BMKCloud Log in
条形 банер-03

Производи

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Подединицата на 16S и 18S rRNA која содржи и високо конзервирани и хиперпроменливи региони е совршен молекуларен отпечаток за идентификација на прокариотски и еукариотски организми.Искористувајќи ги предностите на секвенционирањето, овие ампликони може да се таргетираат врз основа на зачуваните делови и хиперпроменливите региони може целосно да се карактеризираат за микробна идентификација што придонесува за студии кои опфаќаат анализа на микробиолошка разновидност, таксономија, филогенија итн. Едномолекула во реално време (SMRT ) секвенционирањето на платформата PacBio овозможува добивање на високо прецизни долги отчитувања, кои би можеле да опфатат ампликони со целосна должина (приближно 1,5 Kb).Проширениот поглед на генетското поле значително ја подобри резолуцијата во прибелешката на видовите во заедницата на бактерии или габи.

Платформа:Продолжение на PacBio II


Детали за услугата

Демо резултати

Студија на случај

Предности на услугата

1

● Долго читање открива низа со целосна должина на 16S/18S/ITS

l Високо прецизно базно повикување со секвенционирање на режимот PacBio CCS

● Резолуција на ниво на вид во прибелешката OTU/ASV

● Најновиот QIIME2 го анализира протокот со разновидни анализи во однос на базата на податоци, прибелешки, OTU/ASV.

● Применливо за различни студии за микробиолошки заедници

● БМК поседува долгогодишно искуство со над 100.000 примероци/годишно, покривајќи почва, вода, гас, тиња, измет, црева, кожа, супа за ферментација, инсекти, растенија итн.

● BMKCloud го олесни толкувањето на податоците што содржи 45 персонализирани алатки за анализа

Спецификации за услуги

СеквенционирањеПлатформа

Библиотека

Препорачани податоци

Време на пресврт

Продолжение на PacBio II

SMRT-ѕвонче

5K/10K/20K Ознаки

44 работни дена

Биоинформатички анализи

● Контрола на квалитетот на необработените податоци

● ОТУ групирање/де-шум (ASV)

● ОТУ прибелешка

● Алфа разновидност

● Бета разновидност

● Анализа меѓу групите

● Анализа на асоцијација против експериментални фактори

● Предвидување на функционалниот ген

16sPacbio

Примерок барања и испорака

Барања за примероци:

ЗаДНК екстракти:

Тип на примерок

износ

Концентрација

Чистота

ДНК екстракти

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

За примероци од животната средина:

Тип на примерок

Препорачана процедура за земање мостри

Почва

Количина на примерок: прибл.5 g;Преостанатата исушена супстанција треба да се отстрани од површината;Мелете големи парчиња и поминете низ филтер од 2 мм;Алицирани примероци во стерилна ЕП-цевка или цироцевка за резервација.

Измет

Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примероци во стерилна EP-цевка или криотуба за резервација.

Цревната содржина

Примероците треба да се обработат во асептична состојба.Измијте го собраното ткиво со PBS;Центрифугирајте го PBS и соберете го преципитантот во EP-цевки.

Тиња

Количина на примерок: прибл.5 g;Соберете и распределете примерок од тиња во стерилна ЕП-цевка или криотуба за резервација

Водно тело

За примерок со ограничено количество микроби, како што се вода од чешма, бунарска вода итн., Соберете најмалку 1 L вода и поминете низ филтер од 0,22 μm за да го збогатите микроорганизмот на мембраната.Чувајте ја мембраната во стерилна цевка.

Кожата

Внимателно изгребете ја површината на кожата со стерилен памук или хируршко сечило и ставете ја во стерилна цевка.

Препорачана испорака на примероци

Замрзнете ги примероците во течен азот 3-4 часа и чувајте ги во течен азот или -80 степени до долгорочна резервација.Потребна е испорака на примероци со сув мраз.

Тек на услужна работа

испорака на примерок

Испорака на примероци

Подготовка на библиотека

Изградба на библиотека

Секвенционирање

Секвенционирање

Анализа на податоци

Анализа на податоци

Услуги по продажба

Услуги по продажба


  • Претходно:
  • Следно:

  • 1. Стапка на прибелешки за профилирање на микробната заедница базирана на V3+V4(Illumina) наспроти профилирање базирано на целосна должина (PacBio).
    (За статистика беа применети податоци за 30 проекти по случаен избор)

    3

    2. Стапка на прибелешки на секвенционирање на ампликони со целосна должина на ниво на вид во различни типови примероци

    4

    3.Дистрибуција на видови

    5
    4.Филогенетско дрво

    6

    Случај БМК

    Изложеноста на арсен предизвикува оштетување на цревната бариера и последователно активирање на оската црево-црн дроб што доведува до воспаление и пироптоза на црниот дроб кај патките

    Објавено:Наука за вкупната средина,2021 година

    Стратегија за секвенционирање:

    Примероци: Контролна наспроти 8 mg/kg ATO изложена група
    Принос на податоци од секвенционирање: вкупно 102.583 сурови CCS секвенци
    Контрола: 54.518 ± 747 ефективни CCS
    ATO-изложени: 45.050 ± 1675 ефективни CCS

    Клучни резултати

    Алфа разновидност:Изложеноста на ATO значително го промени цревното микробно богатство и разновидност кај патките.

    Анализа на метастати:
    На ниво на група: 2 бактериски фили откриени само во контролните групи
    Во ниво на род: 6 родови беа пронајдени значително различни во релативно изобилство
    На ниво на видови: вкупно се идентификувани 36 видови, при што 6 од нив значително се разликуваат во релативна изобилство

    Референца

    Thingholm, LB, et al.„Дебелите поединци со и без дијабетес тип 2 покажуваат различен микробен функционален капацитет и состав на цревата“.Cell Host & Microbe26.2 (2019).

    добие понуда

    Напишете ја вашата порака овде и испратете ни ја

    Испратете ни ја вашата порака: