16S/18S/ITS ампликонско секвенционирање-NGS
Карактеристики на услугата
● Платформа за секвенционирање: Illumina NovaSeq.
● Амплификација на кратки региони на 16S, 18S и ITS, меѓу другите цели за амплификација.
● Флексибилен избор на ампликон.
● Претходно искуство во проекти со повеќекратни цели за засилување.
Предности на услугата
●Без изолација:Брза идентификација на микробниот состав во примероци од животната средина.
●Висока резолуција: Во компоненти со мала застапеност во примероци од животната средина.
●Широко применливоРазлични студии за микробната заедница.
●Сеопфатна биоинформатичка анализаНајновиот пакет QIIME2 (квантитативен увид во микробната екологија) со разновидни анализи во однос на базата на податоци, анотациите, OTU/ASV.
●Обемна експертизаСо 150 илјади проекти за секвенционирање на ампликони што се спроведуваат годишно, BMKGENE нуди повеќе од една деценија искуство, висококвалификуван тим за анализа, сеопфатна содржина и одлична постпродажна поддршка.
Спецификации за услугата
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци |
| Ампликон | Илумина PE250 | 50/100/300K ознаки (Прочитање парови) |
Барања за услуга
| Концентрација (ng/µL) | Вкупна количина (ng) | Волумен (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Почва/кал: 1-2 г
● Цревна содржина - животинско: 0,5-2 g
● Цревна содржина - инсекти: 0,1-0,25 г
● Површина на растението (збогатен седимент): 0,1-0,5 g
● Седимент збогатен со ферментациска супа): 0,1-0,5 g
● Фекал (големи животни): 0,5-2 г
● Фекал (глушец): 3-5 зрна
● Течност за лаважа на пулмоналната алвеола: филтер-хартија
● Вагинален брис: 5-6 брисеви
● Брис од кожа/генитални ткива/плунка/орален мек ткивен брис/фарингеален брис/ректален брис: 2-3 брисеви
● Површински микроорганизми: филтер-хартија
● Водна површина/воздух/биофилм: филтер-хартија
● Ендофити: 1-2 г
● Забен плак: 0,5-1 g
Тек на работа на услугата
Достава на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Постпродажни услуги
Вклучува следнава анализа:
- Контрола на квалитетот на суровите податоци
- OTU групирање /Отстранување на бучава (ASV)
- OTU анотација
- Алфа анализа на разновидноста: повеќе индекси, вклучувајќи ги Шенон, Симпсон и АЦЕ.
- Анализа на бета разновидност
- Меѓугрупна анализа
- Корелација анализа: помеѓу факторите на животната средина и составот и разновидноста на OUT
- Предвидување на функционалниот ген 16S
Хистограм на таксономска дистрибуција
таксономска мапа на групирање на топлина со изобилство
Анализа на алфа разновидност: крива на разредување
анализа на бета разновидност: NMDS
Меѓугрупна анализа: откривање на LEFSE биомаркери
Истражете ги напредоците овозможени од услугите за ампликонско секвенционирање на BMKGene со Illumina преку курирана колекција на публикации.
Донг, К. и др. (2022) „Состав, јадро на микробиотата и функција на ризосферата, почвата и кората на микробиотата кај Eucommia ulmoides“, Граници во микробиологијата, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Ли, Ј. и др. (2023) „Трансплантација на синтетички бактериски конзорциуми за третман на бактериска вагиноза предизвикана од Gardnerella vaginalis кај глувци“, Microbiome, 11(1), стр. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Јанг, Ј., Фу, Ј. и Лиу, Х. (2022) „Микробиоми од воздушна прашина собрана за време на затворениот експеримент за биорегенеративна поддршка на животот на земјата „Лунар Палас 365““, Environmental Microbiomes, 17(1), стр. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Јин, С. и др. (2022) „Изобилство на функционални гени зависно од суровините поврзани со контрола на загубата на азот при компостирање преку трансформација на азот“, Bioresource Technology, 361, стр. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
