RNA Sequencing-Illumina iti
Ngā āhuatanga
● Whakaritenga whare pukapuka whiriwhiri rahi.
● Ko te tātari bioinformatic e arotahi ana ki te matapae miRNA me nga whaainga.
Painga Ratonga
●Tohunga Nui: Neke atu i te 300 nga tauira kua mahia e matou, he maha nga momo tauira kanorau. Ka kawea mai e matou nga rawa o te tohungatanga ki ia kaupapa.
●Mana Mana Kounga: Ka whakatinanahia e matou nga tohu whakahaere matua puta noa i nga waahanga katoa, mai i te whakarite tauira ki te whakarite whare pukapuka, te raupapa me te koiora. Ko ta maatau aro turuki e whakarite te tukunga o nga hua kounga teitei.
●Te tātari bioinformatic matawhānui:Ka taea e ia te tautuhi i nga miRNA e mohiotia ana me nga miRNA hou, te tautuhi i nga whaainga miRNA, me nga tohu mahi me te whakarangatira me nga papaa raraunga maha (KEGG, GO).
●Tautoko i muri i te Hokonga: E mohio ana matou he aha te mea nui kia tae mai, na reira ka roa atu ta matou whakapau kaha ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga. I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whai, he awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Paerewa | Raraunga e taunaki ana | Raraunga QC |
| Rahi kua tohua | Ilumina SE50 | 10M-20M panui | Q30≥85% |
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
● Nga tipu:
Putake, Kakau, Petal ranei: 450 mg
Rau, Kakano ranei: 300 mg
Hua: 1.2 g
● Kararehe:
Te Manawa, Te Wokao ranei: 450 mg
Viscera roro ranei: 240 mg
Te uaua: 600 mg
Koiwi, makawe, kiri ranei: 1.5g
● Angahuri:
Nga pepeke: 9g
Crustacea: 450 mg
● Te toto katoa: 2 ngongo
● Pūtau: 106 pūtau
● Serum me te Plasma:6 mL
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu: 2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Tukunga:
1. Tio-maroke: Me kiki nga tauira ki roto i nga peeke ka tanumia ki te huka-maroke.
2. Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira, RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Rere Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
● Mana kounga raraunga raw
● Te whakarōpūtanga RNA iti
● te whakaputanga miRNA me te tātari korero rerekee
● miRNA ūnga ira me te miRNA tohu tohu ira ira
● Te whakamohiotanga ira ira me te whakarangatira i nga mahi a te ira miRNA
Te tautuhi i te miRNA: te hanganga me te hohonu
Te whakaputanga rereke o te miRNA - te kohinga hiearchical
Tuhituhi mahi mo te whaainga o nga miRNA rerekee te whakaatu
Te torotoro i nga mahi rangahau i whakahaerea e nga ratonga raupapa sRNA a BMKGene ma te kohinga whakaputanga.
Chen, H. et al. (2023) 'Ko nga mate huaketo ka aukati i te koiora saponin me te photosynthesis i te Panax notoginseng',Te Ahuwhenua o te tipu me te matū koiora, 203, wh. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) ' Ko te tipu FYVE rohe-kei roto i te pūmua FREE1 e hono ana ki nga waahanga microprocessor hei aukati i te biogenesis miRNA ',EMBO pūrongo, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Ko te MicroRNA Ame-Bantam-3p e whakahaere ana i te Whanaketanga Pupal Torongai ma te Whakatairanga i nga Waahanga Whakatupu Iwi Epidermal Maha 8 Gene (megf8) i roto i te Honeybee, Apis mellifera',International Journal of Molecular Sciences, 24(6), wh. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Te Taatari Whakakotahi o te MiRNA me nga Ira e hono ana ki te Kounga Mīti e whakaatu ana ko te Gga-MiR-140-5p e pa ana ki te whakahekenga ngako o roto i nga heihei',Te Ahu Ahu Pukoro me te Hangarauora, 46(6), api 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
