BMKCloud Log in
条形banner-03

Hua

Te raupapa RNA karihi kotahi

Ko te anga whakamua i roto i te hopu putau kotahi me te tikanga hanga whare pukapuka takitahi me te whakahiatotanga teitei ka taea e nga rangahau whakaputanga ira i runga i te puutau-a-waa.Ka taea e ia he tātaritanga punaha hohonu me te whakaoti mo nga taupori pūtau uaua, ka karo i te huna i o raatau momo rereke ma te tango toharite o nga pūtau katoa.

Heoi ano, karekau etahi o nga pūtau e pai ki te hanga hei whakatārewatanga pūtau-kotahi, no reira me etahi atu tikanga whakarite tauira – te tangohanga karihi mai i nga kopa, ara, ka tangohia tika te karihi mai i nga kopa, i te pūtau ranei ka rite ki te whakatārewatanga karihi kotahi mo te kotahi- raupapa pūtau.

Ka whakaratohia e BMK te 10 × Genomics Chromium TM i runga i te ratonga raupapa RNA pūtau kotahi.Kua whakamahia nuitia tenei ratonga i roto i nga rangahau mo nga rangahau e pa ana ki nga mate, penei i te rereketanga o nga pūtau aukati, te rerekee o te puku, te whanaketanga o te kiko, me era atu.

Te maramara tuhi mokowhiti: 10× Genomics

Paerewa: Illumina NovaSeq Platform


Nga Taipitopito Ratonga

Bioinformatics

Hua Whakaaturanga

Tikanga Hangarau

Ko te wehenga o te karihi ka tutuki e te 10 × Genomics Chromium TM, kei roto i te punaha microfluidics e waru nga hongere me nga whakawhiti rua.I roto i tenei punaha, he pirepire reera me nga tohu tohu me te tuatahi, nga enzymes me te karihi kotahi ka whakauruhia ki roto i te topata hinu te rahi nanoliter, ka whakaputahia te Gel Bead-in-Emulsion (GEM).I te wa i hangaia ai te GEM, ka mahia te lysis pūtau me te tuku o nga tohu tohu ki ia GEM.Ko te mRNA ka huri whakamuri ki roto i nga ngota ngota cDNA me te 10x barcodes me te UMI, he mea ano ki te hanga whare pukapuka raupapa paerewa.

wps_doc_0
wps_doc_1

Ko te kopa e kore e pai mo te whakarite whakatara i nga pūtau kotahi

Pūtau / Tissue

Te take

Whakakorea te kiko tio

Kaore e taea te tiki whakahaere hou, kua tiakina roa ranei

Pūtau uaua, Megakaryocyte, Ngako…

He nui rawa te diameter o te pūtau hei uru ki te taputapu

ate…

He pakarukaru rawa ki te pakaru, kare e taea te wehewehe nga pūtau kotahi

Pūtau neuron, roro…

He tairongo ake, he ngawari ki te whakapouri, ka huri i nga hua raupapa

Pancreas, Thyroid…

He taonga i roto i nga enzymes endogenous, e pa ana ki te hanga o te whakatārewatanga pūtau kotahi

Kotahi-kaupapa vs Kotahi-pūtau

Kohanga-kotahi

Pūtau-kotahi

Te diameter pūtau mutunga kore

Te diameter pūtau: 10-40 μm

Ko te rauemi ka taea te kiko tio

Ko te rauemi me he kiko hou

Te ahotea iti o nga pūtau tio

Ka taea e te maimoatanga o te enzyme te tauhohenga o te ahotea pūtau

Kaore e tika kia tangohia nga toto toto whero

Me tango nga toto toto whero

Ko te Nuclear te whakaputa korero koiora

Ko te pūtau katoa e whakaatu ana i nga korero koiora

Whakatakotoranga Ratonga

Whare Pukapuka

Rautaki raupapa

Raraunga Raraunga

Nga Whakaritenga Tauira

Kopa

10× Genomics whare pukapuka karihi kotahi

10x Genomics -Illumina PE150

100,000 pānui/pūtau āhua.100-200 Gb

Tau pūtau: >2× 105

Pūtau conc.i te 700-1,200 pūtau / μL

≥ 200 mg

Mo te roanga atu o nga korero mo te aratohu whakarite tauira me te rerenga mahi ratonga, tena koa korero ki a

Te Rerenga Mahi Ratonga

Tauira QC

Hoahoa whakamatautau

tuku tauira

Te tuku tauira

karihi.whakarewa

Wehenga karihi

Te Whakaritenga Whare Pukapuka

Te hanga whare pukapuka

Whakaraupapa

Whakaraupapa

Te tātari raraunga

Te tātari raraunga

I muri i te hoko Ratonga

Nga ratonga muri-hoko


  • Tōmua:
  • Panuku:

  • wps_doc_9

    1.Spot clustering

    wps_doc_10

    2.Whakaahua tohu abundance clustering heatmap

    wps_doc_113.Maker tohatoha ira i roto i nga tautau rereke

    wps_doc_12

    4.Cell trajectory analysis/pseudotime

    wps_doc_13

     

     

    whiwhi korero

    Tuhia to korero ki konei ka tukuna mai ki a matou

    Tukuna mai to korero ki a matou: