Katoa te raupapa tuhinga - Illumina
Ngā āhuatanga
● Wharepukapuka rua ki te raupapa i te tuhinga katoa: te whakahekenga o te rRNA whai muri ko te whakarite whare pukapuka PE150 me te whiriwhiri rahi whai muri ko te whakaritenga whare pukapuka SE50
● Whakaotia te tātari bioinformatics o te mRNA, lncRNA, circRNA me te miRNA i roto i nga purongo bioinformatics motuhake
● Te tātari tahi o nga korero RNA katoa i roto i te ripoata whakakotahi, tae atu ki te tātari whatunga ceRNA.
Painga Ratonga
●Te tātari hōhonu o ngā whatunga ture: Ko te tātari whatunga ceRNA ka taea e te raupapa honohono o te mRNA, lncRNA, circRNA me te miRNA me te rerenga mahi bioinformatic.
●Panui Matawhānui: ka whakamahi matou i nga papaaarangi maha hei tuhi korero i nga Ira rerekee (DEGs) me te mahi i te tātaritanga whakarangatira e rite ana, e whakarato ana i nga tirohanga mo nga tikanga pūkoro me te ngota ngota kei raro i te whakautu whakawhiti.
●Tohunga Nui: me te rekoata o te katinga angitu i runga i te 2000 kaupapa tuhi katoa i roto i nga momo rohe rangahau, he maha nga wheako ka kawea mai e to taatau roopu ki ia kaupapa.
●Mana Mana Kounga: ka whakatinanahia e matou nga tohu whakahaere matua puta noa i nga waahanga katoa, mai i te tauira me te whakarite whare pukapuka ki te raupapatanga me te bioinformatics.Ma tenei aro turuki e whakarite te tukunga o nga hua o te kounga teitei.
● Panui Matawhānui: ka whakamahi matou i nga papaaarangi maha hei tuhi korero i nga Ira rerekee (DEGs) me te mahi i te tātaritanga whakarangatira e rite ana, e whakarato ana i nga tirohanga mo nga tikanga pūkoro me te ngota ngota kei raro i te whakautu whakawhiti.
●Tautoko i muri i te Hokonga: Ko ta matou herenga ka toro atu ki tua atu i te otinga kaupapa me te 3 marama i muri i te hokonga ratonga.I roto i tenei wa, ka tukuna e matou he kaupapa whaiwhai, awhina rapurongoa, me nga huihuinga Q&A hei whakatika i nga patai e pa ana ki nga hua.
Nga Whakaritenga Tauira me te Tukunga
| Whare Pukapuka | Rautaki raupapa | Raraunga e taunaki ana | Mana Kounga |
| kua pau te rRNA | Ilumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Rahi kua tohua | Ilumina SE50 | 10-20M panui |
Whakaritenga Tauira:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Rahi (μg) | Maamaa | Te tapatahi |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 He iti, karekau he pūmua, he poke DNA ranei e whakaatuhia ana i runga i te gel. | Nga tipu: RIN≥6.5 Kararehe: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; he iti, he kore ranei te taumata teitei |
Tukunga Tauira Manakohia
Ipu:
2 ml ngongo centrifuge (Kāore i te tūtohutia te konumohe tine)
Tauira tapanga: Rōpū+whakaritea tauira A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Tukunga:
1.Dry-tio: Me kiki nga tauira ki roto i nga putea ka tanumia ki te huka-maroke.
2.Nga ngongo RNAstable: Ka taea te whakamaroke i nga tauira RNA ki te ngongo whakapumau RNA(hei tauira RNAstable®) ka tukuna ki te pāmahana rūma.
Te Rerenga Mahi Ratonga
Hoahoa whakamatautau
Te tuku tauira
tangohanga RNA
Te hanga whare pukapuka
Whakaraupapa
Te tātari raraunga
Nga ratonga muri-hoko
Bioinformatics
RNA whakaaturanga tirohanga
Nga ira rerekee
ceRNA tātaritanga
Nga miRNA kua whakaatuhia rereke me nga RNA e pa ana
Tuhurahia nga ahunga whakamua rangahau i whakahaerea e BMKGene' nga ratonga raupapa tuhinga tuhi katoa na roto i te kohinga o nga whakaputanga.
Dai, Y. et al.(2022) 'Ko nga whakaaturanga korero matawhānui o nga mRNA, lncRNA me nga miRNA i roto i te mate Kashin-Beck i tautuhia e te RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), wharangi 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Katoa te roanga o nga tuhinga whakamaarama mo te aatete makariri o Apis cerana i te maunga o Changbai i te wa o te takurua.', Gene, 830, wharangi 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Cometing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Nga Ahuatanga Molecular and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, wh.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Ko te tātaritanga whakauru o nga whakaaturanga whakaaturanga lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA e whakaatu ana i nga tirohanga hou ki nga tikanga ka taea te whakautu ki nga nematodes-aa-aa i te pīnati', BMC Genomics, 23(1), wharangi 1–12.doi: 10.1186 / S12864-022-08470-3 / WHAKAMAHI / 7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Ko te raupapa RNA katoa-whakaahua e whakaatu ana i nga tikanga ngota e pa ana ki te pupuri i te kounga o muri i te hauhaketanga i roto i te broccoli na roto i te whakamaaramatanga LED whero', Postharvest Biology and Technology, 188, wh.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
