohutoro tika, ki te mahi tohu moroiti me etahi atu rangahau iraira whakatairite.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
PacBio-Katoa-roa 16S/18S/ITS Whakaraupapa Amplicon
Amplicon (16S/18S/ITS) papaaapapa kua whakawhanakehia me nga tau o te wheako i roto i te rangahau kaupapa kanorau moroiti, kei roto he tātari taketake me te tātaritanga whaiaro: ko te tātaritanga taketake e hipoki ana i nga ihirangi tātari auraki o te rangahau moroiti o naianei, he taonga me te matawhānui te ihirangi tātari, a ka whakaatuhia nga hua tātaritanga ki te ahua o nga ripoata kaupapa;He rereke nga korero o te tātaritanga whaiaro.Ka taea te kowhiri i nga tauira ka taea te whakarite ngawari i runga i te purongo tātari taketake me te kaupapa rangahau, ki te whakatutuki i nga whakaritenga whaiaro.Pūnaha whakahaere Windows, ngawari me te tere.
-
PacBio-Whakaahua-Katoa (Kaore i te Tohutoro)
Ko te tango i nga raraunga raupapa Isoform a Pacific Biosciences (PacBio) hei whakaurunga, ka taea e tenei Taupānga te tautuhi i nga raupapa tuhinga roa-katoa (kaore he huihuinga).Ma te maapiri i nga raupapa-roa katoa ki te ira tohutoro, ka taea te whakatika i nga tuhinga e nga ira mohio, nga tuhinga, nga rohe whakawaehere, me etahi atu. I tenei keehi, ka taea te tautuhi tika ake o nga hanganga mRNA, penei i te taapiri rereke, me era atu.Ko te tātaritanga tahi me nga raraunga raupapa tuhinga a NGS ka taea te whakamaaramatanga matawhānui me te inenga tika ake i roto i nga korero i te taumata tuhinga, e whai hua nui ana ki te whakaputanga rerekee o raro me te tātari mahi.
-
Whakaitihia te Whakaaturanga Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ko te rangahau methylation DNA he kaupapa wera tonu i roto i te rangahau mate, a he tino hononga ki te whakaaturanga ira me nga ahuatanga tohu-ahua.Ko te RRBS he tikanga tika, pai me te ohanga mo te rangahau methylation DNA.Ko te whakarangatira i nga rohe o te moutere o te kaiwhakatairanga me te CpG na roto i te wehenga enzymatic (Msp I), ka honoa me te raupapatanga Bisulfite, e whakarato ana i te kitenga methylation DNA taumira teitei.
Paerewa: Illumina NovaSeq Platform
-
Te raupapa mRNA prokaryotic
Ko te raupapa mRNA e whakamana ana i te whakamaarama matawhānui o nga tuhinga mRNA katoa i roto i nga pūtau i raro i nga tikanga motuhake.Ko tenei hangarau hou he taputapu kaha, e hura ana i nga korero mo te whakaputa ira ira, nga hanganga ira, me nga tikanga rapoi e hono ana ki nga momo tikanga koiora.I whakamahia nuitia i roto i te rangahau taketake, te tātari haumanu, me te whanaketanga raau taero, ko te raupapa mRNA e whakaatu ana i nga maaramatanga ki nga uauatanga o te hihiko pūkoro me te ture ira.Ko ta maatau tukatuka tauira mRNA prokaryotic he mea whakarite mo nga tuhinga tuhi prokaryotic, e pa ana ki te whakahekenga rRNA me te whakarite whare pukapuka.
Papaaho: Illumina NovaSeq X
